Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,340,191 – 20,340,290 |
Length | 99 |
Max. P | 0.588189 |
Location | 20,340,191 – 20,340,290 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.91 |
Mean single sequence MFE | -24.07 |
Consensus MFE | -11.93 |
Energy contribution | -12.02 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.79 |
Structure conservation index | 0.50 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.588189 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 20340191 99 + 27905053 --ACAGU--AUAUGGC------AGUGAU-A-ACUACCUGCUUCACCCACAGAUUGGUGGUCAUCACCUGAUUCUUCAGAUUGACCUCAAUCAGCUGAGACAAUUUCAGACC --.((((--....(((------((.(..-.-....)))))).........((((((.(((((....((((....))))..))))))))))).))))............... ( -25.70) >DroVir_CAF1 190185 108 + 1 C--AUUUUCAUUAGCUCGCCUAAAUGUUUG-CCCACCUGCUUGACCCACAAAUUGGUGGUCAUCACCUGAUUCUUUAGAUUGACCUCAAUCAGCUGGGACAGCUUCAGGCC .--..............((((.((.(((..-((((.(((.((((.(((.....))).(((((....((((....))))..))))))))).))).))))..))))).)))). ( -29.40) >DroGri_CAF1 190898 108 + 1 UAUAGUU--AUUUAUUAGGCAAAUUAAUUA-CACACCUGUUUGACCCACAAAUUGGUGGUCAUCACCUGGUUUUUCAAAUUGACCUCAAUAAGCUGUGACAAUUUCAGGCC .......--........(((..........-..((((.(((((.....))))).))))(((((.....(((((.....((((....))))))))))))))........))) ( -19.60) >DroEre_CAF1 152004 99 + 1 --AUAGU--AUAGUGC------ACUCAU-A-ACUACCUGCUUCACCCAAAGGUUGGUGGUCAUCACCUGGUUCUUUAGAUUGACCUCAAUCAGCUGAGACAAUUUCAGACC --..(((--(((((..------......-.-))))..)))).........((((((.(((((....((((....))))..)))))))))))..((((((...))))))... ( -19.50) >DroWil_CAF1 163958 104 + 1 CUAUUUU--AUAAGUUAG----AAUCAG-AACUUACCUGUUUGACCCAUAAAUUGGUGGUCAUCACCUGAUUCUUCAAAUUCACCUCUAUCAACUGAGACAAUUUCAGACC .......--....(..((----((((((-(((......)))((((((........).)))))....)))))))).).................((((((...))))))... ( -19.00) >DroYak_CAF1 157309 99 + 1 --GUAGU--AUAUGGC------UGUGAU-A-GCUACCUGCUUCACCCACAGAUUGGUGGUCAUCACCUGGUUCUUUAGGUUGACCUCAAUCAGCUGAGACAAUUUCAGACC --.....--...(((.------.((((.-(-((.....))))))))))..((((((.(((((..((((((....)))))))))))))))))..((((((...))))))... ( -31.20) >consensus __AUAGU__AUAUGGC______AAUGAU_A_CCUACCUGCUUCACCCACAAAUUGGUGGUCAUCACCUGAUUCUUCAGAUUGACCUCAAUCAGCUGAGACAAUUUCAGACC ...................................................(((((.(((((....((((....))))..))))))))))...(((((.....)))))... (-11.93 = -12.02 + 0.09)
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