Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,673,978 – 20,674,098 |
Length | 120 |
Max. P | 0.769108 |
Location | 20,673,978 – 20,674,098 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.61 |
Mean single sequence MFE | -47.68 |
Consensus MFE | -32.06 |
Energy contribution | -32.62 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.52 |
SVM RNA-class probability | 0.769108 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 20673978 120 - 27905053 CCACAGCAUCCUGGCUGUUGUACUUGGGGAGCCAUCCGAGGAUCGGGAGUCUCUUGUGCAGGGUCUUGCGAUUGAAGGUGCGCCGCUGGCAAUCCUGCAGCCAACUGCGUGUGCAGUCCA .(((((((...(((((((....((((((......))))))(((((.(((.((((.....)))).))).)))))..(((...(((...)))...))))))))))..))).))))....... ( -43.10) >DroPse_CAF1 11612 120 - 1 CGACUGCAUCCUGGCUGCUGUAACGCGGCAGCCACCCAAGAAUGGGCAGUUUUUUGUGCAGGGUCUUGCGGUUGAAGGUCCUUCUGCUGCACUCCUGCAGCCAGCUCUUGGUGCACUCCA .((.((((...(((((((((.....))))))))).((((((.(((((((....))))((((((...((((((.((((...)))).)))))).))))))..)))..)))))))))).)).. ( -55.00) >DroEre_CAF1 10971 120 - 1 CCACAGCAUCCUGGCUGUUGUACUUAGGCAGCCAUCCGAGGAUCGGCAGCUUCUUGUGCAGGGUUUUGCGGUUGAAGGUGCGCCUUUUGCAGUCCUUCAGCCAACUACGGGUGCACUCCA .....((((((.((((.((((((..((((.((((((....))).))).))))...))))))))))....(((((((((((((.....))))..)))))))))......))))))...... ( -46.40) >DroYak_CAF1 11265 120 - 1 CCACAGCAUCCUGGCUGUUGUACUUUGGCAGCCAGCCGAGGAUCGGCAGUCUCUUGUGCAGGGUUUUGCGAUUGAAGGUGCGUCGCUGGCAGUCCUGCAGCCAACUACGGGUGCAGUCCA .....((((...((((((((..(((((((.....)))))))..))))))))....)))).(((......(((((..((((...))))..)))))(((((.((......)).)))))))). ( -46.80) >DroAna_CAF1 11024 120 - 1 CGACAGCAUCCUGACUAUUAUAGCGGGGAAGCCAAGAUAGUAUGGGCAGUCUUUUGUGCAGAGUUUUGCGGUUGAAGGUCCUGCGGCCGCAAUUUUGUAGCCAACUGCGGGUGCAUUCCA .....((((((..((((((...((......))...))))))....(((((......((((((((..((((((((.((...)).))))))))))))))))....)))))))))))...... ( -39.80) >DroPer_CAF1 11606 120 - 1 CGACUGCAUCCUGGCUGCUGUAUCGCGGCAGCCACCCAAGAAUGGGCAGUUUUUUGUGCAGGGUCUUGCGGUUGAAGGUCCUUCUGCUGCACUCCUGCAGCCAGCUCUUGGUGCACUCCA .((.((((...(((((((((.....))))))))).((((((.(((((((....))))((((((...((((((.((((...)))).)))))).))))))..)))..)))))))))).)).. ( -55.00) >consensus CCACAGCAUCCUGGCUGUUGUACCGCGGCAGCCACCCGAGGAUCGGCAGUCUCUUGUGCAGGGUCUUGCGGUUGAAGGUCCGUCGGCUGCAAUCCUGCAGCCAACUACGGGUGCACUCCA .....((((((((((((((.......))))))))..........(((.........(((((((..((((((..(.........)..))))))))))))))))......))))))...... (-32.06 = -32.62 + 0.56)
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