Locus 7525

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,132,180 – 20,132,300
Length 120
Max. P 0.695776
window12152

overview

Window 2

Location 20,132,180 – 20,132,300
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.39
Mean single sequence MFE -46.82
Consensus MFE -33.13
Energy contribution -34.88
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.85
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.695776
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20132180 120 - 27905053
GUCUGGCAGAACGCACCCGUGUAACCGGUGCCGCUGCAAUCGCAGCUGAAUCCAUUGAUACGGUCUAUGCAGCUUCCGUUGUUCUGACACGGCUGUGAGGCGCACUCAUCCGUGUCCACC
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>DroVir_CAF1 13029 120 - 1
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>DroGri_CAF1 2220 120 - 1
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>DroWil_CAF1 12442 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 12484 120 - 1
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>DroAna_CAF1 1350 120 - 1
GUCUGGCAGAAGGCGCCCAUGUACCCCGUUCCCGAGCAAUCGCAGCUGAAGCCAUUGAUCCGGUCGAUGCAGCUGCCGUUGUUCUGGCACGGCUGCGAGGCGCACUCGUCGGUGUCGAUC
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>consensus
GUCUGGCAGAAGGCGCCCAUGUAGCCGGUGCCGCUGCAAUCGCAGCUGAAUCCAUUGAUGCGAUCGAUGCAGCUGCCAUUGUUCUGGCACGGCUGCGAGGCGCACUCAUCCAUAUCGAUC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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