Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 482,045 – 482,264 |
Length | 219 |
Max. P | 0.998489 |
Location | 482,045 – 482,144 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 71.60 |
Mean single sequence MFE | -49.02 |
Consensus MFE | -20.27 |
Energy contribution | -22.92 |
Covariance contribution | 2.64 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.74 |
Structure conservation index | 0.41 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.520021 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 482045 99 + 27905053 GCUAACGAAGGAGGGCCAG-----ACAUCGC-------------GCACGGAGGACG---AACUGGAGGAUCUUCAGCAGUUCUUUCUUGACCUGUUGGAGGCCGUACUCGCUGGCACGGU ((((.(((.......((((-----...((((-------------........).))---).)))).((.((((((((((.((......)).))))))))))))....))).))))..... ( -31.10) >DroPse_CAF1 10160 117 + 1 GCUAGUGAAGCC---ACAGCGUCCGCUGAGCUCAACGGCCGGGGAGUCGGAGGAGGAGCAGAUGCAGGAUCUGCAGCAGUUUUUCCUUGACCUCCUCGAGGCUGUGCUGGCGGGCACUGU (((.....))).---((((.(((((((.(((...(((((((((((((((.(((((((((...(((((...)))))...)))))))))))).))))))..)))))))))))))))).)))) ( -58.40) >DroGri_CAF1 6162 117 + 1 GCUGAUGCAGCC---AGAGCGUCCGCUGAGCACGAGCGCCGGGGAAACGGAGGAGGAGCAAAUGGCUGAUUUGCAACAAUUCUUUCUCGAUCUGCUCGAGGCCGUGCUGGCGGACACUGU ((((...)))).---..((.(((((((.((((((.((..((((.(....((((((((((((((.....))))))......))))))))....).))))..))))))))))))))).)).. ( -48.10) >DroMoj_CAF1 6869 117 + 1 GCUGGUUAAGCC---ACAGCGUCCGCUGAGCACCAGUGCCGGAGAGUCUGAGGAGGAGCAGAUGGCGGACUUGCAGCAGUUCUUCUUAGACCUACUUGAGGCCGUGCUGGCGGACACUGU (((.....))).---((((.(((((((.(((((..(.(((.(((.(((((((.((((((.(...(((....)))..).)))))))))))))...)))..)))))))))))))))).)))) ( -49.90) >DroAna_CAF1 11488 120 + 1 UCUGGCCAAGGAGGGCUUGCGUCCACUUAGCACCACCGCCGGGGAAUCUGAGGAGGAACAGCUUGAGGACUUGCAGCAGUUCUUUCUGGAUCUCCUGGAAGCCGUGCUUGCCGGCACAGU .((((((.(((.((((....)))).)))(((((.....(((((..((((.(((((((((.((((((....))).))).)))))))))))))..))))).....)))))....))).))). ( -48.20) >DroPer_CAF1 10437 117 + 1 GCUAGUGAAGCC---ACAGCGUCCGCUGAGCUCAACGGCCGGGGAGUCGGAGGAGGAGCAGAUGCAGGAUCUGCAGCAGUUUUUCCUUGACCUCCUCGAGGCUGUGCUGGCGGGCACUGU (((.....))).---((((.(((((((.(((...(((((((((((((((.(((((((((...(((((...)))))...)))))))))))).))))))..)))))))))))))))).)))) ( -58.40) >consensus GCUAGUGAAGCC___ACAGCGUCCGCUGAGCACAACCGCCGGGGAGUCGGAGGAGGAGCAGAUGGAGGAUCUGCAGCAGUUCUUCCUUGACCUCCUCGAGGCCGUGCUGGCGGGCACUGU (((.....))).....(((.(((((((.(((......(((.(((.((((.(((((((((...((.........))...)))))))))))))...)))..)))...)))))))))).))). (-20.27 = -22.92 + 2.64)
Location | 482,144 – 482,264 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.14 |
Mean single sequence MFE | -53.82 |
Consensus MFE | -20.79 |
Energy contribution | -21.60 |
Covariance contribution | 0.81 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -3.96 |
Structure conservation index | 0.39 |
SVM decision value | 3.11 |
SVM RNA-class probability | 0.998471 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 482144 120 + 27905053 AGUGCAGCUGAAAUCGCCGACCUCCCAACGUGCUGGCCUAGCUUCAGAUACCGUUUCCGGGUCGGAGCAGGUGUCCAGACACAUUGUAAGUGCGGCUGAUUUCAUUGCUAGUAACCUGGU ...((((.(((((((((((..((..(((.((((((((((.(((((.(((.(((....))))))))))))))...)))).))).)))..))..)))).)))))))))))............ ( -47.50) >DroPse_CAF1 10277 114 + 1 AGAGCAGCUGAAAUCGCCGAGCACCCAACGUGCUGGCUCCGGUCCGAGCAC------CAGCUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUGUGCGCGGCCGAUUUCAUAGCUCGCAAUCUGGU .((((...(((((((((((.((((.(((.((((((((.(((.(((((((..------..))))))).).)).).)).))))).))).)))).))).))))))))..)))).......... ( -59.60) >DroGri_CAF1 6279 120 + 1 GGAGCAGCUGCAAUCGCCGCGCACACGACGCGCUGACGGCCUCUCGGAUGCGACCACCAGUUCCGAGCAGGUCUCCAAGCACAUUGUGUGCGCAGCGGAUUUCAUAGCGCGCAAUCUGGU ...((.((((.((((((.((((((((((.(.(((...(((((((((((.((........)))))))).)))))....))).).)))))))))).)).))))