Locus 7563

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	20,277,894 – 20,278,061
Length	167
Max. P	0.994134

overview

Window 7

Location	20,277,894 – 20,278,008
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.27
Mean single sequence MFE	-54.73
Consensus MFE	-46.45
Energy contribution	-46.78
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-3.84
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	2.45
SVM RNA-class probability	0.994134
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20277894 114 + 27905053
------UGCUGCGCCGUCGUCGUCUGCGAUGGCGAUGAUGCGGGUGGUGUUGUCGCUGGCGUUGAUUAUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCCGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCUA
------.(((((((((((((((((.(((..(((((..((((.....))))..)))))..))).)))...))))))))).(((((((.(.....).)))))))...........))))).. ( -56.10)
>DroVir_CAF1 115259 120 + 1
AUGAUUGGAUGCGCCGUCGUCGUCUGCGAUGACGAUGAUGUGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGAAGCAA
............((((.(((((((..((.(......).))..))))))).))))(((..((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....))))))..))).. ( -48.80)
>DroGri_CAF1 111894 120 + 1
AUGCAAGGACGCGCCGUCGUCGUCUGCGAUGGCGAUGAUGUGGAUGAUGUUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAA
.(((......((((((.(((((((..((.(......).))..))))))).))))))((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).))))). ( -55.30)
>DroWil_CAF1 95618 114 + 1
------UACUGCGUCGUCGUCGUCUACGAUGGCGAUGAUGUGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUAUGACGACGGCAGCGUUGUUGUUGCACUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCUA
------..(..(((((((((((((...)))))))))))))..)...........((((.((((((....((((.(.((((.((.......)).)))).)))))....)))))).)))).. ( -51.30)
>DroMoj_CAF1 117835 120 + 1
AUCUUAGGAAACGCCGUCGUCGUCUGCGAUGACGAUGGUGCGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAA
......(....)((((.(((((((((((..........))))))))))).))))((((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).)))).. ( -58.10)
>DroAna_CAF1 91031 114 + 1
------UGCUGCGCCGUCGUCGUCUGCGAUGGCGAUGGUGCGGAUGGUGUUGUCGCUGGCGCUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCCGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAA
------((((((((((((((((((.(((..(((((..(..(.....)..)..)))))..))).)))...))))))))).(((((((.(.....).)))))))...........)))))). ( -58.80)
>consensus
______GGAUGCGCCGUCGUCGUCUGCGAUGGCGAUGAUGCGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAA
............((((.(((((((((((.(......).))))))))))).))))((((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).)))).. (-46.45 = -46.78 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	20,277,894 – 20,278,008
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.27
Mean single sequence MFE	-35.49
Consensus MFE	-28.46
Energy contribution	-27.77
Covariance contribution	-0.69
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.42
SVM RNA-class probability	0.730506
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20277894 114 - 27905053
UAGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCGGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCAUAAUCAACGCCAGCGACAACACCACCCGCAUCAUCGCCAUCGCAGACGACGACGGCGCAGCA------
..(((((................(((..((....))..))).(((((((((.............(((...........)))......((....))....)))))))))))))).------ ( -39.00)
>DroVir_CAF1 115259 120 - 1
UUGCUUCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCACAUCAUCGUCAUCGCAGACGACGACGGCGCAUCCAAUCAU
.(((.............(((((.((((((.........)))))).).)))).........(((.((....))..........((.(((((......))))).)).))))))......... ( -34.00)
>DroGri_CAF1 111894 120 - 1
UUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAACAUCAUCCACAUCAUCGCCAUCGCAGACGACGACGGCGCGUCCUUGCAU
..(((((................)))))((((.....((((.(((((((((........((....))....................((....))....)))))))))))))..)))).. ( -35.39)
>DroWil_CAF1 95618 114 - 1
UAGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGUGCAACAACAACGCUGCCGUCGUCAUAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCACAUCAUCGCCAUCGUAGACGACGACGACGCAGUA------
..(((((................((((((.........))))))(((((((....((.(((...(((...................)))...))).)).)))))))..))))).------ ( -28.81)
>DroMoj_CAF1 117835 120 - 1
UUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCGCACCAUCGUCAUCGCAGACGACGACGGCGUUUCCUAAGAU
................(((((((((((((.........)))))).((((((.............((....))...............(((......))))))))))))))))........ ( -35.20)
>DroAna_CAF1 91031 114 - 1
UUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCGGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAGCGCCAGCGACAACACCAUCCGCACCAUCGCCAUCGCAGACGACGACGGCGCAGCA------
.((((((................(((..((....))..))).(((((((((....((.(((...((((.................))))...))).)).)))))))))))))))------ ( -40.53)
>consensus
UUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAACAUCAUCCACAUCAUCGCCAUCGCAGACGACGACGGCGCAGCA______
