Locus 7344

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,427,059 – 19,427,170
Length 111
Max. P 0.936095
window11875

overview

Window 5

Location 19,427,059 – 19,427,170
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.08
Mean single sequence MFE -41.60
Consensus MFE -39.78
Energy contribution -38.48
Covariance contribution -1.30
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 1.25
SVM RNA-class probability 0.936095
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19427059 111 - 27905053
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGGCAUU--CAGUCUUGCCCUUCGCAGAAGGGC-----G--UGUACGAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..((((..(((.((((((...--..)))))(((((((...)))))))-----)--.)).)..))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... ( -46.00)
>DroVir_CAF1 27019 109 - 1
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUU--AACAGUCUUACAUUUCAUAGAAGUGU-----U--GGU--GAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..((((((.....(((((.--....)))))(((((((...)))))))-----.--..)--).))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... ( -36.40)
>DroPse_CAF1 38373 116 - 1
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUAUCAACAGUCUUGCCCUUCCCAGAAGGGUCGUUUG--UAU--GAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..(((((((((.((((((.......))))))((((((...))))))..)))))--...--..))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... ( -43.10)
>DroGri_CAF1 14017 111 - 1
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUGAUAAAAGUCUUGCCUUUCGUAGAAAGGU-----C--GAU--GAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..((((((....((((((.......))))))((((((...)))))).-----.--..)--).))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... ( -39.50)
>DroWil_CAF1 21724 110 - 1
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUGAU--AAGUCUUGCCUUUCAUAGAAAGGU----GG--UAU--GAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..((((((.(((.(((((...--..)))))(((((((...)))))))----))--).)--).))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... ( -41.60)
>DroMoj_CAF1 28380 112 - 1
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUUG-AAAAGUCUUGCCUUUCAUAGAAAGGU-----UGUGAU--GAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..((((((.((.(((((((.-...)))))))((((((...)))))).-----.))..)--).))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... ( -43.00)
>consensus
UGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUAAUAAAAGUCUUGCCUUUCAUAGAAAGGU_____G__GAU__GAGCGUUCUGGUCCUCUCUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUC
..((((((.((.(((..(((((......(((((.......)))))(((((((...))))))).............).))))..))).)).)))....)))(((((.......)))))... (-39.78 = -38.48 +  -1.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:43:37 2006