Locus 7589

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,345,351 – 20,345,471
Length 120
Max. P 0.554636
window12246

overview

Window 6

Location 20,345,351 – 20,345,471
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -40.22
Consensus MFE -28.32
Energy contribution -27.08
Covariance contribution -1.25
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.554636
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20345351 120 + 27905053
AAGCUGUGGAAAACUUUCACGGACUGCUUCAACUGCCUGCCGGUGGCCGCCAUCGUGGAUGAGAAGAUCUUCUGCUGCCACGGUGGCCUGAGUCCAGAUCUGUCGUCCAUGGAGCAGAUA
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>DroVir_CAF1 196128 120 + 1
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>DroGri_CAF1 196964 120 + 1
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>DroWil_CAF1 169454 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 199278 120 + 1
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>DroAna_CAF1 160482 120 + 1
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>consensus
AAGCUGUGGAAAACAUUCACGGAUUGCUUCAACUGUCUGCCCGUGGCCGCAAUUGUGGAUGAGAAGAUAUUUUGCUGUCACGGCGGCCUGAGUCCCGAUCUGUCCUCAAUGGAGCAAAUA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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