Locus 7712

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	20,713,496 – 20,713,685
Length	189
Max. P	0.918855

overview

Window 0

Location	20,713,496 – 20,713,587
Length	91
Sequences	6
Columns	93
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.81
Mean single sequence MFE	-30.78
Consensus MFE	-21.74
Energy contribution	-23.58
Covariance contribution	1.83
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.625406
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20713496 91 + 27905053
GUUGCAUGAUCGGUCAGAUCGGACAGAAA--CUAAAGCCGCAGCUAGCGGAUAUUUGCCUGUCAACGAGGCCGGCUGCUGUUGCUGCUGGCUG
.(((..(((((.....)))))..)))...--....(((((((((.(((((......(((.(((.....))).)))..)))))))))).)))). ( -34.00)
>DroSec_CAF1 9892 91 + 1
GUUGCAUGAUCGGUCAGAUCGGACAGAAA--CUAAAGCCGCAGCUAGCGGAUAUUUGCCUGUCAACGAGGCCGGCUGCUGCGGCUGCUGGCUG
.(((..(((((.....)))))..)))...--....((((((((((.((((......(((.(((.....))).)))..)))))))))).)))). ( -35.70)
>DroSim_CAF1 10777 91 + 1
GUUGCAUGAUCGGUCAGAUCGGACAGAAA--CUAAAGCCGCAGCUAGCGGAUAUUUGCCUGUCAACGAGGCCGGCUGCUGCGGCUGCUGGCUG
.(((..(((((.....)))))..)))...--....((((((((((.((((......(((.(((.....))).)))..)))))))))).)))). ( -35.70)
>DroEre_CAF1 10652 85 + 1
GUUGCAUGAUCGGUCAGAUCGGACAGAAA--CUAAAGCCGCAGCUAGCGGAUAUUUGCCUGUCAACGAGGCCGGCUGC------UGCUGGCUG
(((...(((((.....)))))(((((...--.((((.((((.....))))...)))).))))))))..(((((((...------.))))))). ( -30.90)
>DroYak_CAF1 10865 78 + 1
GUUGCAUGAUCGGUCAGAUCGGACAGAAA--CUAAAGCCGCAGCUAGCGGAUAUUUGCCUGUCAACGAGGCC-------------GCUGGCUG
.(((..(((((.....)))))..)))...--.........((((((((((...((((........)))).))-------------)))))))) ( -26.20)
>DroPer_CAF1 10216 73 + 1
GUUGCAUGAU---UCCAUUGGGACCCCGACUCCAUUGCCGU--GCAGCGGAUAUUCGCCUGUCAACGGAGUC---------------AAGCUG
...((.((((---(((.((((.(...(((.(((.((((...--)))).)))...)))..).)))).))))))---------------).)).. ( -22.20)
>consensus
GUUGCAUGAUCGGUCAGAUCGGACAGAAA__CUAAAGCCGCAGCUAGCGGAUAUUUGCCUGUCAACGAGGCCGGCUGC______UGCUGGCUG
(((...(((((.....)))))(((((...........((((.....))))........))))))))..(((((((.((....)).))))))). (-21.74 = -23.58 +   1.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	20,713,559 – 20,713,652
Length	93
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.64
Mean single sequence MFE	-33.50
Consensus MFE	-21.49
Energy contribution	-22.05
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.628187
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20713559 93 + 27905053
CGAG--GCCGG-CUGCUGUUGCUGCUG--------GCUGGUGUGAAUAAGUCACA-AUGCGCUAAGUAAUGGGCCAACGGUUAUUGGCAAUAGCUUAGCACUCUA
.(((--(((((-(.((....)).))))--------))...(((((.....)))))-....(((((((.((..(((((......))))).)).))))))).))).. ( -37.90)
>DroSec_CAF1 9955 93 + 1
CGAG--GCCGG-CUGCUGCGGCUGCUG--------GCUGGUGUGAAUAAGUCACA-GUGCGCUAAAUAAUGGGCCAACGGUUAUUGGCAAUAGCUUAGCACUCUA
.(((--(((((-(.((....)).))))--------)).(.(((((.....)))))-.)..(((((.......(((((......)))))......))))).))).. ( -32.32)
>DroSim_CAF1 10840 93 + 1
