Locus 7586

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	20,338,670 – 20,338,776
Length	106
Max. P	0.992588

overview

Window 2

Location	20,338,670 – 20,338,776
Length	106
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.79
Mean single sequence MFE	-33.23
Consensus MFE	-20.45
Energy contribution	-21.82
Covariance contribution	1.36
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-4.96
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	2.34
SVM RNA-class probability	0.992588
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20338670 106 + 27905053
GACAGCACACAUGAUAUUCAGCAAAAAA-UGUGG-UGUACACGAUAUACAUAUGUAUGAUAUAUUCAUAUAUAUU-U--------UCUGAGACGUAAAUAUCUGUGUGCUGCUUUCA
..(((((((((.(((((((((.((((..-((((.-....)))).......(((((((((.....)))))))))))-)--------))))).......))))))))))))))...... ( -32.41)
>DroVir_CAF1 188546 84 + 1
AACAGCACAAAUGAUAUUCGACGCAAAUUUGAAUUUGAA-------UCCUUUU---UGG-AAAUAUAU----------------------GACGUGAAUAUAUGUGUGCUGCACGAU
..(((((((....((((((.((((((((....)))))..-------(((....---.))-).......----------------------..)))))))))...)))))))...... ( -22.70)
>DroSec_CAF1 147317 107 + 1
GACAGCACACAGGAUAUUCAGCAGAAAA-UGUGG-UGUACAGGAUAUACAUAUGUAUGAUAUAUUCAUAUAUAUUUU--------UCUGGGACGUAAAUAUCUGUGUGCUGCUUUCA
..((((((((((.((((((..(((((((-....(-((((.....)))))((((((((((.....)))))))))))))--------)))).)).....))))))))))))))...... ( -35.30)
>DroSim_CAF1 156415 107 + 1
GACAGCACACAGGAUAUUCAGCAAAAAA-UGUGG-UGUACAGGAUAUACAUAUGUAUGAUAUAUUCAUAUAUAUUUU--------UCUGGGACGCAAAUAUCUGUGUGCUGCUUUCA
..((((((((((.(((((..(((.....-))).(-(((.(((((.....((((((((((.....))))))))))..)--------))))..)))).)))))))))))))))...... ( -36.90)
>DroEre_CAF1 150518 111 + 1
GACAGCACACAUGAUAUUCAGCAAAAAA-UGUGG-UAUUCAGGAUA----CAUGUAUGAUAUAUUCAUACAUAUUUUUUUUUUUUUUUGGGAAGUAAAUAUCUGUGUGCUGCUUUCA
..(((((((((.(((((((..(((((((-....(-((((...))))----)((((((((.....))))))))..........))))))).)).....))))))))))))))...... ( -32.00)
>DroYak_CAF1 155797 103 + 1
GACAGCACACAGGAUAUUCAGCAAAAAC-UUUGG-UAUUCAGGAUA----UAUGUAUGAUAUAUUCAUAUAUAUUUU--------UCUGGAACUUGAAUAUCUGUGUGCUGCUUGCA
..((((((((((.(((((((((((....-.))).-..(((((((.(----(((((((((.....))))))))))..)--------))))))..))))))))))))))))))...... ( -40.10)
>consensus
GACAGCACACAGGAUAUUCAGCAAAAAA_UGUGG_UGUACAGGAUAUACAUAUGUAUGAUAUAUUCAUAUAUAUUUU________UCUGGGACGUAAAUAUCUGUGUGCUGCUUUCA
..(((((((((.((((((..(((......)))..................(((((((((.....))))))))).......................)))))))))))))))...... (-20.45 = -21.82 +   1.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	20,338,670 – 20,338,776
Length	106
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.79
Mean single sequence MFE	-30.60
Consensus MFE	-20.02
Energy contribution	-21.55
Covariance contribution	1.53
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-5.47
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.979344
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20338670 106 - 27905053
UGAAAGCAGCACACAGAUAUUUACGUCUCAGA--------A-AAUAUAUAUGAAUAUAUCAUACAUAUGUAUAUCGUGUACA-CCACA-UUUUUUGCUGAAUAUCAUGUGUGCUGUC
.....((((((((((((((((((.....((((--------(-((((((((((.((.....)).)))))))))...(((....-.))).-.)))))).)))))))).)))))))))). ( -32.40)
>DroVir_CAF1 188546 84 - 1
AUCGUGCAGCACACAUAUAUUCACGUC----------------------AUAUAUUU-CCA---AAAAGGA-------UUCAAAUUCAAAUUUGCGUCGAAUAUCAUUUGUGCUGUU
.....((((((((.(((((((((((..----------------------.......(-((.---....)))-------..(((((....)))))))).)))))).)).)))))))). ( -21.20)
>DroSec_CAF1 147317 107 - 1
UGAAAGCAGCACACAGAUAUUUACGUCCCAGA--------AAAAUAUAUAUGAAUAUAUCAUACAUAUGUAUAUCCUGUACA-CCACA-UUUUCUGCUGAAUAUCCUGUGUGCUGUC
.....((((((((((((((((((.....((((--------(((((((.(((((.....))))).))))((((.....)))).-.....-))))))).))))))).))))))))))). ( -34.10)
>DroSim_CAF1 156415 107 - 1
UGAAAGCAGCACACAGAUAUUUGCGUCCCAGA--------AAAAUAUAUAUGAAUAUAUCAUACAUAUGUAUAUCCUGUACA-CCACA-UUUUUUGCUGAAUAUCCUGUGUGCUGUC
.....((((((((((((((((((((.......--------...((((.(((((.....))))).))))((((.....)))).-.....-.....))).)))))).))))))))))). ( -30.60)
>DroEre_CAF1 150518 111 - 1
UGAAAGCAGCACACAGAUAUUUACUUCCCAAAAAAAAAAAAAAAUAUGUAUGAAUAUAUCAUACAUG----UAUCCUGAAUA-CCACA-UUUUUUGCUGAAUAUCAUGUGUGCUGUC
.....((((((((((((((((((.....(((((((........((((((((((.....)))))))))----)....((....-.))..-))))))).)))))))).)))))))))). ( -34.00)
>DroYak_CAF1 155797 103 - 1
UGCAAGCAGCACACAGAUAUUCAAGUUCCAGA--------AAAAUAUAUAUGAAUAUAUCAUACAUA----UAUCCUGAAUA-CCAAA-GUUUUUGCUGAAUAUCCUGUGUGCUGUC
.....(((((((((((((((((..((((..((--------...((((.(((((.....))))).)))----).))..)))).-....(-((....))))))))).))))))))))). ( -31.30)
>consensus
UGAAAGCAGCACACAGAUAUUUACGUCCCAGA________AAAAUAUAUAUGAAUAUAUCAUACAUAUGUAUAUCCUGUACA_CCACA_UUUUUUGCUGAAUAUCAUGUGUGCUGUC
.....(((((((((((((((((..........................(((((.....))))).....((((.....)))).................))))))).)))))))))). (-20.02 = -21.55 +   1.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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