Locus 7638

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,453,251 – 20,453,371
Length 120
Max. P 0.564793
window12330

overview

Window 0

Location 20,453,251 – 20,453,371
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.44
Mean single sequence MFE -47.12
Consensus MFE -24.38
Energy contribution -24.33
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.564793
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20453251 120 + 27905053
GGCUCCAGCUGCCAGCAGUUGAGCAGCAGCUGGUAGAGAUCCCCGUAGACGUAGGCUGGCUGCGCCGGACGCACUGCAGCCCGAAUGGCCUCUAGAAGCUGUUGGUUACUUGCCACUGCA
(((..((((((....))))))..((((((((..(((((......((((.(((.(((.......)))..)))..)))).(((.....))))))))..)))))))).......)))...... ( -46.70)
>DroVir_CAF1 3112 117 + 1
GGCUCAAGCUGCCAGCAGUUAAGCAGCAGCUGAUAAAGAUCGCCAUAGACAUAGGCGGGCUGAGCCGGACGCACGCCAGAGCGUAUCGCCUCUAGUAAUUGCUGGCUGCUGGCAA---CG
(((....)))(((((((((((.((((..((((....((..((((.........))))..))(((.(((((((.(....).)))).))).)))))))..)))))))))))))))..---.. ( -47.90)
>DroGri_CAF1 3660 117 + 1
GGUUCCAGCUGCCAGCAGUUGAGCAGCAGCUGAUAAAGAUCGCCAUAGACAUAGGCGGGCUGAGCGGGACGCACUCCAGCACGAAUUGACUCCAACAAUUGCUGACCAUUGGCCA---CA
.....(((((((..((......)).)))))))........((((.........))))(((..((((...)))....(((((....(((....)))....)))))....)..))).---.. ( -35.80)
>DroWil_CAF1 5011 120 + 1
GGCUCCAGUUGCCAACAGUUAAGGAGCAGCUGAUAGAGAUCGCCAUAGACAUAGGCCGGUUGAGCGGGACGAACUCCCGCUCGUAGUGCUUCCAGCAAUUGUUGGCCAUUAGCCACCACG
((((..(((.((((((((((..((((((.(((.....(((((((.........)).)))))((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))))).)))))))...... ( -49.30)
>DroMoj_CAF1 4012 117 + 1
GGCUCUAGCUGCCAGCAGUUGAGCAGCAGCUGGAACAGGUCGCCGUAGACAUAGGCGGGCUGCGCCGGACGCACGCCCGACCGUAUUGCCUCCAGUAAUUGCUGACUGCUGGCUA---UG
(((....)))((((((((((.(((((..((((((.(((((((((.........)))((((((((.....)))).))))))))....))..))))))..)))))))))))))))..---.. ( -59.30)
>DroAna_CAF1 2955 120 + 1
GGCUCCAACUGCCAGCAGUUGAGUAAGAGCUGGUAGAGAUCCCCAUAGACGUACGCCGGCUGGGCUGGACGAACUCCUGCCCGGAUGACCUCCAGCAGCUGAUGGUUAUUAGCCACGACG
(((.....((((((((............))))))))...((......)).....)))((((((((.(((.....))).)))).(((((((..(((...)))..)))))))))))...... ( -43.70)
>consensus
GGCUCCAGCUGCCAGCAGUUGAGCAGCAGCUGAUAGAGAUCGCCAUAGACAUAGGCGGGCUGAGCCGGACGCACUCCAGCCCGUAUUGCCUCCAGCAAUUGCUGGCUACUGGCCA___CG
((((..((..(((((((((((.....((((((((....)))(((.........))).)))))....(((.((...............)).)))..)))))))))))..))))))...... (-24.38 = -24.33 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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