Locus 7468

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,947,768 – 19,948,008
Length 240
Max. P 0.862180
window12074 window12075 window12076

overview

Window 4

Location 19,947,768 – 19,947,888
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.94
Mean single sequence MFE -51.05
Consensus MFE -37.27
Energy contribution -36.80
Covariance contribution -0.47
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.702730
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19947768 120 - 27905053
AGCUGUUUGGUACCCUCGCUGGUCUCCAGCUGGGCCUUGGUGGUGCGCAGGGUCUCGCUGGUGUUCUGGAAUUUCACCUGCAUGUCGUGCAGGGCCAGCUGGUAUUUGUGGAGCGCCGCC
.(((.(..((((((...(((((((.(((((.(((((((((.....).)))))))).))))).).............(((((((...))))))))))))).))))))...).)))...... ( -51.40)
>DroVir_CAF1 10012 120 - 1
AGCUGUUUGGUGCCCUCGCUGGUAUCCAGCUGAGAUCGUGUGCUGCGCAACGAUUCCGAGCUCUGCUGGAACUUGACCUGCAUGUCGUGCAGGGCCAGCUGGUAUUUGUGGAGCGCCGCC
.(((.(..((((((...((((((.((((((.((((((((.(((...))))))))......))).))))))......(((((((...))))))))))))).))))))...).)))...... ( -49.00)
>DroGri_CAF1 9988 120 - 1
AGCUGUUUGGUGCCCUCGCUGGUAUCCAGUUGGGUUCUGGUGCUGCGCAACGUUUCGCUACUAUGCUGGAACUUCACCUGCAUAUCGUGUAGCGCCAGUUGAUACUUGUGGAGCGCUGCC
.(((.(..(((((((..(((((...))))).)))).((((((((((((...((......))(((((.((.......)).)))))..)))))))))))).....)))...).)))...... ( -44.00)
>DroWil_CAF1 9331 120 - 1
AGCUGUUUGGUGCCAUCGCUGGUGUCCAGUUGAGUUUUGGUCGAGCGUAGAGUCUCGGUCGUAUGCUGGAAUUUCACUUGCAUGUCGUGCAAGGCCAGUUGGUACUUGUGGAGGGCAGCC
.((((((((((((((..((((((.((((((.......((..(((((.....).))))..))...))))))......(((((((...))))))))))))))))))))......))))))). ( -49.20)
>DroMoj_CAF1 10465 120 - 1
AGCUGCUUGGUGCCCUCGCUGGUCUCCAGCUGGGAGCGAGUGCUGCGCAGCGUUUCGCUGCUCUGCUGGAACUUCACCUGCAUGUCGUGCAGGGCCAGCUGGUACUUGUGGAGCGCUGCC
.((.((....((((((.(((((...))))).))).)))...)).))((((((((((((((((..(((((.......(((((((...))))))).))))).))))...)))))))))))). ( -60.60)
>DroAna_CAF1 8849 120 - 1
AGCUGCUUGGUGCCUUCACUGGUGUCCAACUGGGACUUGGUGGUGCGGAGAGUGUCACUGGUGUGCUGGAACUUCACCUGCAUGUCGUGUAGGGCCAGUUGGUACUUGUGGAGCGCCGCC
........(((((.(((((.((((.((((((((..((.(((((..(.....)..)))))((..(((.((.......)).)))..))....))..)))))))))))).))))))))))... ( -52.10)
>consensus
AGCUGUUUGGUGCCCUCGCUGGUAUCCAGCUGGGAUCUGGUGCUGCGCAGCGUUUCGCUGCUAUGCUGGAACUUCACCUGCAUGUCGUGCAGGGCCAGCUGGUACUUGUGGAGCGCCGCC
.(((.(..((((((...((((((.((((((........((((..((.....))..)))).....))))))......(((((((...))))))))))))).))))))...).)))...... (-37.27 = -36.80 +  -0.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 19,947,848 – 19,947,968
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.89
Mean single sequence MFE -51.17
Consensus MFE -39.38
Energy contribution -37.58
Covariance contribution -1.80
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.83
SVM RNA-class probability 0.862180
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19947848 120 - 27905053
CCCUUUCCUGCAGCAAUUCCGAUAGCUUGGAGUUGCUGCUGUCCAGUUUCUCGGUGAGCUGCUGCAUCUUGGUGGUCAGCAGCUGUUUGGUACCCUCGCUGGUCUCCAGCUGGGCCUUGG
.((......(((((((((((((....))))))))))))).((((((((..((((((((((((((.(((.....)))))))))).....((...))))))))).....))))))))...)) ( -51.20)
>DroVir_CAF1 10092 120 - 1
CGCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUCGAGUUGCUGGCAUCCAGUUUCUCGGUCAGCUGCUGCAUUUUGCCAGUGAGCAGCUGUUUGGUGCCCUCGCUGGUAUCCAGCUGAGAUCGUG
(((((((.((((((((((..(((.....((((..(((((...)))))..)))))))))))))))))...((((((((((..(((....)))...)))))))))).......)))..)))) ( -51.60)
>DroGri_CAF1 10068 120 - 1
CGCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUUGAGUUGCUGGCAUCCAGUUUCUCGGUUAGCUGUUGCAUUUUACUGGUCAGCAGCUGUUUGGUGCCCUCGCUGGUAUCCAGUUGGGUUCUGG
.((((....))(((((((((((....))))))))))).))..((((....((((.(((((((((.(((.....)))))))))))).)))).((((..(((((...))))).)))).)))) ( -45.80)
