Locus 7559

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,257,752 – 20,257,842
Length 90
Max. P 0.994791
window12201

overview

Window 1

Location 20,257,752 – 20,257,842
Length 90
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.81
Mean single sequence MFE -21.78
Consensus MFE -8.84
Energy contribution -9.59
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -3.06
Structure conservation index 0.41
SVM decision value 2.51
SVM RNA-class probability 0.994791
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20257752 90 - 27905053
CCUUUAUUUAUUGUAUAUC--------AUU----UAUAUACAUUUCUGGCUAUGU-AUAGA-----AUAUACAUAGCCAAAGAAAUAGGAAUAAUUUUAUAGCGGACA
((.(((((((((((((((.--------...----.))))))((((((((((((((-(((..-----.)))))))))))..))))))...)))))....)))).))... ( -22.60)
>DroSec_CAF1 67445 89 - 1
CCUUUAUUUAUUGUAUAUA--------AUU----UAUAUACAUUUCUGGCUAUGU-AUACA-----AUAUACGUAGCCA-AGAAAUAGGAAUAAUUUUAUAGCGGACA
((.((((((((((((((((--------...----)))))))((((((((((((((-(((..-----.))))))))))).-))))))...)))))....)))).))... ( -24.50)
>DroSim_CAF1 72340 94 - 1
CCUUUAUUUAUUGUAUAUC--------AUU----UAUAUACAUUUCUGGCUAUGU-AUAGAUAGAUAUAUACGUAGCCA-AGAAAUAGGAAUAAUUUUAUAGCGGACA
((.(((((((((((((((.--------...----.))))))((((((((((((((-(((........))))))))))).-))))))...)))))....)))).))... ( -25.50)
>DroEre_CAF1 69194 84 - 1
CCUUUAUUUAUCGUAUAUC--------AUU----UAUAUACAUUUCUGGCUAUG-----------UACAUUCGUGGCCA-AGAAAUAGGAAUAAUUUUACAGCGGACA
...((((((...((((((.--------...----.))))))(((((((((((((-----------......))))))).-))))))..)))))).............. ( -20.10)
>DroYak_CAF1 70271 92 - 1
CCUUUAUUUAUUGUAUAUC--------AUU----UAUAUACGUUUCUGGGCAUGU-UUAUGU--AUAUAUUCGUAGCCA-AGAAAUAGGAAUCAUUUUGUAGCGGACA
((.((((.....((((((.--------...----.))))))((((((.((((((.-.(((..--..)))..))).))).-))))))............)))).))... ( -16.80)
>DroAna_CAF1 68968 92 - 1
UAUAUAUUU---GUAUAUAAGAUUCUUAUUUCCGUACAUAAAGUCUUCACUAUGUUGUGGG-----GUAUGUGGGGUG-------AAGGAAUAAUUUUA-AGCAGACA
......(((---((.((....((((((.((.((.((((((....((((((......)))))-----))))))).)).)-------))))))).....))-.))))).. ( -21.20)
>consensus
CCUUUAUUUAUUGUAUAUC________AUU____UAUAUACAUUUCUGGCUAUGU_AUAGA_____AUAUACGUAGCCA_AGAAAUAGGAAUAAUUUUAUAGCGGACA
(((.........((((((.................))))))(((((((((((((.................)))))))..)))))))))................... ( -8.84 =  -9.59 +   0.76)

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