Locus 7509

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,066,592 – 20,066,712
Length 120
Max. P 0.655272
window12129

overview

Window 9

Location 20,066,592 – 20,066,712
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.39
Mean single sequence MFE -48.22
Consensus MFE -25.07
Energy contribution -25.08
Covariance contribution 0.01
Combinations/Pair 1.47
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.655272
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20066592 120 - 27905053
UGGCGUGCGCCGCUGCCGCGGAGGCUGCUGCCAACUGCUGCUGGAGUACGCUGUUCAGAGCCGCGUUGCUGUUGGCCGCUGCCUUGAGAUUGCUUAUUUGGGGCAGGACAUGAACCAGUU
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>DroVir_CAF1 13505 108 - 1
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>DroPse_CAF1 10425 117 - 1
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>DroWil_CAF1 8382 114 - 1
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>DroAna_CAF1 12365 120 - 1
UGGCAUGCGCUGCUGCCGCGGUGGCUGCCGCCAGUUGCUGAUGAAGGACGCUGUUGAGGGCUGCGUUGCUGCUGGCCGCCGCUUUGAGAUUGCUGAUUUGCGGGAGGACGUGGACCAGUU
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>DroPer_CAF1 17015 117 - 1
UGGCCUGUGCGGCUGCUG---UGGCUGCUGCCAAUUGCUGGUGCAGCACACUGUUCAAUGCCGCAUUGUUGGCGGCGGCCGCCUUGAGAUUGCUAAUCUGUGGCAGGACAUGGACCAGCU
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>consensus
UGGCAUGCGCGGCUGCCGC_GUGGCUGCUGCCAAUUGCUGAUGAAGUACACUGUUCAAAGCCGCAUUGUUGGCGGCCGCCGCCUUGAGAUUGCUAAU_UGGGGCAGGACAUGGACCAGCU
(((((((.....(((((...(((((.((((((((((((.(.((((........))))...).)))..))))))))).)))))....((....)).......)))))..))))..)))... (-25.07 = -25.08 +   0.01)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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