Locus 7681

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	20,597,596 – 20,597,699
Length	103
Max. P	0.972787

overview

Window 1

Location	20,597,596 – 20,597,699
Length	103
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.83
Mean single sequence MFE	-29.53
Consensus MFE	-21.32
Energy contribution	-22.04
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-3.35
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972787
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20597596 103 + 27905053
GCUCACAGUUCAAUUGAAUCCAAUUGACCAAGUGCGUGGCUCUUGUCAAGCAAAUAC--------AUUUGCUUACGUAUACUUAAUUUACGUGGCGUAUACGUAAUGCAAC
.......(.(((((((....))))))).)...(((.((((....)))).))).....--------..((((((((((((((..............)))))))))).)))). ( -27.94)
>DroVir_CAF1 25412 101 + 1
GCACUCAGUUUAAUUGAAUCCAAUUGCCCAUGUGCGUGGCUAUUGUCAUGCAAAUUC--------AUUUGCUUACGUAUACUUAAUUUAAGAUAUGUAUACGUAACACA--
(((....(..((((((....))))))..)...((((((((....)))))))).....--------...)))((((((((((..............))))))))))....-- ( -26.94)
>DroPse_CAF1 23805 111 + 1
GCAUACAGUUCAAUUGAAGCCAAUUGUCCAAGUGCGUGGCUCUUGUCAAGCAAAUUUAUUUAUUUAUUUGCUUACGUAUACUUAAUGUACGGGCCGUAUACGUAAUGCAAC
((((((.(..((((((....))))))..)..(((..((((((..((.((((((((..........))))))))))(((((.....)))))))))))..))))).))))... ( -34.10)
>DroGri_CAF1 27587 99 + 1
GCACUCAGUUCAAUUGAAUUCAAUUACCCAAGUGCGUGGGUCUG-UCAGGCAAAUGA--------AUUUGCUUACGUAUACUUUAUUUACGAGACGUAUACGUAAAGC---
(((...((((((.(((....((...(((((......))))).))-.....))).)))--------))))))((((((((((.((........)).))))))))))...--- ( -24.30)
>DroMoj_CAF1 25136 100 + 1
GCACUCGGUUCAAUUGAAUUCAAUUACCCAAGUGCGUGGCUAUGGCCA-GCAAAUUA--------AUUUGCUUACGUACAUUUCAUUUAAGAGAUCCAUACGUAACACG--
(((((.((...(((((....)))))..)).))))).((((....))))-(((((...--------.)))))(((((((.(((((......)))))...)))))))....-- ( -28.90)
>DroPer_CAF1 23774 111 + 1
GCAUACAGUUCAAUUGAAACCAAUUGUCCAAGUGCGUGGCUCUUGUCAAGCAAAUUUAUUUAUUUAUUUGCUUACGUAUACUUAAUGUACGAGCCGUAUACGUAAUGCAAC
((((((.(..((((((....))))))..)..(((..((((((..((.((((((((..........))))))))))(((((.....)))))))))))..))))).))))... ( -35.00)
>consensus
GCACACAGUUCAAUUGAAUCCAAUUGCCCAAGUGCGUGGCUCUUGUCAAGCAAAUUA________AUUUGCUUACGUAUACUUAAUUUACGAGACGUAUACGUAAUGCA__
((((......((((((....)))))).....)))).((((....)))).((((((..........))))))((((((((((..............))))))))))...... (-21.32 = -22.04 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	20,597,596 – 20,597,699
Length	103
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.83
Mean single sequence MFE	-27.74
Consensus MFE	-19.42
Energy contribution	-19.81
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	1.42
SVM RNA-class probability	0.951804
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20597596 103 - 27905053
GUUGCAUUACGUAUACGCCACGUAAAUUAAGUAUACGUAAGCAAAU--------GUAUUUGCUUGACAAGAGCCACGCACUUGGUCAAUUGGAUUCAAUUGAACUGUGAGC
.((((.((((((((((..............))))))))))))))..--------......((((..((((.((...)).)))).(((((((....))))))).....)))) ( -27.84)
>DroVir_CAF1 25412 101 - 1
--UGUGUUACGUAUACAUAUCUUAAAUUAAGUAUACGUAAGCAAAU--------GAAUUUGCAUGACAAUAGCCACGCACAUGGGCAAUUGGAUUCAAUUAAACUGAGUGC
--.(((((((((((((.((........)).))))))))))(((((.--------...)))))...........)))((((.(((..(((((....)))))...))).)))) ( -24.70)
>DroPse_CAF1 23805 111 - 1
GUUGCAUUACGUAUACGGCCCGUACAUUAAGUAUACGUAAGCAAAUAAAUAAAUAAAUUUGCUUGACAAGAGCCACGCACUUGGACAAUUGGCUUCAAUUGAACUGUAUGC
.((((.((((((((((..............))))))))))))))................((((.....))))...(((..(((.((((((....))))))..)))..))) ( -24.74)
>DroGri_CAF1 27587 99 - 1
---GCUUUACGUAUACGUCUCGUAAAUAAAGUAUACGUAAGCAAAU--------UCAUUUGCCUGA-CAGACCCACGCACUUGGGUAAUUGAAUUCAAUUGAACUGAGUGC
---...((((((((((..............))))))))))(((((.--------...)))))....-.........(((((..(.((((((....))))))..)..))))) ( -27.34)
>DroMoj_CAF1 25136 100 - 1
--CGUGUUACGUAUGGAUCUCUUAAAUGAAAUGUACGUAAGCAAAU--------UAAUUUGC-UGGCCAUAGCCACGCACUUGGGUAAUUGAAUUCAAUUGAACCGAGUGC
--....(((((((((..((........))..)))))))))(((((.--------...)))))-((((....)))).((((((((.((((((....))))))..)))))))) ( -33.00)
>DroPer_CAF1 23774 111 - 1
GUUGCAUUACGUAUACGGCUCGUACAUUAAGUAUACGUAAGCAAAUAAAUAAAUAAAUUUGCUUGACAAGAGCCACGCACUUGGACAAUUGGUUUCAAUUGAACUGUAUGC
..........(((((((((((((((.....))))..((((((((((..........)))))))).))..)))))........(..((((((....))))))..).)))))) ( -28.80)
>consensus
__UGCAUUACGUAUACGUCUCGUAAAUUAAGUAUACGUAAGCAAAU________AAAUUUGCUUGACAAGAGCCACGCACUUGGGCAAUUGGAUUCAAUUGAACUGAGUGC
......((((((((((..............))))))))))((((((..........))))))..............((((..(..((((((....))))))..)...)))) (-19.42 = -19.81 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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