Locus 7607

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,402,570 – 20,402,694
Length 124
Max. P 0.967923
window12270 window12271 window12272

overview

Window 0

Location 20,402,570 – 20,402,661
Length 91
Sequences 6
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.12
Mean single sequence MFE -25.67
Consensus MFE -11.07
Energy contribution -11.88
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.813746
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20402570 91 + 27905053
AGAU-AUA-A-AAUGGUUGCAC-U-CUGUCUGCCGCCUGCAAGU------AUUUGCAGUU-UAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA----UAUG
..((-(((-.-....(((((.(-(-.(((.(((...((((((..------..))))))..-..)))))))))))))((((((((...))))))))..))----))). ( -29.20)
>DroSec_CAF1 25175 95 + 1
AGAUUAUAAA-AAUGGUUGCAC-UCCUGUCUGUCGCCUGCAAGU------AUUUGCAGUUUUAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA----UAUA
..........-.((((..((((-((((((((((.((((((((..------..)))).(((.....))).)))).)).))))).)))..))))..)))).----.... ( -26.40)
>DroSim_CAF1 28167 92 + 1
AGAU-AUA-A-AAUGGUUGCAC-U-CUGUCCGUCGCCUGCAAGU------AUUUGCAGUUUUAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA----UAUA
..((-(((-.-....(((((.(-(-.(((..((...((((((..------..)))))).....)).))))))))))((((((((...))))))))..))----))). ( -25.30)
>DroEre_CAF1 24692 89 + 1
AGAU-AUA-A-AAUGGUUGCAC-U-CUGUCUGUCGACUGCAAGU------AUUUGCAGUU-UAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUAUCUGU------GUAUA
....-...-.-....(((((.(-(-.(((.(((.((((((((..------..))))))))-..)))))))))))))...((((((((...))))))------))... ( -24.70)
>DroYak_CAF1 28887 102 + 1
AGAU-AUA-AAAAUGGUUGCAC-U-CUGUCUGUCGACUGCAAGUACUCGUAUUUGCAGUU-UAGCAACAAGGCAGCAAGACAUGGAUCGUAUCUGUAUCUGUAUAUA
..((-(((-......(((((.(-(-.(((.(((.(((((((((((....)))))))))))-..))))))))))))).(((.((((((...)))))).))).))))). ( -29.40)
>DroMoj_CAF1 50128 77 + 1
AGAU-AUA-A--AAUGUAUCUCCUACU--G-----------UGU------GUCUGCACUU---GCAACAAAGCACAGUGAAGCGGUCUAUGUCUAUAUA----CACA
((((-(((-.--..(((.((....(((--(-----------(((------...(((....---))).....))))))))).)))...))))))).....----.... ( -19.00)
>consensus
AGAU_AUA_A_AAUGGUUGCAC_U_CUGUCUGUCGCCUGCAAGU______AUUUGCAGUU_UAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA____UAUA
((((........(((.((((................((((((((......)))))))).....((......)).))))..))).......))))............. (-11.07 = -11.88 +   0.81)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 20,402,599 – 20,402,694
Length 95
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.40
Mean single sequence MFE -24.62
Consensus MFE -6.76
Energy contribution -8.52
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.27
SVM decision value 1.62
SVM RNA-class probability 0.967923
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20402599 95 + 27905053
GCCUGCAAGU------AUUUGCAGUU-UAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA----UAUG--AAUGUAUAUAUACUGUACAUAUAGACAGAUAAA
((((((((..------..))))))..-..((......)).))((((((((...))))))))((((----((((--....))))))))((((........))))..... ( -24.30)
>DroSec_CAF1 25207 97 + 1
GCCUGCAAGU------AUUUGCAGUUUUAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA----UAUAU-UAUGUAUAUAUACUGCAUAUGUAGCCAGAUAAA
..((((((..------..)))))).(((.((.(((..((((.((((((((...))))))))((((----(((((-...)))))))))))))...))).)).))).... ( -29.00)
>DroSim_CAF1 28196 98 + 1
GCCUGCAAGU------AUUUGCAGUUUUAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA----UAUAUUUAUGUAUAUAUACUGCAUAUAUAGCCAGAUAAA
..(((...((------((.(((((.....((......))...((((((((...))))))))((((----(((((....)))))))))))))).))))...)))..... ( -27.30)
>DroEre_CAF1 24721 83 + 1
GACUGCAAGU------AUUUGCAGUU-UAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUAUCUGU------GUAUAU-A-----------AUGCAUAUAUAGCCAGAUAAA
((((((((..------..))))))))-..((......)).((((........))))(((((.------.(((((-(-----------.....))))))..)))))... ( -20.60)
>DroYak_CAF1 28917 105 + 1
GACUGCAAGUACUCGUAUUUGCAGUU-UAGCAACAAGGCAGCAAGACAUGGAUCGUAUCUGUAUCUGUAUAUAU-ACUGCAUAUAU-AUGCAUAUAUAGACAGAUAAA
(((((((((((....)))))))))))-..((......))....(((.(((...))).))).(((((((.(((((-(.(((((....-))))))))))).))))))).. ( -31.60)
>DroMoj_CAF1 50152 80 + 1
-------UGU------GUCUGCACUU---GCAACAAAGCACAGUGAAGCGGUCUAUGUCUAUAUA----CACAU--ACAUGUACACAUUAUAUAUAGAGACA------
-------.((------.(((((((((---((......))).))))..(((...(((((.......----.))))--)..)))............)))).)).------ ( -14.90)
>consensus
GCCUGCAAGU______AUUUGCAGUU_UAGCAACAAGGCAGCGAGACAUGGAUCGUGUCUCUAUA____UAUAU_AAUGUAUAUAUACUGCAUAUAUAGACAGAUAAA
..((((((((......))))))))...........(((((.(((........))))))))................................................ ( -6.76 =  -8.52 +   1.75)

