Locus 7442

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,825,497 – 19,825,617
Length 120
Max. P 0.661456
window12033

overview

Window 3

Location 19,825,497 – 19,825,617
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.78
Mean single sequence MFE -54.37
Consensus MFE -34.77
Energy contribution -35.47
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661456
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19825497 120 + 27905053
GCAACACCUGCCGCAUCCGCGAGGUUGGUUGUCAGCGCGGUGGCAUUCACUGUGGUCACCGCACUGACCGCUGCCGCUGUGGCUGCCGCCCGUUCGCACAGCUGCGUCCAGUUGUCCGAA
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>DroVir_CAF1 6876 120 + 1
GCCACAGCAGCCGCAUCGGCCAGAUUGGCCGUCAGCGCCGUGGCAUUGACUGUGGUCACGGCGCUGACUGCCGCCGCGGUGGCUGCCGCACGUUCGCACAGCUGCGACCAGUUCUCGGAG
(((((.((.((.(((..((((.....))))((((((((((((((..........))))))))))))))))).)).)).)))))..(((.((..(((((....)))))...))...))).. ( -64.30)
>DroGri_CAF1 6864 120 + 1
GACACAGAUGCCGAAUCGGCCAGAUUGGCCGUUAGAGCUGUGGCAUUCACAGUGGUCACAGCGCUAACUGCUGCCGCUGUGGCUGCCGAGCGUUCGCAUAGCUGCGACCAGUUCUCUGAG
....((((........(((((.....)))))...(((((((((((..(((((((((..(((......)))..)))))))))..))))).....(((((....))))).)))))))))).. ( -52.80)
>DroWil_CAF1 8839 120 + 1
GCCACACCCACCGCAUCGGCUAGAUUGGCGGUUAGAACGGUGGCAUUCACCGUGGUCACAGCGCUGACUGCCGCCGCAGUGGCAGCUGCCCUCUCGCACAGUUGCGUCCAAUUGUCGGAU
(((((....((((((((.....)))..))))).....((((((((.(((.(((.......))).))).))))))))..)))))........((.((.(((((((....))))))))))). ( -46.30)
>DroMoj_CAF1 9522 120 + 1
GCCACGGAGCCCGCAUCAGCCAGAUUGGCCGUCAGCGCUGUGGCAUUGACUGUGGUCACCGCACUGACUGCGGCCGCUGUGGCUGCCGCACGCUCGCACAGCUGCGCCCAGUUCUCGGAA
....((((((..((..((((((.(.((((((.(((((.(((((...((((....))))))))).)).))))))))).).))))))..(((.(((.....))))))))...)))).))... ( -51.10)
>DroAna_CAF1 3807 120 + 1
UUCACCCCGGCCGCAUCCGCCAGAUUGGCUGUCAAGGCGGUAGCAUUCACGGUGGUGACGGCACUGACUGCCGCCGCCGUGGCAGCCGCUCGUUCGCACAACUGGGUCCAGUUGUCGGAG
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>consensus
GCCACACCGGCCGCAUCGGCCAGAUUGGCCGUCAGCGCGGUGGCAUUCACUGUGGUCACAGCACUGACUGCCGCCGCUGUGGCUGCCGCACGUUCGCACAGCUGCGUCCAGUUCUCGGAG
.........((((.(((.....))))))).((.((((.(((((((.((((((((((...((((.....)))))))))))))).))))))))))).))..(((((....)))))....... (-34.77 = -35.47 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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