Locus 7207

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,972,570 – 18,972,669
Length 99
Max. P 0.881882
window11662

overview

Window 2

Location 18,972,570 – 18,972,669
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.50
Mean single sequence MFE -37.20
Consensus MFE -29.56
Energy contribution -30.25
Covariance contribution 0.69
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.07
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.881882
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18972570 99 + 27905053
CUUAAGCUCUGCGGCUGCUGUUGCU---------------------GCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGCCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
........(..((((((((((((((---------------------((...((...))...)))))(((.(((((((..((.....))..)))))))))).)))))).....)))))..) ( -37.90)
>DroSec_CAF1 83651 99 + 1
CUUAAGCUCUCCGGCUGCUGUUGUU---------------------GCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGCCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
((((((((.(((((((((((..(.(---------------------((....))).)..))))))))((.(((((((..((.....))..))))))))))))..)))..)))))...... ( -35.10)
>DroSim_CAF1 85448 99 + 1
CUUAAGCUCUCCGGCUGCUGUUGUU---------------------GCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGCCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
((((((((.(((((((((((..(.(---------------------((....))).)..))))))))((.(((((((..((.....))..))))))))))))..)))..)))))...... ( -35.10)
>DroEre_CAF1 84224 99 + 1
CUUAAGCUCUGCGGCUGCUGUUGCU---------------------GCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGCCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
........(..((((((((((((((---------------------((...((...))...)))))(((.(((((((..((.....))..)))))))))).)))))).....)))))..) ( -37.90)
>DroYak_CAF1 86724 120 + 1
CUUAAGCUCUGCGGCUGCUGUUGCUCUGUUGCUGUUUGCUGCAUCGGCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGUCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
........(..((((((((((((((....(((((..(((((...))))).))))).....)))..((((.(((((((..((.....))..))))))))))))))))).....)))))..) ( -43.60)
>DroAna_CAF1 86268 96 + 1
CUUAAGCUCUG---CUGCUGAUGCU---------------------UCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGCCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
(((((((((((---(((..((((((---------------------.....))))))..))))))((((.(((((((..((.....))..)))))))))))...)))..)))))...... ( -33.60)
>consensus
CUUAAGCUCUGCGGCUGCUGUUGCU_____________________GCAUCGGCAUCCUCGGCAGCCAGUGCCAUAAAAAUUAAAAGUCAUUAUGGCCUGGAACAGCAUUUAAGCCGUGG
........((((((((((((.(((......................))).)))).......((..((((.(((((((..((.....))..)))))))))))....)).....)))))))) (-29.56 = -30.25 +   0.69)

alignment

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