Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,100,534 – 20,100,654 |
Length | 120 |
Max. P | 0.514007 |
Location | 20,100,534 – 20,100,654 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.11 |
Mean single sequence MFE | -47.37 |
Consensus MFE | -25.66 |
Energy contribution | -24.81 |
Covariance contribution | -0.85 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.514007 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 20100534 120 + 27905053 GCCCUGGGCGCCGCCUCUAUGGUGGCCCGGAUCAGUGGCAUGAUGGCACCGUUCCUCAACUUCUUGGCCACCAUCUGGAAGCCACUGCCGUUGCUCAUCUGCGGAUCCCUGACCUUGGUA (((..(((.((((((.....)))))).)(((((.(..(.(((((((((..(((....)))....((((..((....))..)))).)))))....)))))..).)))))....))..))). ( -43.40) >DroEre_CAF1 21177 120 + 1 GCUCUGGGCGCCGCCUCCAUGGUGGCCCGCAUCAGUGGCAUGAUGGCACCAUUCCUCAACUUCCUGGCCACCAUUUGGAAGCCACUGCCGCUGCUCAUCUGCGGAUCGCUCUCCCUGGCA (((..((((((((((.....))))))(((((.((((((((.((((....))))...........((((..((....))..)))).))))))))......)))))...)))).....))). ( -47.70) >DroYak_CAF1 22365 120 + 1 GCUCUGGGCGCCGCCUCCAUGGUGGCACGCAUUAGUGGCAUGAUGGCACCAUUCCUCAAAAUGUUGGCCACCAUUUGGAAGCCACUGCCGCUGCUCAUCUGCGGAUCGCUCUCCUUGGCG (((..(((.((((((.....))))))..((..(((((((....((((..((((......))))...))))((....))..)))))))((((.........))))...))..)))..))). ( -46.70) >DroMoj_CAF1 41207 120 + 1 GGCAUGGGCGCCGCCUCCAUGGUCUCUCGGCUGACUGGCAUGCUGGCGCCCUAUCUAAAUGCCCUGGCCACCAUUUGGCCACCGCUUCCCCUGGUCAUCUAUGGCGCCCUCUCGCUGGCC ((((((((((((((..((((((((....)))))..)))...)).))))))).......)))))..(((((((((.((((((..........))))))...)))).((......))))))) ( -45.51) >DroAna_CAF1 21799 120 + 1 GCUCUGGGAGCAGCUUCAAUGGUGGCCCGAAUCAGUAGCAUGCUGGCGCCGUUCCUCAACUAUCUGGCCACCAUUUGGACACCACUGCCGCUGCUUAUCUGUGGAUCCCUUUCCCUGGCU (((..(((((((((...((((((((((.((.(((((.....)))))....(((....)))..)).)))))))))).((.((....)))))))))..(((....))).....)))).))). ( -41.70) >DroPer_CAF1 32221 120 + 1 GCCUUGGGCGCCGCCUCGAUGGUGGCCCGGAUGGGCGGAAUGUUGGCCCCCUACCUCACCUUCCUGGCCAGCGUCUGGCGACCCCUGCCGCUGCUCAUCUGUGGCGUGCUCUCUCUGGCA (((..((((((((((.....))))((((((((((((((.(((((((((.................)))))))))..((((.....)))).))))))))))).))))))))).....))). ( -59.23) >consensus GCCCUGGGCGCCGCCUCCAUGGUGGCCCGGAUCAGUGGCAUGAUGGCACCAUUCCUCAACUUCCUGGCCACCAUUUGGAAACCACUGCCGCUGCUCAUCUGCGGAUCCCUCUCCCUGGCA (((..(((.((((((.....))))))(((....(((((((((.((((...................)))).)))..((.........))))))))......)))........))).))). (-25.66 = -24.81 + -0.85)
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