Locus 7416

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	19,737,807 – 19,737,965
Length	158
Max. P	0.999519

overview

Window 8

Location	19,737,807 – 19,737,926
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.24
Mean single sequence MFE	-27.54
Consensus MFE	-23.16
Energy contribution	-24.08
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.76
SVM RNA-class probability	0.975805
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19737807 119 - 27905053
UUU-UCCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAGAAUGCUAUUUAUAAAUCUCGUUCCACCUCAGUCGAGAAUU
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>DroSec_CAF1 5038 119 - 1
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>DroSim_CAF1 7274 119 - 1
UUU-UUCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAGAAUGCUAUUUAUAAAUCUCGUUCCACCUCAGCCGAGAAUG
...-...(((((..((((((..((((((((((((((((..(((((.....)))))..)))))).))))))))))..))))...)).....)))))(((((............)))))... ( -28.30)
>DroEre_CAF1 17962 120 - 1
UUUUUUCUUUGUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUCCCAAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAGAACGCUAUUUAUAAAUCUGGUUCCACCUCAGACGAGAAUG
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>DroYak_CAF1 17887 120 - 1
UUUUUUCUUAAUAUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAGGGGUACCAAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAAAAUGCUAUUUAUAAAUCUGGUUCCACCUCAGACGAGAAUG
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>consensus
UUU_UUCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAGAAUGCUAUUUAUAAAUCUCGUUCCACCUCAGACGAGAAUG
..............((((((..(((((((((((((((((.(((((.....))))).))))))).))))))))))..))))...))..........(((((............)))))... (-23.16 = -24.08 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	19,737,847 – 19,737,965
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.39
Mean single sequence MFE	-24.77
Consensus MFE	-20.22
Energy contribution	-21.22
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	2.45
SVM RNA-class probability	0.994135
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19737847 118 + 27905053
CUGCGCACCUAUAAUUUAUGGGUCACUAAAAGCUUUUUAGGAACCCAUAAUCAUAAAUUUACAAGCAAAUAAAGGA-AAAGCUUUUAAAACGAAUGACAUUCUAUAGUUGGC-CUACAAU
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>DroSec_CAF1 5078 119 + 1
CUGCGCACCUAUAAUUUAUGGGUCACUAAAAGCUUUUUAGGAACCCAUAAUCAUAAAUUUACAAGCAAAUAAAGAA-AAAGCUUUUAAAACGAAUGACAUUCUAUAGUUGGCCCUACAAU
..((.((.(((((..((((((((..(((((.....)))))..))))))))((((...((((.((((..........-...)))).))))....)))).....))))).))))........ ( -25.32)
>DroSim_CAF1 7314 119 + 1
CUGCGCACCUAUAAUUUAUGGGUCACUAAAAGCUUUUUAGGAACCCAUAAUCAUAAAUUUACAAGCAAAUAAAGAA-AAAGCUUUUAAAACGAAUGACAUUCUAUAGUUGGCCCUACAAU
..((.((.(((((..((((((((..(((((.....)))))..))))))))((((...((((.((((..........-...)))).))))....)))).....))))).))))........ ( -25.32)
>DroEre_CAF1 18002 119 + 1
CUGCGCACCUAUAAUUUAUGGGUCACUAAAAGCUUUUUUGGGACCCAUAAUCAUAAAUUUACAAGCAAACAAAGAAAAAAGCUUUUAAAACGAAUGACAUUCCAUAGUUGGC-CUAUAAU
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>DroYak_CAF1 17927 119 + 1
UUGCGCACCUAUAAUUUAUGGGUCACUAAAAGCUUUUUUGGUACCCCUAAUCAUAAAUUUACAAGCAUAUUAAGAAAAAAGCUUUUAAAACGAAUGACAUUCUAUAGUGGGC-CUCUAAU
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>consensus
CUGCGCACCUAUAAUUUAUGGGUCACUAAAAGCUUUUUAGGAACCCAUAAUCAUAAAUUUACAAGCAAAUAAAGAA_AAAGCUUUUAAAACGAAUGACAUUCUAUAGUUGGC_CUACAAU
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,737,847 – 19,737,965
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.39
Mean single sequence MFE	-28.76
Consensus MFE	-26.60
Energy contribution	-27.32
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	3.68
SVM RNA-class probability	0.999519
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19737847 118 - 27905053
AUUGUAG-GCCAACUAUAGAAUGUCAUUCGUUUUAAAAGCUUU-UCCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAG
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>DroSec_CAF1 5078 119 - 1
AUUGUAGGGCCAACUAUAGAAUGUCAUUCGUUUUAAAAGCUUU-UUCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAG
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>DroSim_CAF1 7314 119 - 1
AUUGUAGGGCCAACUAUAGAAUGUCAUUCGUUUUAAAAGCUUU-UUCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAG
......(.((...((((((....((((..((((...((((...-..........))))..))))..))))((((((((..(((((.....)))))..)))))))).))))))..)).).. ( -30.72)
>DroEre_CAF1 18002 119 - 1
AUUAUAG-GCCAACUAUGGAAUGUCAUUCGUUUUAAAAGCUUUUUUCUUUGUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUCCCAAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAG
.((((((-((.(((..(((((((.....)))))))((((.......))))))).))))))))((((((((((((((((((.((((....)))).).))))))).))))))))))...... ( -29.50)
>DroYak_CAF1 17927 119 - 1
AUUAGAG-GCCCACUAUAGAAUGUCAUUCGUUUUAAAAGCUUUUUUCUUAAUAUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAGGGGUACCAAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAA
.......-((.((((((((...(((((..((((...((((..............))))..))))..)))))..(((.(((.((((....)))).))).))).....))))).))).)).. ( -22.34)
>consensus
AUUGUAG_GCCAACUAUAGAAUGUCAUUCGUUUUAAAAGCUUU_UUCUUUAUUUGCUUGUAAAUUUAUGAUUAUGGGUUCCUAAAAAGCUUUUAGUGACCCAUAAAUUAUAGGUGCGCAG
........((((.((((((....((((..((((...((((..............))))..))))..))))(((((((((.(((((.....))))).))))))))).)))))).)).)).. (-26.60 = -27.32 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

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