Locus 7705

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,701,137 – 20,701,294
Length 157
Max. P 0.972098
window12428 window12429 window12430 window12431

overview

Window 8

Location 20,701,137 – 20,701,254
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.37
Mean single sequence MFE -56.70
Consensus MFE -36.94
Energy contribution -37.83
Covariance contribution 0.90
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.24
SVM RNA-class probability 0.934744
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20701137 117 + 27905053
AGGCCGUGGGGCGGAGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGGUUGGUGAUCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCUGUGGUUGUAGCCGUGGCCGCCGCAGCAGCUGCCUGUAUG
..((((.(.(((.....))).)))))((((.(((((.(((((((((((((((((((((.((.........)).)))))))))))...))))..))))))....)))))))))..... ( -55.20)
>DroPse_CAF1 2696 117 + 1
AGACCAUGGGGUGGCGUUCCGCUGGUGGGGGAGCUCAGGUGAUUUGUGAUCACUGAGGCGGCAGCCACGACCACCUCGGUUGUGGUCGCGGUGGCAGCCGCAGCAGCCGCUUGUAUC
........((((((((((((.(.....).)))))...(((((((...)))))))(..(((((.(((((((((((.......))))))...))))).)))))..).)))))))..... ( -53.10)
>DroWil_CAF1 2859 106 + 1
AGACUAUGCGGUGGUGUGCCACUAGUGGGUGAGCUCAGGUGAUUGGUUAUCACCGAGGCGGCAGCCACCACCACUUCGGUAGUGGUUGCAGUGGCAGCAGCUGCAG-----------
......((((((.((.(((((((.........(((..((((((.....))))))..))).((((((((.(((.....))).))))))))))))))))).)))))).----------- ( -52.70)
>DroYak_CAF1 3005 117 + 1
AGGCCAUGUGGCGGAGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGGUUGGUGAUCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCGGUGGUUGUGGCCGUGGCCGCCGCAGCUGCAGCCUGAAUG
..((((.(((((.....)))))))))((.(((((((.(((((((.((....))....((((((((.((((((.....)))))).))))))))))))))).))))).)).))...... ( -65.00)
>DroAna_CAF1 2633 117 + 1
AGUCCAUGCGGCGGAGUGCCACUUGUCGGCGAGCUAAGGUGAUUCGUGAUCACCGAGGCAGCAGCUGCAACCACCUCCGUGGUAGUGGCUGUUGCCGCAGCCGCUGCAGCCGUUAUG
....((((((((((....))...((.(((((.(((..(((((((...)))))))(.(((((((((..(.(((((....))))).)..))))))))).))))))))))))))).)))) ( -61.10)
>DroPer_CAF1 2706 117 + 1
AGACCAUGGGGUGGCGUUCCGCUGGUGGGGGAGCUCAGGUGAUUUGUGAUCACUGAGGCGGCAGCCACGACCACCUCGGUUGUGGUCGCGGUGGCAGCCGCAGCAGCCGCUUGUAUC
........((((((((((((.(.....).)))))...(((((((...)))))))(..(((((.(((((((((((.......))))))...))))).)))))..).)))))))..... ( -53.10)
>consensus
AGACCAUGGGGCGGAGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUCAGGUGAUUGGUGAUCACAGAGGCGGCAGCCACCACCACCUCGGUGGUGGUCGCCGUGGCAGCCGCAGCAGCAGCCUGUAUG
...((((..(((((....))))).))))....(((..((((((.....))))))..))).((.(((((((((.....))))))))).)).(((((.((....)).)))))....... (-36.94 = -37.83 +   0.90)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 20,701,137 – 20,701,254
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.37
Mean single sequence MFE -49.36
Consensus MFE -29.92
Energy contribution -31.25
Covariance contribution 1.33
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.92
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.69
SVM RNA-class probability 0.972098
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20701137 117 - 27905053
CAUACAGGCAGCUGCUGCGGCGGCCACGGCUACAACCACAGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGAUCACCAACCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACUCCGCCCCACGGCCU
.....((((.(((((((.(((((((...(((((.(((((....))))).))))))))))))...((((.(.............).))))....)))))))....((.....)))))) ( -49.42)
