Locus 7434

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	19,799,887 – 19,800,094
Length	207
Max. P	0.948133

overview

Window 6

Location	19,799,887 – 19,799,981
Length	94
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.25
Mean single sequence MFE	-48.70
Consensus MFE	-36.29
Energy contribution	-37.80
Covariance contribution	1.51
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-3.61
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.38
SVM RNA-class probability	0.948133
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19799887 94 + 27905053
AGC--UGCCCGAUACCGGGCGCCGGAUCGGGUUC-ACUGACGAGCCUGGGCCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUUGAGCAAUCGA
.((--((((((((.((((...)))))))))))..-.....(((((((..(((((..((((((.....)))))).)))))..))))))))))...... ( -52.30)
>DroGri_CAF1 35154 91 + 1
GGUGCCG---AAUCCG---CGGCUGGUGACGUUGCUGCGUCCGGUAUGUGUCUCAAGGAGCUGCUCGAGCUUCACCGGCAGCGACUUGAGCAAUCGA
.((((((---....((---((((((....))..))))))..)))))).((.((((((..(((((.((........)))))))..))))))))..... ( -41.10)
>DroSec_CAF1 30280 94 + 1
AGC--UGCCCGAUUCCGGGCGCCGGAUCGGGUUC-GCUGACGAGCCUGGGCCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUUGAGCAAUCGA
(((--.(((((((.((((...)))))))))))..-)))..(((((((..(((((..((((((.....)))))).)))))..)))))))......... ( -52.30)
>DroSim_CAF1 30333 94 + 1
AGC--UGCCCGAUUCCGGGCGCCGGAUCGGGUUC-GCUGACGAGCCUGGGCCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUUGAGCAAUCGA
(((--.(((((((.((((...)))))))))))..-)))..(((((((..(((((..((((((.....)))))).)))))..)))))))......... ( -52.30)
>DroEre_CAF1 30850 94 + 1
AGC--UGCCCGCUUCCGGGCGCCGAAUCCGCUUC-GCUGGCGGGCCUGAACCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUCGAGCAAUCGA
...--.(((((....)))))(((((..(((((..-...)))))((((...((((..((((((.....)))))).))))...))))))).))...... ( -44.50)
>DroYak_CAF1 30858 94 + 1
AGC--UGCCCCAUUCCGGGCGCCGGAUCGGGUUC-GCUAGCGGGCCUGGGCCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUCGAGCAAUCGA
.((--((((((..(((((...)))))..)))...-)).)))((((((..(((((..((((((.....)))))).)))))..))))))((....)).. ( -49.70)
>consensus
AGC__UGCCCGAUUCCGGGCGCCGGAUCGGGUUC_GCUGACGAGCCUGGGCCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUUGAGCAAUCGA
(((...(((((((.(((.....))))))))))...)))..(((((((..(((((..((((((.....)))))).)))))..)))))))......... (-36.29 = -37.80 +   1.51)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	19,799,887 – 19,799,981
Length	94
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.25
Mean single sequence MFE	-43.35
Consensus MFE	-27.90
Energy contribution	-28.98
Covariance contribution	1.09
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.56
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.806106
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19799887 94 - 27905053
UCGAUUGCUCAAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGCCCAGGCUCGUCAGU-GAACCCGAUCCGGCGCCCGGUAUCGGGCA--GCU
((.((((..(.(((((..(((((.((((((.....))))))..)))))..))))).).))))-)).((((((((((...)))).))))))..--... ( -44.30)
>DroGri_CAF1 35154 91 - 1
UCGAUUGCUCAAGUCGCUGCCGGUGAAGCUCGAGCAGCUCCUUGAGACACAUACCGGACGCAGCAACGUCACCAGCCG---CGGAUU---CGGCACC
.....((((((((..((((((((......))).)))))..)))))).)).......((((......))))....((((---......---))))... ( -31.10)
>DroSec_CAF1 30280 94 - 1
UCGAUUGCUCAAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGCCCAGGCUCGUCAGC-GAACCCGAUCCGGCGCCCGGAAUCGGGCA--GCU
....((((((.(((((..(((((.((((((.....))))))..)))))..))))).)..)))-)).((((((((((...)))).))))))..--... ( -46.00)
>DroSim_CAF1 30333 94 - 1
UCGAUUGCUCAAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGCCCAGGCUCGUCAGC-GAACCCGAUCCGGCGCCCGGAAUCGGGCA--GCU
....((((((.(((((..(((((.((((((.....))))))..)))))..))))).)..)))-)).((((((((((...)))).))))))..--... ( -46.00)
>DroEre_CAF1 30850 94 - 1
UCGAUUGCUCGAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGUUCAGGCCCGCCAGC-GAAGCGGAUUCGGCGCCCGGAAGCGGGCA--GCU
......((.(((((((..(((((.((((((.....))))))..)))))..))))((((....-...))))..)))))(((((....))))).--... ( -47.10)
