Locus 7527

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,133,930 – 20,134,041
Length 111
Max. P 0.639934
window12154

overview

Window 4

Location 20,133,930 – 20,134,041
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.02
Mean single sequence MFE -44.80
Consensus MFE -30.24
Energy contribution -31.13
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.639934
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20133930 111 - 27905053
CAGUGGGUUCCGUUCAUGGAGCAAGUUCCUCCAUUGAGACACUUUCCAUUGGUGGCAUUGCAGUUGAUGGGUGUCAGGGCC---AAAGCAGAAGCUCCAUCGCCCGUGCUCGUU
((((((((((((....))))))........)))))).(((((...((((..(..((...))..)..))))))))).((((.---..(((....))).....))))......... ( -34.40)
>DroVir_CAF1 15986 111 - 1
CAAUGGGUGCCAUUCAUGGAACAGGUGCCUCCAUUCAGGCACUUGCCAUUCGUGGCGUUGCAGUUGAUGGGCGUUAAGGCC---AAAGCGGCGGCGCCAUCGCCCGUGCUCUGC
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>DroGri_CAF1 4643 111 - 1
CAAUGAGUACCAUUCAUGGAGCAGGUGCCUCCAUUGAGGCACUUGCCAUUCGUCGCAUUGCAAUUGAUGGGCGUCAGGGCC---AAUGCGGUGGCGCCAUCUCCCGUGCUCUGC
....((((((.....((((.(((((((((((....)))))))))))...((..(((((((...(((((....)))))...)---))))))..))..)))).....))))))... ( -47.90)
>DroWil_CAF1 14201 114 - 1
CAAUGGGUGCCAUUCAUGGAGCAAGUGCCCCCAUUCAGACAUUUGCCAUUGGUGGCAUUACAAUUGAUGGGUGUCAGUGCCUGUAAAGCGGCAGCACCCUCCCCUGUGCUCAGU
((((.((((((((..(((..(((((((.(........).))))))))))..))))))))...))))..((((((...((((........))))))))))....(((....))). ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 14612 111 - 1
CAAUGGGUGCCAUUCAUUGAGCAGGUGCCGCCAUUCAGGCAUUUGCCGUUCGUGGCAUUGCAGUUGAUGGGCGUCAAGGCC---AAGGCGUUGGCGCCAUCGCCUGUGCUCUGC
....(((((((((....((.(((((((((........)))))))))))...)))))...((((.((((((.((((((.((.---...)).)))))))))))).))))))))... ( -52.90)
>DroAna_CAF1 3190 111 - 1
CAGUGGGUGCCGUUCAUGGAGCAAGUGCCUCCGUUCAGGCACUUGCCGUUGGUGGCAUUGCAGUUGAUGGGGGUGAGGGCC---AAAGCAGCUACUCCAUCGCCGGUGCUGGUC
((((.((((((((..(((..((((((((((......)))))))))))))..))))))))((.(.((((((((...((.((.---...))..)).)))))))).).))))))... ( -44.70)
>consensus
CAAUGGGUGCCAUUCAUGGAGCAAGUGCCUCCAUUCAGGCACUUGCCAUUCGUGGCAUUGCAGUUGAUGGGCGUCAGGGCC___AAAGCGGCGGCGCCAUCGCCCGUGCUCUGC
.....((((((((..((((..(((((((((......)))))))))))))..))))))))(((..((((((.((((...((.......))...))))))))))....)))..... (-30.24 = -31.13 +   0.89)

alignment

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secondary structure

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