Locus 755

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>3R_DroMel_CAF1 2652165 98 + 27905053
GGCGUGCUGUGGCAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUUACGGCCAA------CUCAAUUGGCCCGCC----CGCUUUGUU-UUGGAUUUCCAAU-----------
((((.((.(((((((((....)))......(((((.....))))).))))))...((((((------.....)))))).)).----)))).....-((((....)))).----------- ( -28.00)
>DroVir_CAF1 8368 89 + 1
GGCGGAAUGUGGCAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUUAUGGCCAA------GUCAAUUGGCUCGCC----CGCUUU-----UCAACAA----------------
.((((...(((((((((....)))).....)))))...))))((((.........((((((------.....))))))))))----......-----.......---------------- ( -24.60)
>DroGri_CAF1 1309 94 + 1
GGCGGUUUGUGGUAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUU-UGGCCAA------GUCAAUUGGCCCGCC----CGGUAU-----UUAACU-CACUA---------GA
...(((((.....((((....))))...)))))...(((((.((((.......-.((((((------.....))))))))))----))))).-----......-.....---------.. ( -28.50)
>DroMoj_CAF1 16077 96 + 1
GGCGGACUGUGGCAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUUAUGGCCAA------CUCAAUUGGCCCGCC----CGGUAU-----UCAACAACAAUA---------AA
...(((..(((((((((....)))).....))))).(((((.((((.........((((((------.....))))))))))----))))))-----))..........---------.. ( -27.00)
>DroAna_CAF1 899 110 + 1
GGCGUGCUACGGCAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUUACGGCCAA------CUCAAUUGGCCCGCC----CGGUUUGUUUUUGGCUUUCCAAUCCAAUACCAGG
((..(((....))).............(((((((...((((.((((((....)))((((((------.....)))))).)))----)))).......)))))))...........))... ( -34.90)
>DroPer_CAF1 25776 110 + 1
GGCGUGCUGUGGCAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUUAUGGCCAAGUCCAAGUCAAUUGGCCCGCCCGCCCGCCUCGUA-UUCGCUGCCAAAG---------AG
((((.((.(((((((((....)))).....)))))....((.((((.((......((((((...........)))))).....)).)))).))..-...))))))....---------.. ( -32.50)
>consensus
GGCGGGCUGUGGCAAAGUAGACUUUUAAAAGCCAUUUACCGUGGCGUGUUAUUAUGGCCAA______CUCAAUUGGCCCGCC____CGCUUU_____UCAACUACAAAA___________
((((....(((((((((....)))......(((((.....))))).))))))...((((((...........))))))))))...................................... (-21.00 = -20.75 +  -0.25) 

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Window 6

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>3R_DroMel_CAF1 2652165 98 - 27905053
-----------AUUGGAAAUCCAA-AACAAAGCG----GGCGGGCCAAUUGAG------UUGGCCGUAAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUGCCACAGCACGCC
-----------.((((....))))-......(((----(((((((((((...)------))))))((....)).))))..((((((.(((((....)))))...))))))......))). ( -34.00)
>DroVir_CAF1 8368 89 - 1
----------------UUGUUGA-----AAAGCG----GGCGAGCCAAUUGAC------UUGGCCAUAAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUGCCACAUUCCGCC
----------------.((((..-----..))))----((((.(((((.....------)))))................((((((.(((((....)))))...))))))......)))) ( -23.20)
>DroGri_CAF1 1309 94 - 1
UC---------UAGUG-AGUUAA-----AUACCG----GGCGGGCCAAUUGAC------UUGGCCA-AAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUACCACAAACCGCC
..---------..(((-(((((.-----.(((((----((((((((((.....------)))))).-.......)))).)))))..)))))....((((....))))..)))........ ( -27.80)
>DroMoj_CAF1 16077 96 - 1
UU---------UAUUGUUGUUGA-----AUACCG----GGCGGGCCAAUUGAG------UUGGCCAUAAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUGCCACAGUCCGCC
..---------.(((((.((.((-----.(((((----(((((((((((...)------)))))).........)))).)))))...(((((....)))))...)).)).)))))..... ( -27.60)
>DroAna_CAF1 899 110 - 1
CCUGGUAUUGGAUUGGAAAGCCAAAAACAAACCG----GGCGGGCCAAUUGAG------UUGGCCGUAAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUGCCGUAGCACGCC
...((((.((((((.((((((((.......((((----(((((((((((...)------))))))((....)).)))).))))...))))))))...))))))...)))).......... ( -41.50)
>DroPer_CAF1 25776 110 - 1
CU---------CUUUGGCAGCGAA-UACGAGGCGGGCGGGCGGGCCAAUUGACUUGGACUUGGCCAUAAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUGCCACAGCACGCC
..---------.....((..((..-..))..)).((((((((((((((...........)))))).........))))..((((((.(((((....)))))...))))))......)))) ( -32.30)
>consensus
___________AUUUGAAAUCGA_____AAACCG____GGCGGGCCAAUUGAC______UUGGCCAUAAUAACACGCCACGGUAAAUGGCUUUUAAAAGUCUACUUUGCCACAGCACGCC
......................................((((((((((...........))))))...............((((((.(((((....)))))...))))))......)))) (-22.97 = -23.00 +   0.03) 

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