Locus 7594

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,360,553 – 20,360,673
Length 120
Max. P 0.823077
window12254

overview

Window 4

Location 20,360,553 – 20,360,673
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.56
Mean single sequence MFE -44.32
Consensus MFE -26.50
Energy contribution -27.40
Covariance contribution 0.90
Combinations/Pair 1.47
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.823077
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20360553 120 + 27905053
AAGGGCACCUCCGGCCACGAUUCGUCGGUAUAGUCCUCAACUAAACGCCGAGGAUCUGGCGCACGAGCUGUCGACCAUUACAGAAGUGGAAACGCCAGGACAAUCACAUAUUGUGGCCGC
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>DroVir_CAF1 2171 120 + 1
UAAAGUUCCGCCUGCCACAAUACGUCGCUACAGUCCACAGCUGGCGGCAGAGGAACUGGCUCACGAGCUGUCAACUAUUACGGAAGUGGACACACCGGCGCAGUCGCAUAUUGUGGCUGC
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>DroPse_CAF1 2045 120 + 1
AAAGGCACCUCCAGCCACCAUACGCCGCUAUAGCCCCCAACUUGAUGCGGAUGAUCUGGCCCACGAGCUGUCCACCAUAGCAGAGGUGGAGACGCCCGGCCAGUCGCAUAUUGUGGCUGC
...........(((((((.(((.(((((...((.......))....)))...((.((((((.....(((((.....))))).(.((((....))))))))))))))).))).))))))). ( -44.60)
>DroGri_CAF1 2118 120 + 1
CAAAGUUCCGCCGGCCACAAUACGUCGCUACAGUCCACAACUGGCAGCUGAGGAUUUGGCGCACGAAUUGUCCACCAUCACGGAGGUGGACACGCCGGCACAGUCACAUAUGUUGGUCAC
.......((((((((.......((((((((.(((((.((.(.....).)).)))))))))).)))...((((((((........)))))))).))))))(((........))).)).... ( -44.00)
>DroEre_CAF1 2195 120 + 1
GAAGGCUCCGCCGGCCACGAUUCGCCGGUAUAGUCCUCAACUAGACGCCGAUGACCUGGCGCACGAGCUGUCGACCAUCACAGAAGUGGAAACGCCGGGACAGUCAAAUAUCGUGGCCGC
...(((...)))((((((((((((.((((.((((.....))))...)))).)))((((((((((...((((.(.....)))))..)))....)))))))..........))))))))).. ( -47.90)
>DroMoj_CAF1 2297 120 + 1
CAAGGGGCCCCCAGCCACAAUACGUCGCUAUAGCCCACAGUUGACCGCAGAGGAACUGGCGCACGAGCUAUCCACCAUUACCGAGGUGGAUACGCCAGCGCAGUCGCAUAUUGUGCCUGC
...((....))(((.(((((((.((.(((........(((((..((.....)))))))((((..(.((((((((((........)))))))).))).))))))).)).))))))).))). ( -43.20)
>consensus
AAAGGCUCCGCCGGCCACAAUACGUCGCUAUAGUCCACAACUGGACGCAGAGGAUCUGGCGCACGAGCUGUCCACCAUUACAGAAGUGGAAACGCCGGCACAGUCACAUAUUGUGGCCGC
...........(((((((((((.((.(((.((((.....)))).........(..(((((((((...((((........))))..)))....))))))..)))).)).))))))))))). (-26.50 = -27.40 +   0.90)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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