Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,729,970 – 20,730,062 |
Length | 92 |
Max. P | 0.643069 |
Location | 20,729,970 – 20,730,062 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.29 |
Mean single sequence MFE | -26.47 |
Consensus MFE | -21.49 |
Energy contribution | -22.72 |
Covariance contribution | 1.22 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.643069 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 20729970 92 - 27905053 AAUGCGAAUCAGAGUC--GAGUUUCGGCCACAGCGUCUUUCUU-UCUUCGAACUGUGCUGGAUGGCUUGUUUUCUCUUUGUUUUGCAUUUU-GGGU ((((((((.(((((..--(((..(.((((((((((.(.(((..-.....)))..))))))..))))).)..))).))))).))))))))..-.... ( -26.80) >DroSec_CAF1 26219 92 - 1 AAUGCGAAUCAGAGUC--GAGUUUCGGCCACAGCGUCUUUCUU-UCUUCGAACUGUGCUGGAUGGCUUGUUUUCUCUUUGUUUUGCAUUUU-GGGU ((((((((.(((((..--(((..(.((((((((((.(.(((..-.....)))..))))))..))))).)..))).))))).))))))))..-.... ( -26.80) >DroSim_CAF1 27185 92 - 1 AAUGCGAAUCAGAGUC--GAGUUUCGGCCACAGCGUCUUUCUU-UCUUCGAACUGUGCUGGAUGGCUUGUUUUCUCUUUGUUUUGCAUUUU-GGGU ((((((((.(((((..--(((..(.((((((((((.(.(((..-.....)))..))))))..))))).)..))).))))).))))))))..-.... ( -26.80) >DroEre_CAF1 31429 92 - 1 AAUGCGAAUCAAAGUC--GAGUUUCGGCCACAGCGUCUUUCUU-UCUUCGAACUGUGCUGGAUGGCUUGUUUUCUCUUUGUUUUGCAUUUG-GGGU ((((((((.(((((..--(((..(.((((((((((.(.(((..-.....)))..))))))..))))).)..))).))))).))))))))..-.... ( -26.70) >DroYak_CAF1 27809 92 - 1 AAUGCGAAUCAGAGUC--GAGUUUCGGCCACAGCGUCUUUCUU-UCUUCGAACUGUGCUGGAUGGCUUGUUUUCUCUUUGUUUUGCAUUUG-AAGU ((((((((.(((((..--(((..(.((((((((((.(.(((..-.....)))..))))))..))))).)..))).))))).))))))))..-.... ( -26.80) >DroAna_CAF1 26272 94 - 1 AAUGCGAAUCACAGUCCCCAUUUUGUAGCACAGCGUCUUUCUUUUAUUCGACCCCAGCUGGAUGGCUGGUUUU--CUUUGUUUUGCAUUUUGGGGC ...............(((((...(((((.((((.(((............))).((((((....))))))....--..)))).)))))...))))). ( -24.90) >consensus AAUGCGAAUCAGAGUC__GAGUUUCGGCCACAGCGUCUUUCUU_UCUUCGAACUGUGCUGGAUGGCUUGUUUUCUCUUUGUUUUGCAUUUU_GGGU ((((((((.(((((....(((..(.((((((((((...(((........)))...)))))..))))).)..))).))))).))))))))....... (-21.49 = -22.72 + 1.22)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:52:57 2006