Locus 7551

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,227,344 – 20,227,501
Length 157
Max. P 0.999585
window12184 window12185 window12186 window12187

overview

Window 4

Location 20,227,344 – 20,227,461
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.07
Mean single sequence MFE -43.28
Consensus MFE -35.26
Energy contribution -35.82
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.658451
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20227344 117 + 27905053
AUACUCAUGGUUUGGCU---CAUCGUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUCCGCAGCGAGCUGAUGAUUAGAUUCCACCAGCCAGCCGCGAACCCAAGUGGUCGC
((((..((((......)---))).))))........((((((((((((....))))))...((((.(((.((..((((.((.........)).))))..)).))).))))...)))))). ( -38.60)
>DroVir_CAF1 49076 117 + 1
ACGCUCAUGGUUUGGCU---CGUUGUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGUGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCUGCUGCGAACCCAAGUGGACGU
..((.((.....)))).---............(((((.....((((((....))))))...(((((((((.((.((((.((.........)).)))).)).)))))))))..)))))... ( -43.00)
>DroPse_CAF1 44409 117 + 1
AUGCUCAUGGUUUGGCU---CAUUAUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUAAGAUUCCACCAGCCGGCUGCGAACCCUAGCGGUCGC
..((.((.....)))).---................(((((.((((((....))))))..((((((((((.((.((((.((.........)).))))))..))))))))))...))))). ( -43.10)
>DroGri_CAF1 52531 117 + 1
ACGCUCAUGGUUUGGCU---CAUUGUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGGGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGACGU
..((.((.....)))).---............(((((.....((((((....))))))...(((((((((.((.((((.((.........)).)))).)).)))))))))..)))))... ( -44.80)
>DroWil_CAF1 39845 120 + 1
GUGCUGAUGGUAUUGCUGGAUAUUGUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGACGC
.(((.((((((((((.((((((........)))))))))).))))))))).(((.(.(...(((((((((.((.((((.((.........)).)))).)).)))))))))...).).))) ( -47.10)
>DroPer_CAF1 42909 117 + 1
AUGCUCAUGGUUUGGCU---CAUUAUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUAAGAUUCCACCAGCCGGCUGCGAACCCUAGCGGUCGC
..((.((.....)))).---................(((((.((((((....))))))..((((((((((.((.((((.((.........)).))))))..))))))))))...))))). ( -43.10)
>consensus
AUGCUCAUGGUUUGGCU___CAUUGUAUAUUAUCCACGAUCAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGACGC
..((.((.....)))).................((((.....((((((....))))))...(((((((((.(..((((.((.........)).))))..).)))))))))..)))).... (-35.26 = -35.82 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 20,227,344 – 20,227,461
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.07
Mean single sequence MFE -50.26
Consensus MFE -44.16
Energy contribution -43.55
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.92
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 3.49
SVM RNA-class probability 0.999290
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20227344 117 - 27905053
GCGACCACUUGGGUUCGCGGCUGGCUGGUGGAAUCUAAUCAUCAGCUCGCUGCGGACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUACGAUG---AGCCAAACCAUGAGUAU
((((.((...(((((((((((.(((((((((.......))))))))).))))))))))))).)))).(((((......(.((((((.......)))))).---).........))))).. ( -48.26)
>DroVir_CAF1 49076 117 - 1
ACGUCCACUUGGGUUCGCAGCAGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCACGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUACAACG---AGCCAAACCAUGAGCGU
..((((((..(((((((((((..((((((((.......))))))))..)))))))))))...(((.((....)).))).....))))))...........---.((((.....)).)).. ( -47.70)
>DroPse_CAF1 44409 117 - 1
GCGACCGCUAGGGUUCGCAGCCGGCUGGUGGAAUCUUAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUAUAAUG---AGCCAAACCAUGAGCAU
((((..((.((((((((((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))))))))).((((((((......))))((...((.....)).---..)).......)))).. ( -50.20)
>DroGri_CAF1 52531 117 - 1
ACGUCCACUUGGGUUCGCAGCGGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCCCGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUACAAUG---AGCCAAACCAUGAGCGU
..((((((..(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))...(((.((....)).))).....))))))...........---.((((.....)).)).. ( -52.60)
>DroWil_CAF1 39845 120 - 1
GCGUCCACUUGGGUUCGCAGCGGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUACAAUAUCCAGCAAUACCAUCAGCAC
(((..((...(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))))..))).(((.((((......))))(((((........)))))))).............. ( -52.60)
>DroPer_CAF1 42909 117 - 1
GCGACCGCUAGGGUUCGCAGCCGGCUGGUGGAAUCUUAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUAUAAUG---AGCCAAACCAUGAGCAU
((((..((.((((((((((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))))))))).((((((((......))))((...((.....)).---..)).......)))).. ( -50.20)
>consensus
GCGACCACUUGGGUUCGCAGCCGGCUGGUGGAAUCUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUGAUCGUGGAUAAUAUACAAUG___AGCCAAACCAUGAGCAU
....((((..(((((((((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))...(((.((....)).))).....)))).................((((.....)).)).. (-44.16 = -43.55 +  -0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 20,227,381 – 20,227,501
