Locus 7660

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	20,527,797 – 20,527,908
Length	111
Max. P	0.769218

overview

Window 4

Location	20,527,797 – 20,527,908
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.20
Mean single sequence MFE	-30.19
Consensus MFE	-28.82
Energy contribution	-28.60
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.34
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.52
SVM RNA-class probability	0.769218
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20527797 111 + 27905053
CGUAUUUUACAGAUGAACACCAUCCUGCACCCACAUUUACUCCUCCAGAGCUACCCAAGCGGGUGCAUGUGCGUGGAUCUGUAUCGGGUAAAGUC-UCG-UCUUCCAGUC--GAA-----
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>DroVir_CAF1 9924 118 + 1
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>DroGri_CAF1 10090 119 + 1
AAUAUCUUACAGAUGAACACCAUCCUGCACCCACAUUUACGCCACCAGAGCUACCCAAGCGGGUGCAUGUGCGUGGAUCUGUAUCGGGUAAUGUC-UCAAUAUCAGCUUGUAUAAGAUCU
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>DroWil_CAF1 10613 105 + 1
AAUAUCUUACAGAUGAACACCAUCCUGCACCCACAUUUACGCCACCAGAGCUACCCAAGCGGGUGCAUGUGCGUGGAUCUGUAACGGGUAAAGUU-UC-------CAAAC--AAU-----
..((((((((((((...((((((..(((((((.......(.......).(((.....)))))))))).))).))).)))))))..))))).....-..-------.....--...----- ( -29.60)
>DroMoj_CAF1 8963 117 + 1
AAUAUCUUACAGAUGAACACCAUCCUGCACCCACAUUUACGCCACCAGAGCUACCCAAGCGGGUGCAUGUGCGUGGAUCUGUAUCGGGUAAUGUCCUCAAUAUCAGCUUGUUUAAGA---
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>DroAna_CAF1 10271 111 + 1
AAUAUUUUACAGAUGAACACCAUCCUGCACCCACAUUUACGCCACCAGAGCUACCCAAGCGGGUGCAUGUGCGUGGAUCUGUAUCGGGUAAAGUC-UCG-UCUCUGAAUU--GAA-----
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>consensus
AAUAUCUUACAGAUGAACACCAUCCUGCACCCACAUUUACGCCACCAGAGCUACCCAAGCGGGUGCAUGUGCGUGGAUCUGUAUCGGGUAAAGUC_UCA_UAUCAGAUUG__UAA_____
..((((((((((((...((((((..(((((((.......(.......).(((.....)))))))))).))).))).)))))))..))))).............................. (-28.82 = -28.60 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	20,527,797 – 20,527,908
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.20
Mean single sequence MFE	-35.21
Consensus MFE	-31.19
Energy contribution	-31.35
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.32
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20527797 111 - 27905053
-----UUC--GACUGGAAGA-CGA-GACUUUACCCGAUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGUAGCUCUGGAGGAGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAAAUACG
-----.((--(....((((.-...-..))))...)))(((((((..((((...(((((((((.......((((.....))))....))))))))).....))))..)))))))....... ( -35.50)
>DroVir_CAF1 9924 118 - 1
-GGUCUUAUACAAGCUGAUAUUGA-GACAUUACCCGAUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGAAGCUCUGGAGGCGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAGAUAUU
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>DroGri_CAF1 10090 119 - 1
AGAUCUUAUACAAGCUGAUAUUGA-GACAUUACCCGAUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGUAGCUCUGGUGGCGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAGAUAUU
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>DroWil_CAF1 10613 105 - 1
-----AUU--GUUUG-------GA-AACUUUACCCGUUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGUAGCUCUGGUGGCGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAGAUAUU
-----...--((..(-------..-..)...))...((((((((..((((...((((((((((((.((.((....)).)).)))..))))))))).....))))..))))))))...... ( -34.70)
>DroMoj_CAF1 8963 117 - 1
---UCUUAAACAAGCUGAUAUUGAGGACAUUACCCGAUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGUAGCUCUGGUGGCGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAGAUAUU
---(((((..........(((((.((......)))))))(((((..((((...((((((((((((.((.((....)).)).)))..))))))))).....))))..)))))))))).... ( -36.30)
>DroAna_CAF1 10271 111 - 1
-----UUC--AAUUCAGAGA-CGA-GACUUUACCCGAUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGUAGCUCUGGUGGCGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAAAUAUU
-----...--.....((((.-...-..))))......(((((((..((((...((((((((((((.((.((....)).)).)))..))))))))).....))))..)))))))....... ( -32.90)
>consensus
_____UUA__CAAGCUGAUA_UGA_GACAUUACCCGAUACAGAUCCACGCACAUGCACCCGCUUGGGUAGCUCUGGUGGCGUAAAUGUGGGUGCAGGAUGGUGUUCAUCUGUAAGAUAUU
.....................................(((((((..((((...(((((((((.......(((.....)))......))))))))).....))))..)))))))....... (-31.19 = -31.35 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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