Locus 7253

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,122,480 – 19,122,580
Length 100
Max. P 0.997696
window11735

overview

Window 5

Location 19,122,480 – 19,122,580
Length 100
Sequences 5
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.47
Mean single sequence MFE -35.84
Consensus MFE -31.86
Energy contribution -32.50
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 2.91
SVM RNA-class probability 0.997696
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19122480 100 + 27905053
AAGCCAUAGGUGAGGUGCAUUUUUCGCUUAUCAGGUUUUUGGGGGCAGCUGCUCUUAUCGGCGGGGGAAUCGCUUGUUGAUUCUCAACCCGCUGAUACAA
(((((((((((((((......))))))))))..)))))...(((((....)))))(((((((((((((((((.....)))))))...))))))))))... ( -39.20)
>DroSec_CAF1 5477 99 + 1
AAGCCAUAGGUGAGGUGGAUUUUUCGCUUAUCAGGCUUU-GGGGGCAGCUGCUCUUAUCGGCGGGGGAAUCGCUUGUUGAUUCUCAACCCACUGAUACAA
(((((((((((((((......))))))))))..))))).-.(((((....)))))((((((.((((((((((.....)))))))...))).))))))... ( -36.20)
>DroSim_CAF1 5813 98 + 1
AAGCCAUAGGUGAGGUGGAUUUUUCGCUUAUCAGGCUUU-GG-GGCAGCUGCUCUUAUCGGCGGGGGAAUCGCUUGUUGAUUCUCAACCCACUGAUACAU
(((((((((((((((......))))))))))..))))).-((-(((....)))))((((((.((((((((((.....)))))))...))).))))))... ( -36.00)
>DroEre_CAF1 5849 98 + 1
AAGCCAUAGCUGAGGUGGAUUUUUCGCUUAUCAGGCUUU-GGAGGCAGCUGCUCUUAUCGGCGG-GGAAUCGCUUGUUGAUUCUCAGCCCACUGAUACCC
...(((.((((.(((((((...)))))))....)))).)-)).(((.((((.......)))).(-(((((((.....)))))))).)))........... ( -30.00)
>DroYak_CAF1 5911 99 + 1
AAGCCAUAGGUGAGGUGGAUUUUUCGCUUAUCAGGCUUU-GGGGGCAGCUGCUCUUAUCGGCGGGGGAAUCGCUUGUUGAUUCUCAGCCCACUGAUAGCC
.....((((((((((......))))))))))..(((((.-.(((((..(((((......)))))((((((((.....)))))))).)))).)..).)))) ( -37.80)
>consensus
AAGCCAUAGGUGAGGUGGAUUUUUCGCUUAUCAGGCUUU_GGGGGCAGCUGCUCUUAUCGGCGGGGGAAUCGCUUGUUGAUUCUCAACCCACUGAUACAA
(((((((((((((((......))))))))))..)))))...(((((....)))))((((((.((((((((((.....)))))))...))).))))))... (-31.86 = -32.50 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:41:17 2006