| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,687,257 – 18,687,359 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.746111 |
| Location | 18,687,257 – 18,687,359 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 110 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.47 |
| Mean single sequence MFE | -26.62 |
| Consensus MFE | -14.65 |
| Energy contribution | -15.32 |
| Covariance contribution | 0.67 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.85 |
| Structure conservation index | 0.55 |
| SVM decision value | 0.46 |
| SVM RNA-class probability | 0.746111 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 18687257 102 + 27905053 GUCCG-----UGCUGCGUGCUCAUUAGUCGAUUUGCGAUUUAAUUAAUUUUGCUAAAUUGGAUUAAUGAGAUGGUUGCCAAUUAGAGAUUCAUUUCGUAUUUGG---CCC .....-----.....(((.(((((((((((((((((((...........)))).))))).)))))))))))))...(((((.((((((....)))).)).))))---).. ( -25.80) >DroVir_CAF1 246904 93 + 1 ----------UGCAGCGUGCUCAUUAGUCGAUUUGCAUUUCAAUUAAUUUAGCUUAAUUGGAUUAAUGAGAUACUUGCUUUUUGGGGGCAGAUUUACUAUC-------CA ----------.((((.((((((((((((((.....)....(((((((......))))))))))))))))).))))))).......((..((.....))..)-------). ( -23.30) >DroSec_CAF1 117147 102 + 1 GACCG-----UGCUGCGUGCUCAUUAGUCGAUUUGCGAUUUAAUUAAUUUUGCUGUAUUGGAUUAAUGAGAUGGUUGCCAAUUAGAGAUUCAUUUCGUGUUUGG---CCC (((((-----(((.....))((((((((((((..((((...........))))...))).))))))))).))))))(((((...((((....))))....))))---).. ( -26.30) >DroYak_CAF1 118320 110 + 1 GACGGUGCUGUGCUGCGUGCUCAUUAGUCGAUUUGCGAUUUAAUUAAUUUUGCUAAAUUGGAUUAAUGAGAUGGUUGCCAAUUAGAGAUUCAUUUCGUGUUUGGAGCCUC (.((((.....)))))...(((((((((((((((((((...........)))).))))).))))))))))..((((.((((...((((....))))....)))))))).. ( -28.60) >DroMoj_CAF1 130637 94 + 1 ----------UGCAACGGGCUCAUUAGUCGAUUUGCAUUUCAAUUAAUUUAGCUUAAUUGGAUUAAUGAGAUACUUGCAU-UCGGUCGCAGAUUUACUGUACG-----CA ----------(((((.(..(((((((((((.....)....(((((((......)))))))))))))))))...)))))).-...((.((((.....)))))).-----.. ( -22.70) >DroAna_CAF1 111108 103 + 1 AACCG-----GGCUGCGUGCUCAUUAGUCGAUUUGCGAUUUAAUUAAUUUUGCUAAAUUGGAUUAAUGAGAUGCUUGCCAAUUAGGGAUUCAUUUCGUGCAUGU--CCCC .....-----(((.((((.(((((((((((((((((((...........)))).))))).))))))))))))))..))).....(((((.(((...)))...))--))). ( -33.00) >consensus GACCG_____UGCUGCGUGCUCAUUAGUCGAUUUGCGAUUUAAUUAAUUUUGCUAAAUUGGAUUAAUGAGAUGCUUGCCAAUUAGAGAUUCAUUUCGUGUUUGG___CCC ...........((......((((((((((.(...((((...........)))).....).))))))))))......))................................ (-14.65 = -15.32 + 0.67)
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