Locus 7707

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,707,387 – 20,707,507
Length 120
Max. P 0.604051
window12433

overview

Window 3

Location 20,707,387 – 20,707,507
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.72
Mean single sequence MFE -43.01
Consensus MFE -22.44
Energy contribution -22.30
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.604051
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20707387 120 - 27905053
CGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCCCAGCAGCACGUGCUGGAUCCCACGCCCACCUAUGACCAGACCACCUCGGUGGCUUUGGUUCUGGGUUCGGUGCUCGUCUUUUG
.(((..(((.(..(...(((....)))(((((((...)))))))..)..))))......((((.(((((.(((((((((((....)))).))))))).)))))..))))...)))..... ( -49.40)
>DroVir_CAF1 4571 120 - 1
UGGCACACAGGUGCUGCACGAUUAUCAGUUGCUGCCGCAGCAACAUGUGCUGGAUGCCACACUCAGCUAUGAUCAGACCACAUCUGUGGCCCUGGUGCUGGCCUCUGUGUUGCUCUUCUG
.((((((((((.(((((((....(((((((((((...)))))))....((((..((...))..))))..))))(((.((((....))))..))))))).))).)))))).))))...... ( -46.80)
>DroGri_CAF1 5214 120 - 1
UGGCACUCAAGUUCUGGUCGACUAUCAACUGCUGCCGCAGCAGCAUGUCCUCGACCCGACACUCAGCUACGAUCAGACCACCUCGGUGGCUCUGGUCCUUGCGUCCGUGCUCAUCUUCUG
.(((((...(((((.((((((....((..((((((....))))))))...)))))).)).)))..((...(((((((((((....)))).)))))))...))....)))))......... ( -45.80)
>DroWil_CAF1 5042 120 - 1
UGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUUCAAUUGCUGCCGCAGCAGCAUGUACUCGAUCCCACACACAACUAUGAUCAGACCACUUCGAUGGCUUUGGUGCUGGCCUCUGUGUUGGUCUUUUG
.((((((.((((....(((((........((((((....)))))).......((((..............))))........))))).)))).))))))((((........))))..... ( -34.04)
>DroMoj_CAF1 4191 120 - 1
UGGCACACAAGUGCUGCACGACUUUCAGUUGCUGCCGCAGCAGCAUGUGCUGGACGCCACGCUCAACUAUGAUCAGACCACCACUCUGGCCUUGGUGCUGGGCUCCGUGCUGCUCUUCUG
.(((((....)))))(((((...((((((((((((....))))))...))))))......(((((((((.(..((((.......))))..).))))..)))))..))))).......... ( -41.70)
>DroAna_CAF1 4183 120 - 1
CGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCACAGCAGCAUAUCCUGGAUCCCACAUCCAGCUACGAUCAGACCACCACAAUGGCCCUCGUCCUGGCCUCGGUGAUAGUCUUCUU
.(((((....))))).(((....(((.(((((((...))))))).....((((((.....))))))...)))...)))((((.....((((........))))..))))........... ( -40.30)
>consensus
UGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUUCAGCUGCUGCCGCAGCAGCAUGUGCUGGAUCCCACACUCAGCUAUGAUCAGACCACCUCGGUGGCCCUGGUGCUGGCCUCCGUGCUGGUCUUCUG
.(((((....)))))............(((((((...)))))))...............(((...((((..(((((.(((......)))..)))))..))))....)))........... (-22.44 = -22.30 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:52:38 2006