.................(.((((((((((.........))))))(((((((........((....))....................((....)).)))))))..))))).......... (-28.46 = -27.77 +  -0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	20,277,928 – 20,278,047
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.88
Mean single sequence MFE	-51.02
Consensus MFE	-41.06
Energy contribution	-41.95
Covariance contribution	0.89
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.87
SVM RNA-class probability	0.871150
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20277928 119 + 27905053
CGGGUGGUGUUGUCGCUGGCGUUGAUUAUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCCGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCUAUGGUGCUGCUUUAUAGCAGCACACCACCUGUCCGCGGAG
((((((((......((((.((((((....((((.(.((.((((.......)))).)).)))))....)))))).))))....((((((((....))))))))))))))))((....)). ( -57.40)
>DroVir_CAF1 115299 118 + 1
UGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGAAGCAAUGGUGCCGCUUAAAAGCAGCACGCAAACUUCUCACGGG-
.(((...(((.(((((((.(((((.......))))).)))))))((((((.....((((((.(((((...........))))))))))).....))))))..)))....)))......- ( -43.50)
>DroGri_CAF1 111934 119 + 1
UGGAUGAUGUUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCCGCUUUACAGCAGCACGCAACCUUCUUAUGGAG
........((((.(((((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).))))....((((.(((....))).)))))))))((((....)))) ( -48.50)
>DroWil_CAF1 95652 119 + 1
UGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUAUGACGACGGCAGCGUUGUUGUUGCACUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCUAUUGUGCUGCUUUACAGCAGCACUCAAUCUACUCGAGGGA
(((((((.......((((.((((((....((((.(.((((.((.......)).)))).)))))....)))))).))))....((((((((....)))))))))).)))))......... ( -45.00)
>DroMoj_CAF1 117875 118 + 1
CGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCCGCUUUAAAGCAGCACGCAGCCUUCGCACGGG-
((..(((.((((.(((((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).))))....((((.(((....))).)))))))))..)))..))..- ( -54.20)
>DroPer_CAF1 94648 115 + 1
UGGAUGGUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCUGCUGUAUAGCAGCACGCCACCUGCUCAC----
((..(((.(.((((((((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).))))....((((((((....))))))))))))))))..)).---- ( -57.50)
>consensus
UGGAUGAUGCUGGCGCUGGCGUUGAUUGUGACGACGGCAGCGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCCGCUUUAAAGCAGCACGCAACCUUCUCACGGG_
.((.((........((((.((((((....((((.(.(((((((.......))))))).)))))....)))))).))))....((((.(((....))).)))).)).))........... (-41.06 = -41.95 +   0.89)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	20,277,928 – 20,278,047
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.88
Mean single sequence MFE	-40.99
Consensus MFE	-34.19
Energy contribution	-34.05
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.92
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.44
SVM RNA-class probability	0.953942
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20277928 119 - 27905053
CUCCGCGGACAGGUGGUGUGCUGCUAUAAAGCAGCACCAUAGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCGGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCAUAAUCAACGCCAGCGACAACACCACCCG
...........((((((((((((((....))))))......((((...........(((((.((((((.........)))))).).))))...........))))....)))))))).. ( -43.75)
>DroVir_CAF1 115299 118 - 1
-CCCGUGAGAAGUUUGCGUGCUGCUUUUAAGCGGCACCAUUGCUUCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCA
-...(((((((((.((.((((((((....))))))))))..)))))..........((((..((((((.........)))))))))).))))...........((....))........ ( -39.90)
>DroGri_CAF1 111934 119 - 1
CUCCAUAAGAAGGUUGCGUGCUGCUGUAAAGCGGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAACAUCAUCCA
........((..((((.((((((.(((...((((((....))))))..........(((((.((((((.........)))))).).)))).......))).)))))))))).))..... ( -40.70)
>DroWil_CAF1 95652 119 - 1
UCCCUCGAGUAGAUUGAGUGCUGCUGUAAAGCAGCACAAUAGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGUGCAACAACAACGCUGCCGUCGUCAUAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCA
...........(..(((((((((((....))))))))....((((...........(((((.((((((.........)))))).).))))........((....)).)))).)))..). ( -36.80)
>DroMoj_CAF1 117875 118 - 1
-CCCGUGCGAAGGCUGCGUGCUGCUUUAAAGCGGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCG
-...((((...(((((.((((((((....))))))))))..((((...........(((((.((((((.........)))))).).))))...........))))))).))))...... ( -42.25)
>DroPer_CAF1 94648 115 - 1
----GUGAGCAGGUGGCGUGCUGCUAUACAGCAGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAGCACCAUCCA
----.......(.((((((((((((....))))))))....((((...........(((((.((((((.........)))))).).))))...........)))))))).)........ ( -42.55)
>consensus
_CCCGUGAGAAGGUUGCGUGCUGCUAUAAAGCAGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACGCUGCCGUCGUCACAAUCAACGCCAGCGCCAGCAUCAUCCA
