Locus 7184

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,954,596 – 18,954,716
Length 120
Max. P 0.541412
window11619

overview

Window 9

Location 18,954,596 – 18,954,716
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.25
Mean single sequence MFE -54.96
Consensus MFE -48.54
Energy contribution -47.66
Covariance contribution -0.88
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.17
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.541412
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18954596 120 - 27905053
GCGAGGGCACCAUUGUGGUCAACUCGGUGGCCGCCAGUUGCUAUGCGGUGAUCAACAGCCAGUCGCUGGCCCACUGGGGACUGGCUCCCAUGCGCCUGCUGUCCACGCUGGAGGCGUGGC
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>DroSec_CAF1 66075 120 - 1
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>DroEre_CAF1 66203 120 - 1
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>DroYak_CAF1 68185 120 - 1
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>DroAna_CAF1 68288 120 - 1
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>consensus
GCGAGGGCACCAUUGUGGUCAACUCGGUGGCCGCCAGUUGCUAUGCGGUGAUCAACAGCCAGUCGCUGGCCCACUGGGGACUGGCUCCCAUGCGCCUGCUGUCCACGCUGGAGGCGUGGC
((..((((..(((.(..((((.((((((((..((((((.(((..((.((.....)).)).))).))))))))))))))...))))..).))).))))))...((((((.....)))))). (-48.54 = -47.66 +  -0.88)

alignment

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