| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,245,207 – 19,245,317 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.587552 |
| Location | 19,245,207 – 19,245,317 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 86.38 |
| Mean single sequence MFE | -38.29 |
| Consensus MFE | -28.00 |
| Energy contribution | -28.75 |
| Covariance contribution | 0.75 |
| Combinations/Pair | 1.24 |
| Mean z-score | -2.75 |
| Structure conservation index | 0.73 |
| SVM decision value | 0.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.587552 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 19245207 110 - 27905053 AGAUCGGAUCGGCUUUAC--AUAUAUGGCAUGAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAAGAGCCGGGCCAUAACAAUAAAUUGUGCUUAGCCGUGUGGCAGAGCCAAAAGGCAGC ..........((((((..--.((((((((.((((((..........(((((((........)))))))............))))))))))))))..)))))).......... ( -40.25) >DroSec_CAF1 40793 110 - 1 AAAUCAGAUCGGCUUUAC--AUAUAUGGCCAAAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAAGAGCCGGGCCAUAACAAUAAAUUGUGCUUAGCCGUGUGGCAGAGCCAAAAGUCAGC ..........((((((..--.((((((((..(((((..........(((((((........)))))))............))))).))))))))..)))))).......... ( -37.65) >DroSim_CAF1 41104 110 - 1 AAAUCGGAUCGGCUUUGC--AUAUAUGGCUAGAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAAGAGCCGGGCCAUAACAAUAAAUUGUGCUUAGCCGUGUGGCAGAGCCAAAAGGCAGC ..........((((((((--.(((((((((.(((((..........(((((((........)))))))............)))))))))))))))))))))).......... ( -46.65) >DroEre_CAF1 41981 105 - 1 A-----GAUCGGCUUUAC--UUAUAUGGAUAGAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAACAGUCGGGCCACAACAAUAAAUUGUGCUUAGCGGUGUGGCAGAGCCAAAAGGCGGC .-----.....(((((((--(.....)).))))))..((((.....(((((((........))))))).........(((.((((.((......)).)))))))..)))).. ( -36.90) >DroYak_CAF1 42655 105 - 1 A-----GAUCGACUUUAC--AUAUAUGGCUAGAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAAGAGCCGGGCCAUAACAAUAAAUUGUGCUUAGCGGUGUGGCAGAGCCAAAAGGCAGC .-----............--.....(((((...((.((((((....(((((((........))))))).((((....)))).....).))))).))..)))))......... ( -31.70) >DroAna_CAF1 41989 107 - 1 A-----GAUCGGUGGUCCCUCUACAUGGACAGAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAAAAGCCGGGCCAUAACAAUAAAUUGUGCUAAGCUUAGUGGCGAAGUCAAAGCACCGA .-----..((((((((((........)))).((.(..((((.((..(((((((........))))))).((((....))))..........))))))..)))....)))))) ( -36.60) >consensus A_____GAUCGGCUUUAC__AUAUAUGGCUAGAGCAACGCCCACAGGUGGCCCUAAGAGCCGGGCCAUAACAAUAAAUUGUGCUUAGCCGUGUGGCAGAGCCAAAAGGCAGC ..........((((((.....((((((((...((((..........(((((((........)))))))............))))..))))))))..)))))).......... (-28.00 = -28.75 + 0.75)
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