>DroYak_CAF1 30858 94 - 1
UCGAUUGCUCGAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGCCCAGGCCCGCUAGC-GAACCCGAUCCGGCGCCCGGAAUGGGGCA--GCU
....(((((((.((((..(((((.((((((.....))))))..)))))..)))).))..)))-)).((((.(((((...))))).))))...--... ( -45.60)
>consensus
UCGAUUGCUCAAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGCCCAGGCCCGUCAGC_GAACCCGAUCCGGCGCCCGGAAUCGGGCA__GCU
..(..(((((..((((..(((((.((((((.....))))))..)))))..)))).................((((.....))))...)))))...). (-27.90 = -28.98 +   1.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	19,799,918 – 19,800,021
Length	103
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.34
Mean single sequence MFE	-35.35
Consensus MFE	-14.27
Energy contribution	-15.80
Covariance contribution	1.53
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.733441
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19799918 103 + 27905053
C------------ACUGACGAG--CCUGGGCCUGAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAAAGGCUUGAGCAAUCGAAACAACAUUUUCUCCUUUCCACGCCGCCCACGCCCACCUC
.------------.....((((--(((..(((((..((((((.....)))))).)))))..))))))).......((((......))))............................ ( -32.70)
>DroVir_CAF1 33751 104 + 1
G-----------GUGCGUCCGG--UUUGUGUCUCAAGGAGCUCUUGGAGCUCCAUAGACAGCGACUCGAGCUAUCGAAACAACAUUUUUUACUUUCAACGCCGCCCACGCCCACCUC
(-----------(.((((.(((--(((((((((...(((((((...)))))))..))))).))).((((....))))......................))))...))))))..... ( -32.80)
>DroGri_CAF1 35181 104 + 1
G-----------CUGCGUCCGG--UAUGUGUCUCAAGGAGCUGCUCGAGCUUCACCGGCAGCGACUUGAGCAAUCGAAACAACAUUUUUUACUUUCAACGCCGCCCACACCCAACUC
(-----------(.((((..((--((.((((((((((..(((((.((........)))))))..))))))...........))))....))))....)))).))............. ( -30.00)
>DroWil_CAF1 34014 115 + 1
CAAGUGCAGCUGCGGCGGCGGA--UGUUUGCCUGCGGGAGCUGCUCGAGCUUCACAGGCAACGUCUAGAGCAAUCGAAACAACAUUUUCUACUUUCAACGCCGCCCACGCCCACUUC
.(((((..((((.(((((((((--((((.(((((..((((((.....)))))).)))))))))))..((....))((((......)))).........))))))))).)).))))). ( -47.70)
>DroMoj_CAF1 36831 104 + 1
G-----------GUGCAUCGGG--UUUGUGUCUCAAGGAGCUCCUCGAGCUCCACAGACAGCGUCUUGAGCAAUCGAAACAACAUUUUUUACUUUCAACGCCGCCCACGCCCACAUC
(-----------(.((...(((--(...(((((...(((((((...)))))))..)))))((((...((....))((((.............)))).)))).))))..))))..... ( -31.32)
>DroAna_CAF1 32231 101 + 1
----------------GGUGGGGCGCUGGACCUGAAGGAGCUACUCGAGCUCCACAGGCAGCGACGCGAGCAAUCGAAACAACAUUUUCUCCUUUCCACGCCACCCACGCCCACAUC
----------------(((((((((.(((.((((..((((((.....)))))).))))..(((....((....))((((......)))).........)))...)))))))).)))) ( -37.60)
>consensus
G____________UGCGUCGGG__UCUGUGCCUCAAGGAGCUGCUCGAGCUCCACAGGCAGCGACUUGAGCAAUCGAAACAACAUUUUCUACUUUCAACGCCGCCCACGCCCACCUC
..............(((.((.......((((((...((((((.....))))))..))))......((((....)))).............))......)).)))............. (-14.27 = -15.80 +   1.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	19,799,918 – 19,800,021
Length	103
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.34
Mean single sequence MFE	-41.66
Consensus MFE	-21.60
Energy contribution	-22.02
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.02
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.58
SVM RNA-class probability	0.790284
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19799918 103 - 27905053
GAGGUGGGCGUGGGCGGCGUGGAAAGGAGAAAAUGUUGUUUCGAUUGCUCAAGCCUUUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGGCCCAGG--CUCGUCAGU------------G
..(..((((.((((((((.(((..((..((((......))))..))..))).))).....(((.((((((.....))))))..)))))))).)--)))..)...------------. ( -42.90)
>DroVir_CAF1 33751 104 - 1
GAGGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUUUCGAUAGCUCGAGUCGCUGUCUAUGGAGCUCCAAGAGCUCCUUGAGACACAAA--CCGGACGCAC-----------C
..((((.(..((((((((.((((...........(((((....))))))))))))))(((((..(((((((...)))))))...)))))....--)))..).)))-----------) ( -37.20)
>DroGri_CAF1 35181 104 - 1
GAGUUGGGUGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUUUCGAUUGCUCAAGUCGCUGCCGGUGAAGCUCGAGCAGCUCCUUGAGACACAUA--CCGGACGCAG-----------C
..(((.(((((((((((((((..........))))))))).....((((((((..((((((((......))).)))))..)))))).))))))--)).)))....-----------. ( -40.20)
>DroWil_CAF1 34014 115 - 1
GAAGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAGAAAAUGUUGUUUCGAUUGCUCUAGACGUUGCCUGUGAAGCUCGAGCAGCUCCCGCAGGCAAACA--UCCGCCGCCGCAGCUGCACUUG
.((((((((.(((((((((((...((((((((......))))...))))...))).(((((((((.((((.....))))..)))))))))...--...)))))).))))).))))). ( -46.30)
>DroMoj_CAF1 36831 104 - 1
GAUGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUUUCGAUUGCUCAAGACGCUGUCUGUGGAGCUCGAGGAGCUCCUUGAGACACAAA--CCCGAUGCAC-----------C
(...((((...((((((((((...(((((...............)))))...))))))))))(((...(((((((....))))))).)))...--))))...)..-----------. ( -36.96)
>DroAna_CAF1 32231 101 - 1
GAUGUGGGCGUGGGUGGCGUGGAAAGGAGAAAAUGUUGUUUCGAUUGCUCGCGUCGCUGCCUGUGGAGCUCGAGUAGCUCCUUCAGGUCCAGCGCCCCACC----------------
..((.(((((((((((((((((..((..((((......))))..))..))))))))).(((((.((((((.....))))))..)))))))).)))))))..---------------- ( -46.40)
>consensus
GAGGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUUUCGAUUGCUCAAGUCGCUGCCUGUGGAGCUCGAGCAGCUCCUUCAGACACAAA__CCCGACGCA____________C
....((((((.((((((((((..........))))))))))....)))))).......((((..((((((.....))))))...))))............................. (-21.60 = -22.02 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,799,981 – 19,800,094
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.23
Mean single sequence MFE	-39.93
Consensus MFE	-22.82
Energy contribution	-23.85
Covariance contribution	1.03
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.584397
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19799981 113 - 27905053
--CGCCU-----CGUUGCUCGUCUCGCCGACUGUCAGCGAGGAGGGCGUCGGAGAGUGGCACAGUGAGAUGGAGCCACAGGAGGUGGGCGUGGGCGGCGUGGAAAGGAGAAAAUGUUGUU
--(((((-----((.(((((..(((((.(.....).)))))..))))).).....(((((.((......))..)))))..))))))......((((((((............)))))))) ( -41.80)
>DroVir_CAF1 33815 110 - 1
--CUGGU-----AGUUGCUUGACUCGCCCACUGUUAGCGA---GGGCGUGGGUGAGACACAGAGUGACAUGGAGCCACAGGAGGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUU
--...((-----.((..(((..(((((((((.(((.....---.)))))))))))).....)))..))......((((.....))))))...(((((((((..........))))))))) ( -35.20)
>DroPse_CAF1 33412 110 - 1
--CAGCU-----CGGUGCUCGUCUCUCCCACUGUCAGCGA---GGGUGUGGGCGAGUGGCAGAGCGAGAUGGAGCCGCAGGAUGUGGGCGUGGGCGGUGAUGAAAGGAGAAAAUGUUGUU
--(((((-----(.((.((((.((((.((((((((.(((.---...))).))).))))).)))))))))).))(((((...(((....)))..)))))................)))).. ( -37.30)
>DroGri_CAF1 35245 98 - 1
--CUCGU-----UGUUGCUCGUCUCGCCCACUGUCAGCGA---CGGCGUGGGUGAGACACAGAGC------G------AGGAGUUGGGUGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUU
--(((((-----(.(((((((((((((((((.(((.....---.))))))))))))))...))))------)------).))..))))....(((((((((..........))))))))) ( -39.40)
>DroWil_CAF1 34089 110 - 1
--CAGCU-----CAUUGGUCGUCUCGCCCACUGUCAAUGA---GGGAGUGGGUGAUACGCACAGUGAGAUGGAACCACAGGAAGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAGAAAAUGUUGUU
--((.((-----(((((..(((.(((((((((.((.....---)).))))))))).)))..))))))).))...((((.....)))).....(((((((((..........))))))))) ( -43.90)
>DroMoj_CAF1 36895 111 - 1
CGCCGGUUAGCGAGUUGCUUGUGUCGCCCACUGUCAGCGA---UGGCGUGGGUGAGACACAGAG------GGAGCCACAGGAUGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUU
(((((.(((((...((.((((((((((((((.((((....---))))))))))..)))))).))------.)).((((.....)))))).))).)))))..................... ( -42.00)
>consensus
__CAGCU_____CGUUGCUCGUCUCGCCCACUGUCAGCGA___GGGCGUGGGUGAGACACAGAGUGAGAUGGAGCCACAGGAGGUGGGCGUGGGCGGCGUUGAAAGUAAAAAAUGUUGUU
.............(((((((..(((((((((.(((.........))))))))))))..................((((.....))))....)))))))...................... (-22.82 = -23.85 +   1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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