Locus 7708

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,707,685 – 20,707,805
Length 120
Max. P 0.594975
window12434

overview

Window 4

Location 20,707,685 – 20,707,805
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.22
Mean single sequence MFE -48.34
Consensus MFE -31.18
Energy contribution -30.42
Covariance contribution -0.77
Combinations/Pair 1.63
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.594975
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20707685 120 - 27905053
CCUGGCAGUGGCGGCAGUGGGUGGCUACCUGGUGCAUCCCCAGAACCUGGCCCAGUUCUGGUCCUGGUUGCAAUUCGUUUCGCCAGAACGUUGGCUGCUGCCCGUUCUGGUGCAGGAUGA
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>DroVir_CAF1 5142 120 - 1
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>DroGri_CAF1 5499 120 - 1
UUUGGCAUUAUCUGCCGUCGGCGGUUAUCUGGUGCAUCCACGUAAUCUGUCCAAGCUGUGGUCCUGGCUACAAUUGGCUUCACCGCAGCGUUGGUUGCUGCCGGUCCUGGUGCAAGAUGA
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>DroWil_CAF1 5325 120 - 1
UCUGGCAUUGGCCUCGGUCGGUGGCUAUUUGGUGCAUCCCUAUAAUUUAUCCAAAUUCUGGUCCUGGCUGCAGUUAGUUUCGCCUCAGCGUUGGCUUUUGCCCGUACUCGUCCAGGAUGA
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>DroMoj_CAF1 4483 120 - 1
UCUGACACUGGCCGCCGUGGGUGGUUACUUGGUGCAUCCGCGCAAUUUGUCCAAGUUCUGGUCCUGGCUGCAGCAAGCCUCGCCCCAGCGCUGGCUGCUGCCCGUGCUGGUGCAGGAUGA
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>DroAna_CAF1 4485 120 - 1
UUUGGGGCUGGCCGCUGUGGGCGGCUAUCUGGUGCAUCCACAGAACCUGGCCAAGUUCUGGACCUGGUUGCAGUAUGCUUCGCCAGAGCGUUGGCUUCUGCCCGUCCUGGUUCAGGACGA
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>consensus
UCUGGCACUGGCCGCCGUCGGCGGCUAUCUGGUGCAUCCACAUAAUCUGUCCAAGUUCUGGUCCUGGCUGCAGUUAGCUUCGCCACAGCGUUGGCUGCUGCCCGUCCUGGUGCAGGAUGA
.(..(...(((((((.....))))))).)..)..(((((.....(((.((.(..((((((((...((((......))))..))))))))...(((....))).).)).)))...))))). (-31.18 = -30.42 +  -0.77)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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