CGAG--GCCGG-CUGCUGCGGCUGCUG--------GCUGGUGUGAAUAAGUCACA-AUGCGCUAAGUAAUGGGCCAAAAGUUAUUGGCAAUAGCUUAGCACUCUA
.(((--(((((-(.((....)).))))--------))...(((((.....)))))-....(((((((.((..(((((......))))).)).))))))).))).. ( -37.90)
>DroEre_CAF1 10715 87 + 1
CGAG--GCCGG-CUGC------UGCUG--------GCUGGUGUGAAUAAAUCACA-AUGCGCUAAGUAAUGGGCCAACGGUUAUUGGCAGUAGCUUAGCACUCUA
.(((--(((((-(...------.))))--------))...(((((.....)))))-....(((((((.((..(((((......))))).)).))))))).))).. ( -35.20)
>DroYak_CAF1 10928 80 + 1
CGAG--GCC--------------GCUG--------GCUGGUGUGAAUAAAUCACA-AUGCGCUAAGUAAUGGGCCAACGGUUAUUGGCAAUAGCUUAGCACUCUA
.(((--...--------------....--------((...(((((.....)))))-..))(((((((.((..(((((......))))).)).))))))).))).. ( -27.50)
>DroAna_CAF1 10300 103 + 1
CGGGCAGCCGGCCUGCUGCUGGUACUGUUUCUAUUUCUGGUGUGAAUAAAUCACAAAUGCGCUAAGUAAUUGGCCAACGGUUAUUGGCAAUAGCUCAGC--UAAG
(((((.....))))).(((..(((((((............(((((.....)))))..((.(((((....))))))))))).)))..))).((((...))--)).. ( -30.20)
>consensus
CGAG__GCCGG_CUGCUGC_GCUGCUG________GCUGGUGUGAAUAAAUCACA_AUGCGCUAAGUAAUGGGCCAACGGUUAUUGGCAAUAGCUUAGCACUCUA
.(((...............................((...(((((.....)))))...))(((((((.((..(((((......))))).)).))))))).))).. (-21.49 = -22.05 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	20,713,559 – 20,713,652
Length	93
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.64
Mean single sequence MFE	-28.85
Consensus MFE	-20.28
Energy contribution	-20.50
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.56
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.741022
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20713559 93 - 27905053
UAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGUUGGCCCAUUACUUAGCGCAU-UGUGACUUAUUCACACCAGC--------CAGCAGCAACAGCAG-CCGGC--CUCG
....((((((((..((.((((((....))))))..))..))))))))..-(((((.....)))))...((--------(.((.((....)).)-).)))--.... ( -31.00)
>DroSec_CAF1 9955 93 - 1
UAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGUUGGCCCAUUAUUUAGCGCAC-UGUGACUUAUUCACACCAGC--------CAGCAGCCGCAGCAG-CCGGC--CUCG
....((((((((..((.((((((....))))))..))..))))))))..-(((((.....)))))...((--------(.((.((....)).)-).)))--.... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 10840 93 - 1
UAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACUUUUGGCCCAUUACUUAGCGCAU-UGUGACUUAUUCACACCAGC--------CAGCAGCCGCAGCAG-CCGGC--CUCG
....((((((((..((.(((((......)))))..))..))))))))..-(((((.....)))))...((--------(.((.((....)).)-).)))--.... ( -30.10)
>DroEre_CAF1 10715 87 - 1
UAGAGUGCUAAGCUACUGCCAAUAACCGUUGGCCCAUUACUUAGCGCAU-UGUGAUUUAUUCACACCAGC--------CAGCA------GCAG-CCGGC--CUCG
....((((((((.....((((((....))))))......))))))))..-(((((.....)))))...((--------(.((.------...)-).)))--.... ( -29.40)
>DroYak_CAF1 10928 80 - 1
UAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGUUGGCCCAUUACUUAGCGCAU-UGUGAUUUAUUCACACCAGC--------CAGC--------------GGC--CUCG