>DroPse_CAF1 2696 117 - 1
GAUACAAGCGGCUGCUGCGGCUGCCACCGCGACCACAACCGAGGUGGUCGUGGCUGCCGCCUCAGUGAUCACAAAUCACCUGAGCUCCCCCACCAGCGGAACGCCACCCCAUGGUCU
.......(((.((((((((((.(((...((((((((.......))))))))))).)))))(((((((((.....)))).)))))..........)))))..))).(((....))).. ( -47.10)
>DroWil_CAF1 2859 106 - 1
-----------CUGCAGCUGCUGCCACUGCAACCACUACCGAAGUGGUGGUGGCUGCCGCCUCGGUGAUAACCAAUCACCUGAGCUCACCCACUAGUGGCACACCACCGCAUAGUCU
-----------..(((((..(..(((((..............)))))..)..))))).((.((((((((.....)))))).))))......((((((((.......)))).)))).. ( -41.24)
>DroYak_CAF1 3005 117 - 1
CAUUCAGGCUGCAGCUGCGGCGGCCACGGCCACAACCACCGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGAUCACCAACCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACUCCGCCACAUGGCCU
......((.((.(((((.(((((((...(((((.(((((....))))).))))))))))))...(((.........)))..))))))).)).((((.(((.....))).).)))... ( -52.60)
>DroAna_CAF1 2633 117 - 1
CAUAACGGCUGCAGCGGCUGCGGCAACAGCCACUACCACGGAGGUGGUUGCAGCUGCUGCCUCGGUGAUCACGAAUCACCUUAGCUCGCCGACAAGUGGCACUCCGCCGCAUGGACU
.....((((.((((((((((((((....)))((((((.....)))))).)))))))))))...((((((.....)))))).......)))).((.(((((.....))))).)).... ( -58.70)
>DroPer_CAF1 2706 117 - 1
GAUACAAGCGGCUGCUGCGGCUGCCACCGCGACCACAACCGAGGUGGUCGUGGCUGCCGCCUCAGUGAUCACAAAUCACCUGAGCUCCCCCACCAGCGGAACGCCACCCCAUGGUCU
.......(((.((((((((((.(((...((((((((.......))))))))))).)))))(((((((((.....)))).)))))..........)))))..))).(((....))).. ( -47.10)
>consensus
CAUACAGGCGGCUGCUGCGGCGGCCACCGCCACCACCACCGAGGUGGUGGUGGCUGCCGCCUCAGUGAUCACCAAUCACCUGAGCUCACCCACCAGCGGCACUCCACCCCAUGGUCU
.............((.(((((.(((...(((((((((.....)))))))))))).)))))....(((((.....)))))....))..........((((....)))).......... (-29.92 = -31.25 +   1.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 20,701,174 – 20,701,294
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.83
Mean single sequence MFE -54.15
Consensus MFE -32.03
Energy contribution -31.87
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.85
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.610033
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20701174 120 + 27905053
GGUGGUUGGUGAUCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCUGUGGUUGUAGCCGUGGCCGCCGCAGCAGCUGCCUGUAUGGGUGAGGUGAUGGAGUUCAGUGCACUGCCGAUGGAGGAGU
(((((((((((((((((((((.((.........)).)))))))))))...))))..))))))......(((.(((.(((.(((..((((.((.....))...))))))).))).)))))) ( -49.60)
>DroVir_CAF1 2883 120 + 1
AAUGAUUUGUUAUGGCCGAUGCAGCGGCUACCACCACCUCCGUGGUGGUGGCUGUUGCCGCCGCCGCUGCGGCCGUUAUGGGCGAUGUUAGGGAAUUGAUAGCGCUGCCUAUUGAGGAGU
....((((.((((((((...((((((((.((((((((....))))))))(((....)))...)))))))))))))..(((((((.(((((.........))))).)))))))))).)))) ( -56.00)
>DroPse_CAF1 2733 120 + 1
GGUGAUUUGUGAUCACUGAGGCGGCAGCCACGACCACCUCGGUUGUGGUCGCGGUGGCAGCCGCAGCAGCCGCUUGUAUCGGCGAAGUUAUUGAGUUGAGGGCGCUGCCGAUCGAGGAGU
(((((((...)))))))..(((.((.(((((((((.....))))))))).(((((....))))).)).))).((((.(((((((..((..((.....))..))..))))))))))).... ( -53.40)
>DroYak_CAF1 3042 120 + 1
GGUGGUUGGUGAUCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCGGUGGUUGUGGCCGUGGCCGCCGCAGCUGCAGCCUGAAUGGGUGAGGUGAUGGAGUUGAGGGCACUGCCGAUGGAGGAGU
((((((.((((..(.(....).)..)))))))))).((((((..((...(((....)))(((.(((((.((((((.(.....).))))..)).)))))..)))))..)))).))...... ( -54.50)
>DroAna_CAF1 2670 120 + 1
