Locus 7453

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	19,869,749 – 19,869,862
Length	113
Max. P	0.888529

overview

Window 2

Location	19,869,749 – 19,869,862
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.17
Mean single sequence MFE	-47.37
Consensus MFE	-22.30
Energy contribution	-24.38
Covariance contribution	2.08
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.888529
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19869749 113 + 27905053
GCUGCAGCGGCCGCGGAUGCUGCGGCAGCCGUCACACCGGGCACCACAGU---UCCGGGCACGCCCCAUGCUACAUUCGGCGGCACCAUGCGGUAUCCAGCCGCUGAAAAU----UGUAU
....(((((((...((((((((((...((((((...(((((.((....))---)))))(((.......))).......))))))....)))))))))).))))))).....----..... ( -50.40)
>DroVir_CAF1 737 112 + 1
GCGGCAGCAGCCGCGCUGGCA---GCGGCAGACACGCCUGGCACCACAGUGGCGCCUGGCACUCCCCAUGCCAUAUUUGGCGGCAUCACACGGUACCCGGCAGCUGCAAAG----GACA-
...(((((.(((((.......---)))))......(((.((.(((...(((..((((((......))).((((....)))))))..)))..))).)).))).)))))....----....- ( -49.80)
>DroPse_CAF1 356 110 + 1
GCUGCUGCGGCCGCAGACG---AGGCCGCCGACAUGCCUGGGACAACAGU---ACCGGGUACACCCCAUGCCACAUUCGGUGGCACCAUGCGAUACCCGGCAGCUGGAAAG----AUCAU
((((((((((((.......---.))))))((.(((((((((.((....))---.))))).........((((((.....)))))).))))))......)))))).......----..... ( -45.30)
>DroWil_CAF1 642 117 + 1
GCUGCUGCAGCCGCUGUGGCAGCAGCGGCAGUCACACCUGGCACUACUGU---ACCGGGCACUCCCCAUGCCACAUUCGGCGGCACCAUGCGAUAUCCAGCAGCUAAAUAAAAAAAACAU
(((((((..((((((((....)))))))).(((...(((((.((....))---.)))))..........(((......)))))).............)))))))................ ( -45.10)
>DroAna_CAF1 432 107 + 1
GCUGCUGCGGCGGCGGUGGCUGCG---GCCGUUACGCCCGGCACCACAGU---ACCUGGCACGCCCCAUGCCACAUUUGGUGGCACCAUACGGUAUCCGGCAGCUGCAAAU----AA---
((.(((((((((((((((.(((.(---((......)))))))))).(((.---..))))).))))...((((((.....)))))).....(((...)))))))).))....----..--- ( -48.30)
>DroPer_CAF1 356 110 + 1
GCUGCUGCGGCCGCAGACG---AGGCCGCCGACAUGCCUGGGACAACAGU---ACCGGGUACACCCCAUGCCACAUUCGGUGGCACCAUGCGAUACCCGGCAGCUGGAAAG----AUCAU
((((((((((((.......---.))))))((.(((((((((.((....))---.))))).........((((((.....)))))).))))))......)))))).......----..... ( -45.30)
>consensus
GCUGCUGCGGCCGCGGAGGC__CGGCCGCCGACACGCCUGGCACCACAGU___ACCGGGCACACCCCAUGCCACAUUCGGCGGCACCAUGCGAUACCCGGCAGCUGAAAAG____AACAU
(((((((((((.((..........)).))))...(((.(((..((...........(((....)))...(((......)))))..))).))).....)))))))................ (-22.30 = -24.38 +   2.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	19,869,749 – 19,869,862
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.17
Mean single sequence MFE	-51.18
Consensus MFE	-28.37
Energy contribution	-27.73
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.64
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.698782
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19869749 113 - 27905053
AUACA----AUUUUCAGCGGCUGGAUACCGCAUGGUGCCGCCGAAUGUAGCAUGGGGCGUGCCCGGA---ACUGUGGUGCCCGGUGUGACGGCUGCCGCAGCAUCCGCGGCCGCUGCAGC
.((((----...(((.(((((.....(((....)))))))).)))))))((.((.((((.(((((((---.(((((((..(((......)))..)))))))..)))).))))))).)))) ( -53.00)
>DroVir_CAF1 737 112 - 1
-UGUC----CUUUGCAGCUGCCGGGUACCGUGUGAUGCCGCCAAAUAUGGCAUGGGGAGUGCCAGGCGCCACUGUGGUGCCAGGCGUGUCUGCCGC---UGCCAGCGCGGCUGCUGCCGC
-....----....(((((((((.((((.((.(((((((.(((.....((((((.....))))))((((((.....)))))).)))))))).)))).---)))).).))))))))...... ( -54.60)
>DroPse_CAF1 356 110 - 1
AUGAU----CUUUCCAGCUGCCGGGUAUCGCAUGGUGCCACCGAAUGUGGCAUGGGGUGUACCCGGU---ACUGUUGUCCCAGGCAUGUCGGCGGCCU---CGUCUGCGGCCGCAGCAGC
.....----.....(((.(((((((((.(((.(.(((((((.....))))))).).)))))))))))---)))).........((.(((..((((((.---.......)))))).))))) ( -49.60)
>DroWil_CAF1 642 117 - 1
AUGUUUUUUUUAUUUAGCUGCUGGAUAUCGCAUGGUGCCGCCGAAUGUGGCAUGGGGAGUGCCCGGU---ACAGUAGUGCCAGGUGUGACUGCCGCUGCUGCCACAGCGGCUGCAGCAGC
................(((((((....((((((.(((((((.....)))))))(((.....)))(((---((....)))))..))))))..(((((((......)))))))..))))))) ( -52.50)
>DroAna_CAF1 432 107 - 1
---UU----AUUUGCAGCUGCCGGAUACCGUAUGGUGCCACCAAAUGUGGCAUGGGGCGUGCCAGGU---ACUGUGGUGCCGGGCGUAACGGC---CGCAGCCACCGCCGCCGCAGCAGC
---..----....((.((((((((...)))....(((((((.....)))))))((((((.(((.(((---((....))))).))).....(((---....)))..)))).))))))).)) ( -47.80)
>DroPer_CAF1 356 110 - 1
AUGAU----CUUUCCAGCUGCCGGGUAUCGCAUGGUGCCACCGAAUGUGGCAUGGGGUGUACCCGGU---ACUGUUGUCCCAGGCAUGUCGGCGGCCU---CGUCUGCGGCCGCAGCAGC
.....----.....(((.(((((((((.(((.(.(((((((.....))))))).).)))))))))))---)))).........((.(((..((((((.---.......)))))).))))) ( -49.60)
>consensus
AUGUU____CUUUCCAGCUGCCGGAUACCGCAUGGUGCCACCGAAUGUGGCAUGGGGAGUGCCCGGU___ACUGUGGUGCCAGGCGUGACGGCCGCCG__GCCACCGCGGCCGCAGCAGC
................(((((.((...((((.(.(((((((.....))))))).)(..(((((.((....((....)).)).)))))..)................)))))))))))... (-28.37 = -27.73 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

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