...........(((.((((((((((....))))))))....((((...........(((((.((((((.........)))))).).))))...........))))....)))))..... (-34.19 = -34.05 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	20,277,968 – 20,278,061
Length	93
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.13
Mean single sequence MFE	-33.55
Consensus MFE	-28.05
Energy contribution	-28.55
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975258
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20277968 93 + 27905053
CGUUGCUGUUGCGCCGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCUAUGGUGCUGCUUUAUAGCAGCACACCACCUGUCCGCGGAG----GUU---GU------CCUGCU------CCU
.(((((((((((((....)))).......)))))))))....((((((((....))))))))...........((((..----...---..------.)))).------... ( -32.81)
>DroPse_CAF1 96233 95 + 1
CGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCUGCUGUAUAGCAGCACGCCACCUGCUCAC---------UU---GU-----AUCUACUCUGGGCUCU
((((((((((((((....))))..........))))))))))((((((((....)))))))).......(((((.---------..---((-----....))..)))))... ( -35.10)
>DroGri_CAF1 111974 97 + 1
CGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCCGCUUUACAGCAGCACGCAACCUUCUUAUGGAG----GUACAAGUGCU--GUUAA---------CU
((((((((((((((....))))..........))))))))))............((((((((...((((((....))))----))....)))))--)))..---------.. ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 117915 93 + 1
CGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCCGCUUUAAAGCAGCACGCAGCCUUCGCACGGG-----UUA-----GGUAGGUCUA---------CU
((((((((((((((....))))..........))))))))))((((.(((....))).))))..(((((......)))-----)).-----((((....))---------)) ( -30.20)
>DroAna_CAF1 91105 97 + 1
CGUUGCUGUUGCGCCGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCUGCUUUACAGCAGCACACCACCUACCCACAGAGUCUUGUU---GC------CCCGCU------ACU
.((.((....((((....))))..........((((((((..((((((((....))))))))...((((......)).)).)))))---))------)..)).------)). ( -31.80)
>DroPer_CAF1 94688 95 + 1
CGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCUGCUGUAUAGCAGCACGCCACCUGCUCAC---------UU---GU-----AUCUACUCUGGGCUCU
((((((((((((((....))))..........))))))))))((((((((....)))))))).......(((((.---------..---((-----....))..)))))... ( -35.10)
>consensus
CGUUGCUGUUGCGCUGCGGCGUCUAUUUUAAUGGCAGCAAUGGUGCUGCUUUAUAGCAGCACGCCACCUGCUCACGGA_____GUU___GU______UCUACU_______CU
((((((((((((((....))))..........))))))))))((((((((....)))))))).................................................. (-28.05 = -28.55 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	20,277,968 – 20,278,061
Length	93
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.13
Mean single sequence MFE	-30.81
Consensus MFE	-24.23
Energy contribution	-23.98
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.63
SVM RNA-class probability	0.968760
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20277968 93 - 27905053
AGG------AGCAGG------AC---AAC----CUCCGCGGACAGGUGGUGUGCUGCUAUAAAGCAGCACCAUAGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCGGCGCAACAGCAACG
.(.------.(((((------..---..)----))((((((.(.((..((((((((((....))))))))....))..)).((......)).))))))).))..)....... ( -33.10)
>DroPse_CAF1 96233 95 - 1
AGAGCCCAGAGUAGAU-----AC---AA---------GUGAGCAGGUGGCGUGCUGCUAUACAGCAGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACG
................-----..---..---------((..((.((..((((((((((....))))))))....))..)).........(.(((....))))....)).)). ( -27.20)
>DroGri_CAF1 111974 97 - 1
AG---------UUAAC--AGCACUUGUAC----CUCCAUAAGAAGGUUGCGUGCUGCUGUAAAGCGGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACG
..---------.....--.((.(((((..----....)))))...(((((((((((((....))))))))....(((((................)))))))))).)).... ( -32.39)
>DroMoj_CAF1 117915 93 - 1
AG---------UAGACCUACC-----UAA-----CCCGUGCGAAGGCUGCGUGCUGCUUUAAAGCGGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACG
.(---------(((.(((.((-----...-----.....).).)))))))((((((((....))))))))....(((((................)))))((....)).... ( -27.69)
>DroAna_CAF1 91105 97 - 1
AGU------AGCGGG------GC---AACAAGACUCUGUGGGUAGGUGGUGUGCUGCUGUAAAGCAGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCGGCGCAACAGCAACG
.((------.(((((------..---..).....(((((.((((.(..((((((((((....))))))).)))..)))))......)))))..)))).))((....)).... ( -37.30)
>DroPer_CAF1 94688 95 - 1
AGAGCCCAGAGUAGAU-----AC---AA---------GUGAGCAGGUGGCGUGCUGCUAUACAGCAGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACG
................-----..---..---------((..((.((..((((((((((....))))))))....))..)).........(.(((....))))....)).)). ( -27.20)
>consensus
AG_______AGUAGA______AC___AAC_____UCCGUGAGCAGGUGGCGUGCUGCUAUAAAGCAGCACCAUUGCUGCCAUUAAAAUAGACGCCGCAGCGCAACAGCAACG
............................................((((((((((((((....))))))))....)))))).........(.(((....)))).......... (-24.23 = -23.98 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

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