>DroWil_CAF1 9411 120 - 1
CCCGCUCCUGCAGCAGUUCGGAAAGCUUUGAAUUGCUGCAGUCCAGCUUCUCGGUGAGCUGUUGCAUUUUUGUGGUCAAAAGCUGUUUGGUGCCAUCGCUGGUGUCCAGUUGAGUUUUGG
.((((..(((((((((((((((....)))))))))))))))..((((((......))))))..........))))...((((((..(((((((((....))))).))))...)))))).. ( -44.30)
>DroMoj_CAF1 10545 120 - 1
CGCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAGAGCUUGGAGUUGCUGGCAUCCAGCUUCUCGGUCAGCUGCUGCAUUUUGCUGGUCAGCAGCUGCUUGGUGCCCUCGCUGGUCUCCAGCUGGGAGCGAG
..(((((((((((((((((.(((((((.(((((.....)).)))))).)))).)..))))))))).....(((((..(.((((.((.....))....)))).)..))))).))))))).. ( -59.90)
>DroAna_CAF1 8929 120 - 1
CCCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUCGAGUUGCUGGCAUCGAGCUUCUCGGUGAGCUGCUGCAUCUUAGUGGUUAGGAGCUGCUUGGUGCCUUCACUGGUGUCCAACUGGGACUUGG
(((((((((.((((((((((((....)))))))))))).(((((((...)))))))(((..(((.....)))..)))))))))...((((((((......)))).))))..)))...... ( -54.20)
>consensus
CCCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUCGAGUUGCUGGCAUCCAGCUUCUCGGUGAGCUGCUGCAUUUUGCUGGUCAGCAGCUGUUUGGUGCCCUCGCUGGUAUCCAGCUGGGAUCUGG
...(((..((((((((((((((....)))))))))))).))...)))..((((((.((((((((.(((.....)))))))))))...(((((((......)))).)))))))))...... (-39.38 = -37.58 +  -1.80)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 19,947,888 – 19,948,008
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.72
Mean single sequence MFE -43.49
Consensus MFE -26.12
Energy contribution -25.77
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.783409
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19947888 120 - 27905053
UUCUGGACACGGAUAUCGUCCAGUCCGCGCUGCAGACUCUCCCUUUCCUGCAGCAAUUCCGAUAGCUUGGAGUUGCUGCUGUCCAGUUUCUCGGUGAGCUGCUGCAUCUUGGUGGUCAGC
..(((..(((((((........))))..((.((((.(((.((.......(((((((((((((....)))))))))))))......(.....))).))))))).))......)))..))). ( -46.50)
>DroVir_CAF1 10132 120 - 1
UUCUGGGUUCUCAUGUCGUCGAGCGUCUUCUGGAGACUGUCGCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUCGAGUUGCUGGCAUCCAGUUUCUCGGUCAGCUGCUGCAUUUUGCCAGUGAGC
..((((..............((((((...(.(....).)..)))))).((((((((((..(((.....((((..(((((...)))))..))))))))))))))))).....))))..... ( -46.00)
>DroGri_CAF1 10108 120 - 1
UUCUGGGUCCUUACAUCAUCCAGAGUUUUCUGCAGACUCUCGCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUUGAGUUGCUGGCAUCCAGUUUCUCGGUUAGCUGUUGCAUUUUACUGGUCAGC
((((((((.........))))))))......((.((((..........((((((((((.....((((..(((..(((((...)))))..))))))))))))))))).......)))).)) ( -36.03)
>DroWil_CAF1 9451 120 - 1
UUCUGGCUGCGCACUUCAUCCAACGUCUUUUGCAGACUCUCCCGCUCCUGCAGCAGUUCGGAAAGCUUUGAAUUGCUGCAGUCCAGCUUCUCGGUGAGCUGUUGCAUUUUUGUGGUCAAA
...((((..(.....(((((....((((.....))))......(((.(((((((((((((((....)))))))))))))))...))).....)))))((....))......)..)))).. ( -41.10)
>DroMoj_CAF1 10585 120 - 1
UUUUGCACUCGGACUUCAUCCAGGGAUUUUUGCAGACUUUCGCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAGAGCUUGGAGUUGCUGGCAUCCAGCUUCUCGGUCAGCUGCUGCAUUUUGCUGGUCAGC
...((((((((((.....))).))).....))))((((...(((....(((((((((((.(((((((.(((((.....)).)))))).)))).)..))))))))))...))).))))... ( -44.00)
>DroAna_CAF1 8969 120 - 1
UUCUGGGUGCGCACUUCGUCCAGUCCUCGCUGGAGACUCUCCCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUCGAGUUGCUGGCAUCGAGCUUCUCGGUGAGCUGCUGCAUCUUAGUGGUUAGG
....(((.(((....((.((((((....))))))))......))).))).((((((((((((....)))))))))))).(((((((...)))))))(((..(((.....)))..)))... ( -47.30)
>consensus
UUCUGGGUGCGCACUUCAUCCAGCGUUUUCUGCAGACUCUCCCGCUCCUGCAGCAGCUCGGAUAGCUUCGAGUUGCUGGCAUCCAGCUUCUCGGUGAGCUGCUGCAUUUUGCUGGUCAGC
..((((((.........)))))).......(((((...............((((((((((((....)))))))))))).....(((((........)))))))))).............. (-26.12 = -25.77 +  -0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:46:50 2006