....((((((((..((.((((((....))))))..))..))))))))..-(((((.....)))))...((--------(...--------------)))--.... ( -25.00)
>DroAna_CAF1 10300 103 - 1
CUUA--GCUGAGCUAUUGCCAAUAACCGUUGGCCAAUUACUUAGCGCAUUUGUGAUUUAUUCACACCAGAAAUAGAAACAGUACCAGCAGCAGGCCGGCUGCCCG
....--((((((..(((((((((....))))).))))..)))))).....(((((.....))))).....................(((((......)))))... ( -29.40)
>consensus
UAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGUUGGCCCAUUACUUAGCGCAU_UGUGACUUAUUCACACCAGC________CAGCAGC_GCAGCAG_CCGGC__CUCG
....((((((((.....((((((....))))))......))))))))...(((((.....)))))........................................ (-20.28 = -20.50 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	20,713,587 – 20,713,685
Length	98
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.46
Mean single sequence MFE	-32.13
Consensus MFE	-17.61
Energy contribution	-17.20
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-3.25
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.918855
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20713587 98 - 27905053
---GACAGCUGGC--UGGCAAUUGGCCUAAUCGGCCAAUAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGU-UGGCCCAUUACUUAGCGCAU-UGUGACUUAUUCACAC
---..(((....)--))...(((((((.....)))))))...((((((((..((.((((((....))-))))..))..))))))))..-(((((.....))))). ( -35.30)
>DroPse_CAF1 10292 98 - 1
CAGGCCAGUUGCCAAUGCCAAUUGACCCAAUCGUUG-----U-GGCUAAGCUGUUGCCAAUAACCGUUUGGUCAAUUACUUAGCGCAU-UGUGAUUUAUUCACAC
..(((.....)))((((((((((((((.(((.((((-----(-(((.........))).))))).))).)))))))).....).))))-)((((.....)))).. ( -29.80)
>DroSec_CAF1 9983 98 - 1
---GACAGCUGGC--UGGCAAUUGGCCUAAUCGGCCAAUAGAGUGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGU-UGGCCCAUUAUUUAGCGCAC-UGUGACUUAUUCACAC
---..(((....)--))...(((((((.....)))))))...((((((((..((.((((((....))-))))..))..))))))))..-(((((.....))))). ( -33.00)
>DroEre_CAF1 10737 98 - 1
---GACAGCUGGC--UGGCAAUUGGCCUAAUCGGCCAAUAGAGUGCUAAGCUACUGCCAAUAACCGU-UGGCCCAUUACUUAGCGCAU-UGUGAUUUAUUCACAC
---..(((....)--))...(((((((.....)))))))...((((((((.....((((((....))-))))......))))))))..-(((((.....))))). ( -36.00)
>DroAna_CAF1 10339 95 - 1
-----CACCCGGC--UGCCAAUUGGUCUAAUCGGCCUGCUUA--GCUGAGCUAUUGCCAAUAACCGU-UGGCCAAUUACUUAGCGCAUUUGUGAUUUAUUCACAC
-----.....(((--((((....)))......))))(((...--((((((..(((((((((....))-))).))))..)))))))))..(((((.....))))). ( -28.90)
>DroPer_CAF1 10289 98 - 1
CAGGCCAGUUGCCAAUGCCAAUUGACCUAAUCGUUG-----U-GGCUAAGCUGUUGCCAAUAACCGUUUGGUCAAUUACUUAGCGCAU-UGUGAUUUAUUCACAC
..(((.....)))((((((((((((((.(((.((((-----(-(((.........))).))))).))).)))))))).....).))))-)((((.....)))).. ( -29.80)
>consensus
___GACAGCUGGC__UGCCAAUUGGCCUAAUCGGCCAAUAGA_UGCUAAGCUAUUGCCAAUAACCGU_UGGCCAAUUACUUAGCGCAU_UGUGAUUUAUUCACAC
.......((..............((((.....))))........((((((.....((((.........))))......))))))))...(((((.....))))). (-17.61 = -17.20 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

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