| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,484,308 – 20,484,413 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.775479 |
| Location | 20,484,308 – 20,484,413 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.89 |
| Mean single sequence MFE | -40.73 |
| Consensus MFE | -23.17 |
| Energy contribution | -22.90 |
| Covariance contribution | -0.27 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.96 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| SVM decision value | 0.54 |
| SVM RNA-class probability | 0.775479 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 20484308 105 + 27905053 CCUCAAGCUGCGCAGAAGGUGGGUAUC-UGGAUGUGGUUGGCUCU--------GGCGGUCCUCUCACAUUUACAUAUUCACAGGCGCCGUGAGCUGCGUCACAAAUAUGGAACG .((((....((((.....((((((((.-(((((((((..((..(.--------...)..))..))))))))).))))))))..))))..))))...(((..((....))..))) ( -33.20) >DroVir_CAF1 38793 107 + 1 GCUAAAGCUGCGUCGUAGGUGAGUAAU-CAGUUGUGGGUGGCUUU----UU--GAAAGCCCUCUCACAUCUCUUUAUUCACAGGCGGCGUGAGUUGCGGCACAAAUAUGGAACG (((..(((((((((((..((((((((.-.((.((((((.(((((.----..--..)))))..)))))).))..))))))))..))))))).))))..))).............. ( -45.20) >DroPse_CAF1 35744 108 + 1 GCUGAAGCUACGUAGAAGGUGGGUAUCGUGCUUGUGGGUGGCUCU----UG--GUCAGUCCUCUCACAUCUCUAUAUUCACAGGCGCCGCGAGUUGCGGCACAAGUACGGCACG ((((..(((.(......)((((((((.(.(..((((((.((((..----..--...)).)).)))))).).).)))))))).)))(((((.....))))).......))))... ( -35.90) >DroWil_CAF1 37178 109 + 1 GCUAAAGUUGCGCCGUAGGUGAGUAUC-GGGUUGUGAUUGGCUCC----UUGUGGUAGUCCUCUCACAUCUCUAUAUUCACAGGCGUCGCGAGCUGCGUCACAAAUAUGGAACA (((...((.(((((....((((((((.-(((.(((((..((((((----....)).)).))..))))).))).)))))))).))))).)).)))...((..((....))..)). ( -41.90) >DroMoj_CAF1 38787 107 + 1 GCUCAAGCUGCGGCGCAGGUGAGUAAU-CAGUUGUGGGUGGCUCU----AG--UGAAGCCCUCUCACAUCUCUUUAUUCACAGGCGGCGAGAGUUGCGCCACAAGUACGGCACG (((...((((.(((....((((((((.-.((.((((((.(((((.----..--.).))))..)))))).))..))))))))..(((((....)))))))).).)))..)))... ( -43.60) >DroAna_CAF1 34257 112 + 1 GCUCAAGCUACGCCGAAGGUGAGUAUAGUGGAUGUGGGUGGCUCUUAUUUG--GCCGGUCCUCUCACAUCUCCAUAUUCACAGGCGUCGAGAGCUGCGCCACAAGUAUGGUACG ((((...(.(((((....((((((((.(..(((((((((((((.......)--)))).....))))))))..))))))))).))))).).)))).(..(((......)))..). ( -44.60) >consensus GCUCAAGCUGCGCCGAAGGUGAGUAUC_UGGUUGUGGGUGGCUCU____UG__GGCAGUCCUCUCACAUCUCUAUAUUCACAGGCGCCGAGAGCUGCGCCACAAAUAUGGAACG ((....((..((((....((((((((...((.((((((.((((.............)).)).)))))).))..)))))))).))))..)).....))................. (-23.17 = -22.90 + -0.27)
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