Locus 7776

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	20,822,028 – 20,822,188
Length	160
Max. P	0.997869

overview

Window 0

Location	20,822,028 – 20,822,123
Length	95
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.32
Mean single sequence MFE	-32.54
Consensus MFE	-17.98
Energy contribution	-21.94
Covariance contribution	3.96
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.58
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.986943
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20822028 95 + 27905053
AGUCCACAUAUGGCUU-------CCAGCUUCCAGCUACUGGUAUCUACUGGCUACUGGCUACUGGCUACUGACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCC
...........(((..-------..(((.....)))....(((.(((..((((((((((((.((((....).))).))))))))))))..))).)))..))) ( -33.30)
>DroSec_CAF1 37594 88 + 1
AGUCCACAUAUGGCUU-------CCAGCUUCCAGCUACUGGUAUCCACUGGCUACUGGCUACUG-------ACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCC
...........(((..-------..(((.....)))....(((.(((..((((((((((((...-------.....))))))))))))..))).)))..))) ( -32.80)
>DroSim_CAF1 37556 95 + 1
AGUCCACAUAUGGCUU-------CCAGCUUCCAGCUACUGGUAUCUACUGGCUACUGGCUACUGACUACUGACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCC
...........(((..-------..(((.....)))....(((.(((..((((((((((((.((.........)).))))))))))))..))).)))..))) ( -29.30)
>DroEre_CAF1 35403 94 + 1
AGUCCACAUAUGGCU--------CCAGCCUCCAGCUACUGGUAUCUGCUGGCUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCGUGCUCCAUGCU
...........(((.--------.(((((...((((((((((....(....).....))))))))))...)))))...)))(((((..........))))). ( -33.50)
>DroYak_CAF1 31203 88 + 1
AGUCCACAUAUGGCUACCAGCUACCAGCUUUCAGCUACUGGUAUCCACUGGCUACUGGCUACUGGCCAGUGGC--------------UUCUGGUUGCAUGCC
...........(((((((((.....(((.....))).)))))).(((..((((((((((.....)))))))))--------------)..)))......))) ( -33.80)
>consensus
AGUCCACAUAUGGCUU_______CCAGCUUCCAGCUACUGGUAUCUACUGGCUACUGGCUACUGGCUACUGACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCC
...........(((...........(((.....)))....(((.(((..((((((((((((.(((.......))).))))))))))))..))).)))..))) (-17.98 = -21.94 +   3.96)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	20,822,056 – 20,822,148
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.37
Mean single sequence MFE	-36.88
Consensus MFE	-19.38
Energy contribution	-23.54
Covariance contribution	4.16
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-3.07
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	2.95
SVM RNA-class probability	0.997869
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20822056 92 + 27905053
UACUGGUAUCUACUGGCUACUGGCUACUGGCUACUGACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCACGCUGCCAACGAGCA
...(((((.(....((((((((((((.((((....).))).))))))))))))..(((..(((((...))))).))).).)))))....... ( -34.40)
>DroSec_CAF1 37622 85 + 1
UACUGGUAUCCACUGGCUACUGGCUACUG-------ACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCAUGCCGCCAGCGAGCA
..........(((((((((.((((....)-------.))).)))))))))(((((((((.(((((..(....)..))))).))))).)))). ( -36.70)
>DroSim_CAF1 37584 92 + 1
UACUGGUAUCUACUGGCUACUGGCUACUGACUACUGACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCAUGCCGCCAGCGAGCA
..........(((((((((.((((...........).))).)))))))))(((((((((.(((((..(....)..))))).))))).)))). ( -33.40)
>DroEre_CAF1 35430 92 + 1
UACUGGUAUCUGCUGGCUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCGUGCUCCAUGCUGCAUGCUGCAUGCUGCAAGCGAGCA
..(..(...(..(((((.....)))))..)...)..)((((.(((.((((((..(((((........)))))..)))))).))).))))... ( -42.60)
>DroYak_CAF1 31238 78 + 1
UACUGGUAUCCACUGGCUACUGGCUACUGGCCAGUGGC--------------UUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCCGCAUGCUGCAAGCGAGCA
.....(((.(((..((((((((((.....)))))))))--------------)..))).))).((((((.(((.(....).))).))).))) ( -37.30)
>consensus
UACUGGUAUCUACUGGCUACUGGCUACUGGCUACUGACUACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCAUGCUGCCAGCGAGCA
.....(((.(((..((((((((((((.(((.......))).))))))))))))..))).))).((((((..((........))..))).))) (-19.38 = -23.54 +   4.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	20,822,089 – 20,822,188
Length	99
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.43
Mean single sequence MFE	-32.67
Consensus MFE	-12.08
Energy contribution	-14.47
Covariance contribution	2.39
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.37
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.671554
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20822089 99 + 27905053
CUGAC------UACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCACGCUGCCAACGAGCACUCGGUGGUAGCCAGCGUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
.((((------..((((((((......))))).(((((...))))).....(((((((.(((....))).)))))))))).))))....((((((...)))))). ( -33.90)
>DroPse_CAF1 33286 86 + 1
UCCACUUCCACAUAUGGCCAG----------------CCAGCAGAUUGCAUGCUGCAGGCGAGCACACGG---UAGCCAGCAUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
..............((((..(----------------((.((((........)))).)))..((.....)---).))))..........((((((...)))))). ( -19.00)
>DroSec_CAF1 37651 96 + 1
---AC------UACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCAUGCCGCCAGCGAGCACUCGGUGGUAGCCAGCGUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
---..------..(((((....(((...(((..(((((...))))).))).)))((((.(((....))).)))).))))).........((((((...)))))). ( -34.50)
>DroSim_CAF1 37617 99 + 1
CUGAC------UACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCAUGCCGCCAGCGAGCACUCGGUGGUAGCCAGCGUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
.((((------..(((((....(((...(((..(((((...))))).))).)))((((.(((....))).)))).))))).))))....((((((...)))))). ( -38.00)
>DroEre_CAF1 35463 96 + 1
CUGGU------UGCAUGCCGCAUGCUCCGUGCUCCAUGCUGCAUGCUGCAUGCUGCAAGCGAGCACUCGG---UAGCCAGCGUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
(((((------(((.(((.((((((..(((((........)))))..)))))).)))..(((....))))---))))))).........((((((...)))))). ( -39.30)
>DroYak_CAF1 31271 82 + 1
GUGGC--------------------UUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCCGCAUGCUGCAAGCGAGCACUCGG---UAGCCAGCGUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
(((((--------------------..((((((((.((((((.(((.(....).))).))).)))....)---))))))).)))))...((((((...)))))). ( -31.30)
>consensus
CUGAC______UACUGGCCAGUGGCUUCUGGUUGCAUGCCGCAUGCUCCAUGCUGCAAGCGAGCACUCGG___UAGCCAGCGUCAUCAAGAUUUGUCACAAAUCA
...........................(((((((...((.(((((...))))).))...(((....)))....))))))).........((((((...)))))). (-12.08 = -14.47 +   2.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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