Locus 7422

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,752,305 – 19,752,413
Length 108
Max. P 0.500000
window11999

overview

Window 9

Location 19,752,305 – 19,752,413
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.16
Mean single sequence MFE -42.08
Consensus MFE -27.82
Energy contribution -30.10
Covariance contribution 2.28
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19752305 108 + 27905053
UGCCAUCAUGAGCAGGGCCAGAUCCUGCUCUAGCUGCCGCUUUGGUCAAAGGUCGGCUGCUUUUGUAGGCAGUGAGCUGGCAACGGCAACGGUGGCUGCCUCUCCCAG
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>DroSec_CAF1 19563 108 + 1
CGCCAUCAUGAGCAGGGCCAGAUCCUGCUCUAGCUGCCGCUUUGGUCAAAGCUCGGCUGCUUUUGUAGGCUGUGUGCUGGCAACGUCAACGGUGGCUGCCUCUCCCAG
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>DroSim_CAF1 22946 108 + 1
CGCCAUCAUGAGCAGGGCCAGAUCCUGCUCUAGCUGCCGCUUUGGUCAAAGCUCGGCUGCUUUUGUAGGCAGUGUGCUGGCAACGGCAACGGUGGCUGCCUCUCCCAG
.((((((..((((((((.....))))))))..(((((((((((....))))).....(((....))))))))).(((((....)))))..))))))............ ( -47.50)
>DroEre_CAF1 32644 108 + 1
UGCCAUCAUGAGCAGGGCCAGAUCCUGCUCCAGCUGCCGAUUGGGUCAAAGCUCUGCUGUUUUCGUGGGCAGUGAACUGGCGGCGGCAACGGUGGCAGCCUCUCCCAA
(((((((..((((((((.....))))))))..(((((((.(..(.(((..((.(..(.......)..)))..))).)..))))))))...)))))))........... ( -49.20)
>DroYak_CAF1 33106 108 + 1
UGCCAUCAUGAGCAGGGCCAGAUCCUGCUCCAGCUGCCGAUUGGGUCAAAGCUCAGCUGUUUUCGUAGGCACUGAGCUGGCGACGGCAACGGUGGCAGCCUCUCCCAA
(((((((..((((((((.....))))))))..(.(((((.(((......(((((((.(((((....))))))))))))..)))))))).))))))))........... ( -46.40)
>DroAna_CAF1 31974 96 + 1
AGCAAACAUAAGCAGAGCCACGUCCUGCUCUAG---UCGCUUGGGUCAUUGGUC---UACUUUUAAUGGCAAUGAA------GAUGCAACGUUGGCCGCCUCGCCGAG
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>consensus
UGCCAUCAUGAGCAGGGCCAGAUCCUGCUCUAGCUGCCGCUUGGGUCAAAGCUCGGCUGCUUUUGUAGGCAGUGAGCUGGCAACGGCAACGGUGGCUGCCUCUCCCAG
.((((((..((((((((.....))))))))..(.(((((.....((((.......(((((((....)))))))....))))..))))).)))))))............ (-27.82 = -30.10 +   2.28)

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