| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,707,955 – 20,708,071 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 20,707,955 – 20,708,071 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.47 |
| Mean single sequence MFE | -35.96 |
| Consensus MFE | -21.96 |
| Energy contribution | -22.55 |
| Covariance contribution | 0.59 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -1.38 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 20707955 116 - 27905053 CCAGCCUCUGCAUCUGGCUCGCCUACUUGCUUCCUGCCCACAGCAUGGCGGGACUUUACACAUAUUCCAACAGCAGCGAUACGGGCAUAUACCUGUAUAUGGGUAAGCU---AUCU-UGG (((((....))...(((((..((((.((((((((((((........)))))))..................)))))..(((((((......))))))).))))..))))---)...-))) ( -34.76) >DroVir_CAF1 5416 116 - 1 CCAGCUUGUGCAUCUGGCUGGCCUAUUUGCUGCCGGCUCACAGCAUGGCCGGACUAUAUACCUAUUCGAAUAGCAGCGACACCGGCAUCUAUUUGUACAUGGGUAAGCG---AGAC-AGC ((((((.(.....).))))))....((((((.((((((........))))))......(((((((.(((((((..((.......))..)))))))...)))))))))))---))..-... ( -38.00) >DroGri_CAF1 5782 111 - 1 CCAGCCUGUGCAUUUGGCUGGCAUACCUGCUGCCCGCCCAUAGCAUGGCCGGAUUAUAUACCUACUCGAAUAGCAGCGAUACUGGCAUCUAUUUAUAUAUGGGUAUGUA---U------C ((.(((.((((....(((.((((.......)))).)))....))))))).))..((((((((((...((((((..((.......))..)))))).....))))))))))---.------. ( -36.70) >DroWil_CAF1 5589 120 - 1 CUAGCCUUUGCAUUUGGCUGGCCUAUCUAUUGCCGGCUCACAGUAUGGCUGGAUUGUAUACCUAUUCCAAUAGCAGCGAUACGGGCAUUUAUCUAUAUAUGGGUAAGAGUCUCUCUGUGG ...((....))....(((((((.........)))))))((((((((.((((.((((...........))))..)))).))))((((.((((((((....)))))))).))))...)))). ( -34.40) >DroMoj_CAF1 4758 116 - 1 CCAGCCUAUGCAUUUGGCUGGCCUAUUUGCUGCCGGCGCACAGCAUGGCCGGACUAUAUACCUAUUCGAAUAGCAGCGAUACGGGCAUCUACCUGUACAUGGGUAAGUC---UAAC-GGG ((.(((.((((...((((((((.........)))))).))..))))))).(((((...((((((((((........)))((((((......)))))).)))))))))))---)...-)). ( -39.70) >DroAna_CAF1 4756 116 - 1 CCAGCUUGUGCAUCUGGCUGGCCUACUUGCUUCCAGCUCACAGCAUGGCAGGACUCUAUACCUAUUCCAACAGCAGUGACACGGGGAUCUACUUGUAUAUGGGUAAGAA---UCCA-CAA ((((((.(((...((((..(((......))).))))..)))))).)))..(((.(((.(((((((....((....))...(((((......)))))..)))))))))).---))).-... ( -32.20) >consensus CCAGCCUGUGCAUCUGGCUGGCCUACUUGCUGCCGGCUCACAGCAUGGCCGGACUAUAUACCUAUUCCAAUAGCAGCGAUACGGGCAUCUACCUGUAUAUGGGUAAGAA___UUCC_UGG ((((((.........))))))....((((((.((((((........)))))).....................((...(((((((......))))))).))))))))............. (-21.96 = -22.55 + 0.59)
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