Locus 7206

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	18,970,749 – 18,970,904
Length	155
Max. P	0.981512

overview

Window 9

Location	18,970,749 – 18,970,864
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.49
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-24.07
Energy contribution	-25.85
Covariance contribution	1.78
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.86
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.624718
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18970749 115 + 27905053
GCUUUAUGAUCACU--GGGCUAGCUGCG---GCUGCUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAU
((((..........--))))....((.(---(((((((((((.....)))))....(((..((((..((((((.(.....).))))))..))))..)))..........))))))).)). ( -38.30)
>DroSec_CAF1 81832 91 + 1
-----------------------------UUGCUGCUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUAAGCGGCCACAU
-----------------------------..(((((((((((.....)))))....(((..((((..((((((.(.....).))))))..))))..)))..........))))))..... ( -31.50)
>DroSim_CAF1 83632 118 + 1
GCUUUAUGAUCACU--GGGCUAGCUGUGGCUGCUGCUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAU
((((..........--))))....((((((((((..((((((.....))))))...(((..((((..((((((.(.....).))))))..))))..)))..........)))))))))). ( -43.00)
>DroEre_CAF1 82407 115 + 1
GCUUUAUGAUCACU--GAGCUAGCUGUGGCU---GCUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAU
((((..........--))))....(((((((---((((((((.....)))))....(((..((((..((((((.(.....).))))))..))))..)))..........)))))))))). ( -43.00)
>DroYak_CAF1 84942 118 + 1
GCUUUAUGAUCACU--GAGCUAGCUGUGGCUGCUGCUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAU
((((..........--))))....((((((((((..((((((.....))))))...(((..((((..((((((.(.....).))))))..))))..)))..........)))))))))). ( -43.80)
>DroAna_CAF1 84479 96 + 1
GCUUUAUGGCCGCUCAGAGCUAG------------CUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGCUU--GGGCUCUACCAUUAGAGAGA----------GCCACAU
(((...(((((.....).)))).------------..)))((((((((.(((((((.(....))))))))...))))))))--.((((((..(....)..)))----------))).... ( -33.70)
>consensus
GCUUUAUGAUCACU__GAGCUAGCUGUG_CUGCUGCUGGCAAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAU
...............................(((((((((((.....)))))....(((..((((..((((((.(.....).))))))..))))..)))..........))))))..... (-24.07 = -25.85 +   1.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	18,970,784 – 18,970,904
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.27
Mean single sequence MFE	-37.17
Consensus MFE	-31.04
Energy contribution	-31.60
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.28
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.90
SVM RNA-class probability	0.878552
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18970784 120 + 27905053
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGCCC
.....(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.(((((((((((((............))).))))(((((....((((.....))))..)))))....)))))).)))).... ( -39.00)
>DroSec_CAF1 81843 120 + 1
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUAAGCGGCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGCCC
.....(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.((((((.(((((....)))))............(((((....((((.....))))..)))))....)))))).)))).... ( -34.60)
>DroSim_CAF1 83670 120 + 1
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGCCC
.....(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.(((((((((((((............))).))))(((((....((((.....))))..)))))....)))))).)))).... ( -39.00)
>DroEre_CAF1 82442 119 + 1
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGC-C
.....(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.(((((((((((((............))).))))(((((....((((.....))))..)))))....)))))).))))..-. ( -39.00)
>DroYak_CAF1 84980 119 + 1
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGC-C
.....(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.(((((((((((((............))).))))(((((....((((.....))))..)))))....)))))).))))..-. ( -39.00)
>DroAna_CAF1 84507 107 + 1
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGCUU--GGGCUCUACCAUUAGAGAGA----------GCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGC-C
.........((((((((....((((.(((((((....)).(--(((((((..(....)..)))----------))).))..................))))).))))...))))))))-. ( -32.40)
>consensus
AAGUUUGUUGCCAAAGUCUUUUGUUUUGGCUGCACAAGUCGCGCGGCUCUGGCAUUAGAGAGAACCAUGAGCGGCCACAUAAUUAACAAAUAAUAAUGGCCAUAACGCGUGCUUUGGC_C
.....(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.((((((.(((((....)))))............(((((....((((.....))))..)))))....)))))).)))).... (-31.04 = -31.60 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	18,970,784 – 18,970,904
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.27
Mean single sequence MFE	-38.85
Consensus MFE	-32.15
Energy contribution	-33.65
Covariance contribution	1.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.16
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.89
SVM RNA-class probability	0.981512
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18970784 120 - 27905053
GGGCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGCCGCUCAUGGUUCUCUCUAAUGCCAGAGCCGCGCGACUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
..((((((((.(((((...((((((.((((.....))))...))))))((((.((((..........)))))))).)))))..((((.........))))..).)))))))......... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 81843 120 - 1
GGGCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGCCGCUUAUGGUUCUCUCUAAUGCCAGAGCCGCGCGACUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
..((((((((.(((((...((((((.((((.....))))...))))))......((((((..(....)..)))))))))))..((((.........))))..).)))))))......... ( -37.90)
>DroSim_CAF1 83670 120 - 1
GGGCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGCCGCUCAUGGUUCUCUCUAAUGCCAGAGCCGCGCGACUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
..((((((((.(((((...((((((.((((.....))))...))))))((((.((((..........)))))))).)))))..((((.........))))..).)))))))......... ( -40.30)
>DroEre_CAF1 82442 119 - 1
G-GCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGCCGCUCAUGGUUCUCUCUAAUGCCAGAGCCGCGCGACUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
.-((((((((.(((((...((((((.((((.....))))...))))))((((.((((..........)))))))).)))))..((((.........))))..).)))))))......... ( -40.30)
>DroYak_CAF1 84980 119 - 1
G-GCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGCCGCUCAUGGUUCUCUCUAAUGCCAGAGCCGCGCGACUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
.-((((((((.(((((...((((((.((((.....))))...))))))((((.((((..........)))))))).)))))..((((.........))))..).)))))))......... ( -40.30)
>DroAna_CAF1 84507 107 - 1
G-GCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGC----------UCUCUCUAAUGGUAGAGCCC--AAGCUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
(-((((.(((....))).))))).......((((((.....((.(((----------(((..(....)..)))))))--).((....)).((((((.........))))))))))))... ( -34.00)
>consensus
G_GCCAAAGCACGCGUUAUGGCCAUUAUUAUUUGUUAAUUAUGUGGCCGCUCAUGGUUCUCUCUAAUGCCAGAGCCGCGCGACUUGUGCAGCCAAAACAAAAGACUUUGGCAACAAACUU
..((((((((.(((((...((((((.((((.....))))...))))))......((((((..(....)..)))))))))))..((((.........))))..).)))))))......... (-32.15 = -33.65 +   1.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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