| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,798,160 – 19,798,262 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.582250 |
| Location | 19,798,160 – 19,798,262 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 107 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 84.71 |
| Mean single sequence MFE | -30.20 |
| Consensus MFE | -23.11 |
| Energy contribution | -23.25 |
| Covariance contribution | 0.14 |
| Combinations/Pair | 1.17 |
| Mean z-score | -1.89 |
| Structure conservation index | 0.77 |
| SVM decision value | 0.10 |
| SVM RNA-class probability | 0.582250 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 19798160 102 - 27905053 GC-C--GGCUACGUACCUUUAUAAUACAUGGAGCGAUGCCGGAACAGGGCGUUACCACGCUGCUGACACAUCGUUCGUGAAUGAUAAAGUUGCAAACUGAA--AGUG .(-(--(((..(((.((............)).)))..)))))..((((((((....)))))((.(((..((((((....))))))...)))))...)))..--.... ( -28.90) >DroVir_CAF1 31833 103 - 1 GAUAG--UGUACCCACCUUUAUAAUGCAUGGCGCAAUACCGGAACAGGGCGUUACCACGCUGCUGACACAUCGCUCGUGUAUGAUAAAGUUGCAAACUGCA--AGAG ....(--((....)))((((((.((((((((((((...((......))((((....))))))).((....)))).))))))).))))))((((.....)))--)... ( -26.10) >DroPse_CAF1 31575 100 - 1 UA-U----GUACGUACCUUUAUAAUGCAUGGAGCGAUGCCGGAACAGGGUGUUACCACAUUCGUGACACAUCGUUCGUGUAUGAUAAAGUUGCAAACUGCA--AGCA ..-(----(((.(((.((((((.(((((((.((((((.((......))(((((((.......)))))))))))))))))))).)))))).)))....))))--.... ( -31.50) >DroWil_CAF1 31706 102 - 1 AU-G--UACUACUUACCUUUAUAAUACAUGGAGCGAUGCCGGAACAGGGCGUUACCACACUGGAGACACAUCGUUCGUGUAUGAUAAAGUUGCAAACUGCA--AAAA ..-.--..........((((((.(((((((.(((((((((......))..(((.((.....)).))).)))))))))))))).))))))((((.....)))--)... ( -29.60) >DroMoj_CAF1 34904 105 - 1 GAUAG--UGUACGCACCUUUAUAAUGCAUGGCGCAAUGCCGGAACAGGGCGUUACAACGCUGGUGACACAUCGUUCGUGUAUAAUAAAGUUGCAAACUGCAAAAGAG (.(((--(....(((.((((((.(((((((((.....))).((((..(((((....)))))(....).....)))))))))).)))))).)))..)))))....... ( -31.50) >DroPer_CAF1 31960 104 - 1 UA-UGUAUGUACGUACCUUUAUAAUGCAUGGAGCGAUGCCGGAACAGGGUGUUACCACAUUCGUGACACAUCGUUCGUGUAUGAUAAAGUUGCAAACUGCA--AGCA ..-((((.((..(((.((((((.(((((((.((((((.((......))(((((((.......)))))))))))))))))))).)))))).)))..))))))--.... ( -33.60) >consensus GA_A___UGUACGUACCUUUAUAAUGCAUGGAGCGAUGCCGGAACAGGGCGUUACCACACUGGUGACACAUCGUUCGUGUAUGAUAAAGUUGCAAACUGCA__AGAA ............(((.((((((.((((((((.((((((((......))((((....))))........)))))))))))))).)))))).))).............. (-23.11 = -23.25 + 0.14)
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