Locus 7304

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,282,901 – 19,283,032
Length 131
Max. P 0.874922
window11810 window11811

overview

Window 0

Location 19,282,901 – 19,283,008
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.07
Mean single sequence MFE -33.19
Consensus MFE -18.67
Energy contribution -18.03
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.874922
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19282901 107 - 27905053
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAAAA-----------CUCAACUCAAAAGCCCGGCUGCGCCCACAA
...........((((..((((((((....)))))))))))).......((.((((--((((((((.((((((.......-----------.....)))))).))))))))).))).)).. ( -37.80)
>DroPse_CAF1 93998 106 - 1
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGAU-CGGGCUGAG-G-----------UUCUGUUCA-CUGCUGGGCUGCGCCCACAA
..((((.....((((..((((((((....))))))))))))....(((((((((((((........)-)))))))).-.-----------..))))...-.))))((((...)))).... ( -31.80)
>DroSec_CAF1 78795 107 - 1
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAAAA-----------CUCAACUCAGAAGCCCGGCUGCGCCCACAA
...........((((..((((((((....)))))))))))).......((.((((--((((((((.((((((.......-----------.....)))))).))))))))).))).)).. ( -37.90)
>DroYak_CAF1 83284 118 - 1
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGCUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUUAAAAACUCAGCUCAGCUCAACUCAAAAACCCGGCUGCGCCCACAA
..(((...((.((((..((((((((....)))))))))))).))...))).((((--(((((((...(((((((..............)))))))........)))))))).)))..... ( -32.34)
>DroAna_CAF1 80094 95 - 1
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACG----GUC--AGCCGGGC--------UAAAAAA----------CCCAGUUCA-GUGCUGGGCUGCGCCCACAA
.((((......))))..((((((((....)))))))).(((.......----...--.)))((((--------.......----------((((((...-..))))))....)))).... ( -25.20)
>DroPer_CAF1 94104 106 - 1
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGAU-CGGGCUGGG-G-----------UUCUGUUCA-GUGCUGGGCUGCGCCCACAA
..((((((...((((..((((((((....))))))))))))......(..((((((.((((((....-)))))).))-)-----------..)))..))-)))))((((...)))).... ( -34.10)
>consensus
CUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC__AGCCGGGCAU_UGAGCUAAAAA___________CUCAACUCA_AAGCCCGGCUGCGCCCACAA
...((......((((..((((((((....))))))))))))................(((((((.......................................)))))))))........ (-18.67 = -18.03 +  -0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 19,282,931 – 19,283,032
Length 101
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.12
Mean single sequence MFE -26.40
Consensus MFE -14.34
Energy contribution -14.37
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.79
SVM RNA-class probability 0.850270
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19282931 101 - 27905053
----------CAGCCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAAAA-
----------.(((((.((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....(((.....--.)))))))...)).))).....- ( -25.70)
>DroPse_CAF1 94027 101 - 1
----------CAGCCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGAU-CGGGCUGAG-G-
----------(((((..(((..(((((.(((......))).))))).....((((((((....)))))))).))).....(((((...(((....))))))-)))))))..-.- ( -30.90)
>DroYak_CAF1 83324 112 - 1
CAGUACCAACCAGCCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGCUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUUAAAAA
...........(((((.(((..(((((.(((......))).))))).....((((((((....)))))))).)))......((((((..--..))))))...)).)))...... ( -27.20)
>DroMoj_CAF1 95419 77 - 1
----------CGGCCACGCCCAUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUGAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGACAG---------------------------
----------..((((.....((((((.(((......))).))))))....((((((((....))))))))))))............--------------------------- ( -15.80)
>DroAna_CAF1 80123 90 - 1
----------CAGCCACGCCCAUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACG----GUC--AGCCGGGC--------UAAAAAA
----------.((((..(((.((((((.(((......))).))))))....((((((((....)))))))).))).....((----(..--..))))))--------)...... ( -24.90)
>DroPer_CAF1 94133 101 - 1
----------CAGCCCCGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGAU-CGGGCUGGG-G-
----------...((((((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....((((...(((....))))))-))))).)))-)- ( -33.90)
>consensus
__________CAGCCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUC__AGCCGGGCAU__G_GCUAAA_A_
............((((......(((((.(((......))).))))).....((((((((....))))))))))))....................................... (-14.34 = -14.37 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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