Locus 7643

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,472,599 – 20,472,701
Length 102
Max. P 0.953866
window12342

overview

Window 2

Location 20,472,599 – 20,472,701
Length 102
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.69
Mean single sequence MFE -57.35
Consensus MFE -39.91
Energy contribution -40.14
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.66
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.44
SVM RNA-class probability 0.953866
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20472599 102 - 27905053
CCGCUGCUGCAGCGGCUACCGGAACUGCACAGCAAACGCUGGUGGCAAUGAACCGGCAGGCCAGCGUUGCUGCAGCUGCCGCCGUGGUUG---CUGCGGCCA---AGG
((...(((((((((((((((((..(((((..((((.(((((((.((.........))..))))))))))))))))...)))..)))))))---)))))))..---.)) ( -55.50)
>DroPse_CAF1 22228 108 - 1
CCGCUGCCGCCGUGGCAACAGACAAUGCGCAGCAAUCGCUGGUGGCCACCAUGCGGCAGGCGAAUGCCAAUGCAGCUGCGGCCGUGGCUGCGGCUGCGGCCAACAAAU
.(((((((((.(((((..(((....(((...)))....)))...)))))...)))))).)))...(((...(((((((((((....))))))))))))))........ ( -56.80)
>DroSec_CAF1 19493 102 - 1
CCGCUGCUGCAGCAGCUACCGGAACUGCUCAGCAAACGCUGGUGGCGAUGAACCGGCAAGCCAGCGUUGCUGCAGCUGCCGCCGUGGUUG---CUGCGGCCA---AGG
((...(((((((((((((((((....(((((((((.((((((((.((......)).)..))))))))))))).)))..)))..)))))))---)))))))..---.)) ( -58.70)
>DroSim_CAF1 19630 102 - 1
CCGCUGCUGCAGCGGCUACCGGAACUGCUCAGCAAACGCUGGUGGCGAUGAACCGGCAGGCCAGCGUUGCUGCAGCUGCCGCCGUGGUUG---CUGCGGCCA---AGG
((...(((((((((((((((((....(((((((((.((((((((.((......)).)..))))))))))))).)))..)))..)))))))---)))))))..---.)) ( -57.90)
>DroEre_CAF1 19700 102 - 1
CCGCUGCUGCGGCGGCUACCGGUACUGCCCAGCAAACGCUGGUGGCGAUGAACCGUCAGGCCAGCGUUGCUGCAGCCGCCGCCGUGGUUG---CUGCGGCCA---AGG
((...((((((((((((((((((.((((..(((((.(((((((((((......))))..))))))))))))))))..))))..)))))))---)))))))..---.)) ( -58.40)
>DroPer_CAF1 23326 108 - 1
CCGCUGCCGCCGUGGCAACAGACAAUGCGCAGCAAUCGCUGGUGGCCACCAUGCGGCAGGCGAAUGCCAAUGCAGCUGCGGCCGUGGCUGCGGCUGCGGCCAACAAAU
.(((((((((.(((((..(((....(((...)))....)))...)))))...)))))).)))...(((...(((((((((((....))))))))))))))........ ( -56.80)
>consensus
CCGCUGCUGCAGCGGCUACCGGAACUGCGCAGCAAACGCUGGUGGCGAUGAACCGGCAGGCCAGCGUUGCUGCAGCUGCCGCCGUGGUUG___CUGCGGCCA___AGG
..((.(((((((((((.............((((....)))).((((.............))))..))))))))))).)).((((..(......)..))))........ (-39.91 = -40.14 +   0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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