Locus 7285

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,229,960 – 19,230,080
Length 120
Max. P 0.605866
window11784

overview

Window 4

Location 19,229,960 – 19,230,080
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.00
Mean single sequence MFE -32.25
Consensus MFE -19.39
Energy contribution -20.95
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.605866
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19229960 120 + 27905053
GGUAUUCAGUCCCAUGGCAUUUGGGAUCACUAUUGUUGCCAUGGUGUUGAUUUCAUUGACUUUAUCUAUGGCUCUGCGUCUUCACGGAUAUAGAGUCAGCUUUAGUGAGUACUUUCUUCA
(((((((((..((((((((..(((.....)))....))))))))..))))..(((((((.........((((((((..(((....)))..))))))))...))))))))))))....... ( -38.00)
>DroSec_CAF1 25747 120 + 1
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(((((((((..((((((((..(((.....)))....))))))))..))))..(((((((.........((((((((..(((....)))..))))))))...))))))))))))....... ( -38.00)
>DroSim_CAF1 26022 120 + 1
GGUAUUUAGUCCUAUGGCAUUUGGGGUCACAAUUGUUGCCAUGGUGUUGAUUUCAUUCACUUUAUCCAUGGCUCUGCGUCUUCACGGAUAUAGAGUCAGUUUUAGUGAGUACUUUCUUCA
((...((((..((((((((.(((......)))....))))))))..))))..))(((((((.......((((((((..(((....)))..)))))))).....))))))).......... ( -36.70)
>DroEre_CAF1 26717 120 + 1
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>DroYak_CAF1 27205 120 + 1
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>DroAna_CAF1 26791 120 + 1
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>consensus
GGUAUUCAGUCCUAUGGCAUUUGGGGUCACUAUUGUUGCCAUGGUGUUGAUUUCAUUGACUUUAUCCAUGGCUCUGCGUCUUCACGGAUAUAGAGUCAGCUUUAGUGAGUACUUUCUUCA
.(((((((...((((((((..(((.....)))....))))))))..........................((((((.((((....)))).)))))).........)))))))........ (-19.39 = -20.95 +   1.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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