Locus 7394

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,636,428 – 19,636,547
Length 119
Max. P 0.873224
window11950

overview

Window 0

Location 19,636,428 – 19,636,547
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.34
Mean single sequence MFE -44.69
Consensus MFE -26.47
Energy contribution -28.62
Covariance contribution 2.15
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.873224
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19636428 119 + 27905053
UGUCAUUGAUGGCCACGUUAGUGUUUAUGUAGUCGAUGGCCAUGUCGCAAGAUAUUGCUAACAGGUGUCUAAUCCGCUCUACAUGUUCCACCGGCGAACGUGGAGUUGUGGGCGCCUUA
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>DroSec_CAF1 20754 119 + 1
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...(((..(((....)))..)))...........(.((((((((((....)))))))))).)(((((((((....((((((((((((.....)))..)))))))))..))))))))).. ( -50.10)
>DroEre_CAF1 20677 119 + 1
UGUCAUUGAUGGCUACAUUGGUGUUUAUGUAGUCGAUGGCCAUGUCGCAAGACAUUGCUAACAGGUGUCUAAUCCGCUCUACGUGCUCCUCCGGCGAACGUGGAGUUGUGGGCGCCUUA
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>DroYak_CAF1 20889 119 + 1
UGUCAUUGAUGGCUACAUUGGUGUUUAUGUAGUCGAUGGCCAUGUCGCAGGACAUUGCUAACAGGUGUCUAAUCCGCUCUACGUGCUCCACCGGCGAACGUGGAGUUGUGGGCGCCUUA
.........(((((((((........))))))))).((((.(((((....))))).))))..(((((((((....((((((((((((.....)))..)))))))))..))))))))).. ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 23308 117 + 1
UCGCAUUUAUAUGCACAUUGGUAUUGAUAUAGUCAAUGGCGGUGUCACUAGACAGCCGCAGCAGGUAGCUUAUCCGCUCCACAUGCUCCGCCUGGGUGCGUGUAACCUUUUGCCGCU--
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>DroAna_CAF1 20330 119 + 1
UGGCGUUAAUGGCCACAUUUGUGUUGAUGUAGUCGAUGGCCAUGUCGCACGACAGACCCAAUAGGUAUCGAAUUCGCUCCACAUGUUCCACCGGCGAACGGAUGGCUGUGGGUCCCUUG
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>consensus
UGUCAUUGAUGGCCACAUUGGUGUUUAUGUAGUCGAUGGCCAUGUCGCAAGACAUUGCUAACAGGUGUCUAAUCCGCUCUACAUGCUCCACCGGCGAACGUGGAGUUGUGGGCGCCUUA
...((((((((....)))))))).............((((.(((((....))))).))))..(((((((((....(((((((.(((.......)))...)))))))..))))))))).. (-26.47 = -28.62 +   2.15)

alignment

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secondary structure

Postscript

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