...))))..))........ ( -52.60) >DroWil_CAF1 9042 114 + 1 GGAGCAAUUGAAAUCCCCAACCACACAACGUGCUGACGCAAG------UUCCGCAUCGACUUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUCUGUGCGGCGGAUUUCAUUGCCCGCAAUCUGGU ((.(((((.(((((((((...((.((((.((((((((((..(------(((((.(......)))))))..)))))..))))).)))).))...)).)))))))))))))).......... ( -46.80) >DroAna_CAF1 11608 120 + 1 AGAGCAGCUAAAGUCUCCUACCACACUACGUGCUGGCGCCACUUCCGAUGCCGUUUCCGGGUCGGAACAGGUGUCCAGACACAUUGUGUGUGCGGCGGACUUUAUUGCUCGCAACCUGGU .((((((.((((((((.(..((((((...(((((((((((..(((((((.(((....))))))))))..)))).)))).)))...))))).)..).)))))))))))))).......... ( -56.80) >DroPer_CAF1 10554 114 + 1 AGAGCAGCUGAAAUCGCCGAGCACCCAACGUGCUGGCUCCGGUCCGAGCAC------CAGCUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUGUGCGCGGCCGAUUUCAUAGCUCGCAAUCUGGU .((((...(((((((((((.((((.(((.((((((((.(((.(((((((..------..))))))).).)).).)).))))).))).)))).))).))))))))..)))).......... ( -59.60) >consensus AGAGCAGCUGAAAUCGCCGACCACACAACGUGCUGGCGCCGGUUCGGAUACCG__UCCAGCUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUGUGCGCGGCGGAUUUCAUAGCUCGCAAUCUGGU ...((((((((((((((((..(((.(((.((((((((.((.............................)).)))..))))).))).)))..))).))))))))..))).))........ (-20.79 = -21.60 + 0.81)
Location | 482,144 – 482,264 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.14 |
Mean single sequence MFE | -57.03 |
Consensus MFE | -28.98 |
Energy contribution | -28.79 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -4.48 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 3.12 |
SVM RNA-class probability | 0.998489 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 482144 120 - 27905053 ACCAGGUUACUAGCAAUGAAAUCAGCCGCACUUACAAUGUGUCUGGACACCUGCUCCGACCCGGAAACGGUAUCUGAAGCUAGGCCAGCACGUUGGGAGGUCGGCGAUUUCAGCUGCACU ............(((.(((((((.((((..((..(((((((.((((...(((((((.((.(((....)))..)).).))).))))))))))))))..))..)))))))))))..)))... ( -51.50) >DroPse_CAF1 10277 114 - 1 ACCAGAUUGCGAGCUAUGAAAUCGGCCGCGCACACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAGCUG------GUGCUCGGACCGGAGCCAGCACGUUGGGUGCUCGGCGAUUUCAGCUGCUCU ..........((((..((((((((.(((.((((.(((((((((.((.(.((.(.(((((((..------..)))))))).)).)))))))))))).)))).)))))))))))...)))). ( -63.10) >DroGri_CAF1 6279 120 - 1 ACCAGAUUGCGCGCUAUGAAAUCCGCUGCGCACACAAUGUGCUUGGAGACCUGCUCGGAACUGGUGGUCGCAUCCGAGAGGCCGUCAGCGCGUCGUGUGCGCGGCGAUUGCAGCUGCUCC ........(((.(((....((((.(((((((((((.(((((((.(..(.(((.((((((....((....)).))))))))).)..)))))))).)))))))))))))))..))))))... ( -56.30) >DroWil_CAF1 9042 114 - 1 ACCAGAUUGCGGGCAAUGAAAUCCGCCGCACAGACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAAGUCGAUGCGGAA------CUUGCGUCAGCACGUUGUGUGGUUGGGGAUUUCAAUUGCUCC ..........((((((((((((((.(((..((.(((((((((((((((....).)))))....((((((...------..)))))).))))))))).))..)))))))))).))))))). ( -49.70) >DroAna_CAF1 11608 120 - 1 ACCAGGUUGCGAGCAAUAAAGUCCGCCGCACACACAAUGUGUCUGGACACCUGUUCCGACCCGGAAACGGCAUCGGAAGUGGCGCCAGCACGUAGUGUGGUAGGAGACUUUAGCUGCUCU ..........(((((.(((((((..((...(((((.(((((.((((.(.((..((((((.(((....)))..))))))..)).)))))))))).)))))...)).)))))))..))))). ( -58.50) >DroPer_CAF1 10554 114 - 1 ACCAGAUUGCGAGCUAUGAAAUCGGCCGCGCACACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAGCUG------GUGCUCGGACCGGAGCCAGCACGUUGGGUGCUCGGCGAUUUCAGCUGCUCU ..........((((..((((((((.(((.((((.(((((((((.((.(.((.(.(((((((..------..)))))))).)).)))))))))))).)))).)))))))))))...)))). ( -63.10) >consensus ACCAGAUUGCGAGCAAUGAAAUCCGCCGCACACACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAACUGGA__CGGUAUCCGAACCGGCGCCAGCACGUUGGGUGCUCGGCGAUUUCAGCUGCUCU ..........((((..(((((((.((((..(((.((((((((.(((......................................))))))))))).)))..)))))))))))...)))). (-28.98 = -28.79 + -0.19)
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