alignment

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secondary structure

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Window 2

Location 20,402,599 – 20,402,694
Length 95
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 71.40
Mean single sequence MFE -24.68
Consensus MFE -4.26
Energy contribution -5.12
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.29
Structure conservation index 0.17
SVM decision value 1.45
SVM RNA-class probability 0.954951
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20402599 95 - 27905053
UUUAUCUGUCUAUAUGUACAGUAUAUAUACAUU--CAUA----UAUAGAGACACGAUCCAUGUCUCGCUGCCUUGUUGCUA-AACUGCAAAU------ACUUGCAGGC
.....(((((.....).))))(((((((.....--.)))----))))((((((.......)))))).((((....((((..-....))))..------....)))).. ( -21.00)
>DroSec_CAF1 25207 97 - 1
UUUAUCUGGCUACAUAUGCAGUAUAUAUACAUA-AUAUA----UAUAGAGACACGAUCCAUGUCUCGCUGCCUUGUUGCUAAAACUGCAAAU------ACUUGCAGGC
......((((.(((...((((((((((((....-.))))----))).((((((.......)))))))))))..))).))))...((((((..------..)))))).. ( -30.50)
>DroSim_CAF1 28196 98 - 1
UUUAUCUGGCUAUAUAUGCAGUAUAUAUACAUAAAUAUA----UAUAGAGACACGAUCCAUGUCUCGCUGCCUUGUUGCUAAAACUGCAAAU------ACUUGCAGGC
......((((.(((...((((((((((((......))))----))).((((((.......)))))))))))..))).))))...((((((..------..)))))).. ( -28.80)
>DroEre_CAF1 24721 83 - 1
UUUAUCUGGCUAUAUAUGCAU-----------U-AUAUAC------ACAGAUACGAUCCAUGUCUCGCUGCCUUGUUGCUA-AACUGCAAAU------ACUUGCAGUC
..((((((..((((((.....-----------)-))))).------.)))))).............(((((....((((..-....))))..------....))))). ( -19.90)
>DroYak_CAF1 28917 105 - 1
UUUAUCUGUCUAUAUAUGCAU-AUAUAUGCAGU-AUAUAUACAGAUACAGAUACGAUCCAUGUCUUGCUGCCUUGUUGCUA-AACUGCAAAUACGAGUACUUGCAGUC
..(((((((.(((((((((((-....))))).)-))))).))))))).(((((.......))))).(((((((((((((..-....)))...))))).....))))). ( -28.50)
>DroMoj_CAF1 50152 80 - 1
------UGUCUCUAUAUAUAAUGUGUACAUGU--AUGUG----UAUAUAGACAUAGACCGCUUCACUGUGCUUUGUUGC---AAGUGCAGAC------ACA-------
------(((((.(((((((((((....)))..--.))))----)))).)))))............(((..(((......---)))..)))..------...------- ( -19.40)
>consensus
UUUAUCUGGCUAUAUAUGCAGUAUAUAUACAUU_AUAUA____UAUAGAGACACGAUCCAUGUCUCGCUGCCUUGUUGCUA_AACUGCAAAU______ACUUGCAGGC
................((((.............................((((.......))))...........((((.......))))...........))))... ( -4.26 =  -5.12 +   0.86)

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