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.11
Mean single sequence MFE -43.60
Consensus MFE -36.88
Energy contribution -37.33
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.828339
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20227381 120 + 27905053
CAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUCCGCAGCGAGCUGAUGAUUAGAUUCCACCAGCCAGCCGCGAACCCAAGUGGUCGCUAUAAGGUGUUCUCGCUGCCCAUCUUGAGCAGCUCGAACU
........(((((.((...((((((..((((((((((((...))))....(((((((..(((((........))))).)))....))))..))))))))..)))))).)).))))).... ( -45.00)
>DroVir_CAF1 49113 120 + 1
CAUCGUCGCGUGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCUGCUGCGAACCCAAGUGGACGUUAUAAGGAGUUUUCACUACCCAUUUUGAGCAGCUCGAAUU
..((((((....))))))...(((((((((.((.((((.((.........)).)))).)).))))))))).((((((..((......))..))))))......((((((...)))))).. ( -40.60)
>DroGri_CAF1 52568 120 + 1
CAUCGUCGCGGGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGACGUUAUAAGGUGUUAUCACUGCCCAUUUUAAGCAGCUCGAAUU
........(((((.((.....(((((((((.((.((((.((.........)).)))).)).)))))))))((((((.........((((....))))..))))))...)).))))).... ( -42.90)
>DroWil_CAF1 39885 120 + 1
CAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGACGCUAUAAGGUAUUUUCACUGCCCAUUUUCAGUAAUUCGAAUU
..((((((....))))))...(((((((((.((.((((.((.........)).)))).)).))))))))).((((((.(((....)))...))))))....................... ( -40.30)
>DroMoj_CAF1 46553 120 + 1
CAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGACGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGUCGCUAUAAGGAGUUGUCACUGCCCAUUUUGAGCAGCUCGAACU
........(((((.((.....(((((((((.((.((((..((......))...)))).)).))))))))).(((((..(((......)))..)))))...........)).))))).... ( -45.10)
>DroPer_CAF1 42946 120 + 1
CAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUAAGAUUCCACCAGCCGGCUGCGAACCCUAGCGGUCGCUAUAAGGUGUUGUCGCUGCCCAUCUUGAGCAGCUCGAAUU
..((((((....))))))..((((((((((.((.((((.((.........)).))))))..)))))))))).((((.((((....)))))))).(((((.(.....).)))))....... ( -47.70)
>consensus
CAUCGUCGCGAGCGGCGAACAGGGUUCGCAACGAGCUGAUGAUUAAAUUCCACCAGCCCGCUGCGAACCCAAGUGGACGCUAUAAGGUGUUGUCACUGCCCAUUUUGAGCAGCUCGAAUU
........(((((.((.....(((((((((.((.((((..((......))...)))).)).))))))))).(((((.((((....))))...)))))...........)).))))).... (-36.88 = -37.33 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 20,227,381 – 20,227,501
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.11
Mean single sequence MFE -54.17
Consensus MFE -47.85
Energy contribution -46.92
Covariance contribution -0.94
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -4.34
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 3.75
SVM RNA-class probability 0.999585
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20227381 120 - 27905053
AGUUCGAGCUGCUCAAGAUGGGCAGCGAGAACACCUUAUAGCGACCACUUGGGUUCGCGGCUGGCUGGUGGAAUCUAAUCAUCAGCUCGCUGCGGACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUG
.((((..(((((((.....)))))))..))))........((((.((...(((((((((((.(((((((((.......))))))))).))))))))))))).))))((....))...... ( -59.30)
>DroVir_CAF1 49113 120 - 1
AAUUCGAGCUGCUCAAAAUGGGUAGUGAAAACUCCUUAUAACGUCCACUUGGGUUCGCAGCAGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCACGCGACGAUG
...(((.(((((.....(((((.(((....))).)))))..((..((...(((((((((((..((((((((.......))))))))..)))))))))))))..))..))).))..))).. ( -48.30)
>DroGri_CAF1 52568 120 - 1
AAUUCGAGCUGCUUAAAAUGGGCAGUGAUAACACCUUAUAACGUCCACUUGGGUUCGCAGCGGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCCCGCGACGAUG
.......(((((((.....)))))))...............((((.....(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))...((((.....)))).)))) ( -52.30)
>DroWil_CAF1 39885 120 - 1
AAUUCGAAUUACUGAAAAUGGGCAGUGAAAAUACCUUAUAGCGUCCACUUGGGUUCGCAGCGGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUG
...(((..((((((........))))))............(((..((...(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))))..)))((....)).))).. ( -50.30)
>DroMoj_CAF1 46553 120 - 1
AGUUCGAGCUGCUCAAAAUGGGCAGUGACAACUCCUUAUAGCGACCACUUGGGUUCGCAGCGGGCUGGUGGAAUUUAAUCGUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUG
.(((((((((((((.....)))))................((((.((...(((((((((((((((((..((.......))..))))))))))))))))))).)))).))))).))).... ( -57.00)
>DroPer_CAF1 42946 120 - 1
AAUUCGAGCUGCUCAAGAUGGGCAGCGACAACACCUUAUAGCGACCGCUAGGGUUCGCAGCCGGCUGGUGGAAUCUUAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUG
...(((.(((((((.....)))))))..............(((((.(((((((((((((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))))...)).).))))..))).. ( -57.80)
>consensus
AAUUCGAGCUGCUCAAAAUGGGCAGUGAAAACACCUUAUAGCGACCACUUGGGUUCGCAGCGGGCUGGUGGAAUUUAAUCAUCAGCUCGUUGCGAACCCUGUUCGCCGCUCGCGACGAUG
...(((.(((((((.....)))))))........................(((((((((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))...((((.....))))))).. (-47.85 = -46.92 +  -0.94)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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