Locus 7651

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,500,926 – 20,501,046
Length 120
Max. P 0.668732
window12350

overview

Window 0

Location 20,500,926 – 20,501,046
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.39
Mean single sequence MFE -25.93
Consensus MFE -24.35
Energy contribution -24.30
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -0.95
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.668732
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20500926 120 - 27905053
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAGCGUAUGGAGCUCGAUGUUUUUAGUACGUUUAAAUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((((((((((.((((.((((((((....)).........)))))).)))).).)).((((((((.((((.....))))...))))))))....)))))...)))))))) ( -25.50)
>DroVir_CAF1 56852 120 - 1
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAGCGUAUUGAGCUCGAUGUUUUUAGUACGUUUAAAUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((((((((.(((.((.((.....)))))))...((((.(((((.....((((((((((.....))).)))))))....)))))...))))..))))))...)))))))) ( -26.80)
>DroGri_CAF1 66968 120 - 1
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAACGUAUUGAGCUCGAUGUUUUUAGUACGUUUAAAUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((((((((.(((.((.((.....)))))))...((((.(((((.....((((((((((.....))).)))))))....)))))...))))..))))))...)))))))) ( -26.00)
>DroWil_CAF1 56427 120 - 1
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAGCGUAUCGAGCUCGAUGUUUUUAGUACAUUUAAAUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((.....(((((.((.((.....))))))).........(((((((..(((......)))))))))))).((((((((..(.....)..))))))))....)))))))) ( -24.00)
>DroMoj_CAF1 62901 120 - 1
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAACGUAUUGAGCUCGAUGUUUUUAGUACGUUUAAAUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((((((((.(((.((.((.....)))))))...((((.(((((.....((((((((((.....))).)))))))....)))))...))))..))))))...)))))))) ( -26.00)
>DroAna_CAF1 50110 120 - 1
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAGCGUAUGGAGCUCGAUGUUUUUAGUACGUUUAAGUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((((((((((.((((.((((((((....)).........)))))).)))).)....((((((((.((((.....))))...))))))))..)))))))...)))))))) ( -27.30)
>consensus
ACAUACCAGAUGUAUAAUGCCCGCUGCUGUUAACCACACGGAUAUAAAAAUUGAUACUAGUUGAGCCAAGCGUAUUGAGCUCGAUGUUUUUAGUACGUUUAAAUAUUGUAAAAUAUCUGG
.....((((((((((((((((.((((.((((((((....)).........)))))).)))).).)).((((((((.((((.....))))...))))))))....)))))...)))))))) (-24.35 = -24.30 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:51:12 2006