GGUGAUUCGUGAUCACCGAGGCAGCAGCUGCAACCACCUCCGUGGUAGUGGCUGUUGCCGCAGCCGCUGCAGCCGUUAUGGGGGAUGUGAUCGAGUUGAGGGCGCUGCCAAUGGAGGAGU
(((((((...)))))))..(((((((((..(.(((((....))))).)..)))))))))(((((.(((.(((((((((((.....))))).)).))))..))))))))............ ( -56.50)
>DroPer_CAF1 2743 120 + 1
GGUGAUUUGUGAUCACUGAGGCGGCAGCCACGACCACCUCGGUUGUGGUCGCGGUGGCAGCCGCAGCAGCCGCUUGUAUCGGCGAAGUUAUCGAGUUGAGGGCGCUGCCGAUCGAGGAGU
(((((((...)))))))..(((.((.(((((((((.....))))))))).(((((....))))).)).))).((((.(((((((..((..((.....))..))..))))))))))).... ( -54.90)
>consensus
GGUGAUUUGUGAUCACAGAGGCGGCAGCCACCACCACCUCGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGCCGCAGCAGCAGCCUGUAUGGGCGAAGUGAUGGAGUUGAGGGCGCUGCCGAUGGAGGAGU
.(((((.....)))))...((((((.((((((((.......)))))))).)))(((((.((....)).))))).......((((...(((......)))...)))))))........... (-32.03 = -31.87 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 20,701,174 – 20,701,294
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.83
Mean single sequence MFE -46.28
Consensus MFE -29.98
Energy contribution -30.78
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.85
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.26
SVM RNA-class probability 0.936915
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20701174 120 - 27905053
ACUCCUCCAUCGGCAGUGCACUGAACUCCAUCACCUCACCCAUACAGGCAGCUGCUGCGGCGGCCACGGCUACAACCACAGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGAUCACCAACCACC
..........(((((((((.(((.....................)))))).)))))).(((((((...(((((.(((((....))))).))))))))))))...(((.........))). ( -43.80)
>DroVir_CAF1 2883 120 - 1
ACUCCUCAAUAGGCAGCGCUAUCAAUUCCCUAACAUCGCCCAUAACGGCCGCAGCGGCGGCGGCAACAGCCACCACCACGGAGGUGGUGGUAGCCGCUGCAUCGGCCAUAACAAAUCAUU
...........(((.......................)))......(((((..(((((((((....).(((((((((.....))))))))).))))))))..)))))............. ( -49.80)
>DroPse_CAF1 2733 120 - 1
ACUCCUCGAUCGGCAGCGCCCUCAACUCAAUAACUUCGCCGAUACAAGCGGCUGCUGCGGCUGCCACCGCGACCACAACCGAGGUGGUCGUGGCUGCCGCCUCAGUGAUCACAAAUCACC
.......(((((((((((((((....((............))....)).))).)))))(((.((..((((((((((.......))))))))))..)).)))....))))).......... ( -45.60)
>DroYak_CAF1 3042 120 - 1
ACUCCUCCAUCGGCAGUGCCCUCAACUCCAUCACCUCACCCAUUCAGGCUGCAGCUGCGGCGGCCACGGCCACAACCACCGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGAUCACCAACCACC
.....((((..(((.(.(((.(((...((((((((((..........(((((....)))))(((....))).........))))))))))))).)))))))..)).))............ ( -44.70)
>DroAna_CAF1 2670 120 - 1
ACUCCUCCAUUGGCAGCGCCCUCAACUCGAUCACAUCCCCCAUAACGGCUGCAGCGGCUGCGGCAACAGCCACUACCACGGAGGUGGUUGCAGCUGCUGCCUCGGUGAUCACGAAUCACC
...........(((...)))........((((((.....((.....))..((((((((((((((....)))((((((.....)))))).)))))))))))....)))))).......... ( -45.60)
>DroPer_CAF1 2743 120 - 1
ACUCCUCGAUCGGCAGCGCCCUCAACUCGAUAACUUCGCCGAUACAAGCGGCUGCUGCGGCUGCCACCGCGACCACAACCGAGGUGGUCGUGGCUGCCGCCUCAGUGAUCACAAAUCACC
.......(((((((((((((((....(((..........)))....)).))).)))))(((.((..((((((((((.......))))))))))..)).)))....))))).......... ( -48.20)
>consensus
ACUCCUCCAUCGGCAGCGCCCUCAACUCCAUAACAUCGCCCAUACAGGCGGCAGCUGCGGCGGCCACAGCCACCACCACCGAGGUGGUGGUGGCUGCCGCCUCAGUGAUCACAAAUCACC
...........(((.(((((...........................(((((((...)))))))....(((((((((.....)))))))))))).)).)))...(((((.....))))). (-29.98 = -30.78 +   0.81)

alignment

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