Locus 7075

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	18,678,533 – 18,678,627
Length	94
Max. P	0.885423

overview

Window 9

Location	18,678,533 – 18,678,627
Length	94
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.95
Mean single sequence MFE	-23.20
Consensus MFE	-11.93
Energy contribution	-12.07
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.885423
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18678533 94 + 27905053
AUUGCAACGACCAUGCAUAAUUUAUUUAGUGGUUUAUUGCGCUGCGGUCGAUUGCAAAUGGUAUAUAUAGUA--UGUGCUAUAUGCUAUAUGGGUA--
.(((((((((((..((.((((..(((....)))..)))).))...))))).))))))......(((((((((--(((...))))))))))))....-- ( -27.70)
>DroVir_CAF1 240989 86 + 1
AUUUAAUUGUUUUUGCUUUAUUUAUUUAGCGGUUUAUUUCGCUGUGAUCAAUUGCAACUGGUAUAAAAGGC------------UCCUACAUCAACAGC
.......(((....(((((.......((((((......))))))..((((........))))....)))))------------....)))........ ( -12.80)
>DroSec_CAF1 108479 85 + 1
AUUGCAACGACCAUGCAUAAUUUAUUUAGUGGUUUAUUGCGCUGCGGUCGACUGCAAAUGGUAUAUAUAGUA-----------UGCUACAUGGGUA--
.(((((.(((((..((.((((..(((....)))..)))).))...)))))..))))).((((((((...)))-----------)))))........-- ( -20.60)
>DroSim_CAF1 107422 94 + 1
AUUGCAACGACCAUGCAUAAUUUAUUUAGUGGUUUAUUGCGCUGCGGUCGACUGCAAAUGGUAUAUGUAGUA--UGUGCUAUAUGCUAUAUGGGCA--
.(((((.(((((..((.((((..(((....)))..)))).))...)))))..)))))...((.(((((((((--(((...)))))))))))).)).-- ( -27.30)
>DroEre_CAF1 111716 86 + 1
AUUGCACCGACCAUGCAUAAUUUAUUUAGUGGUUUAUUGCGCUGCGGUCGACAGCAAAUGUUAUAUA--C--UGUAUGCUAUAUGCU------GUA--
.......(((((..((.((((..(((....)))..)))).))...)))))((((((.(((.(((((.--.--.))))).))).))))------)).-- ( -21.20)
>DroYak_CAF1 109464 90 + 1
AUUGCACCGACCAUGCAUAAUUUAUUUAGUGGUUUAUUGCGCUGCGGUCGACAGCAAAUGGUAUAUAUACUAUAUAUGCUAUGUGCU------GUA--
.......(((((..((.((((..(((....)))..)))).))...)))))((((((.(((((((((((...))))))))))).))))------)).-- ( -29.60)
>consensus
AUUGCAACGACCAUGCAUAAUUUAUUUAGUGGUUUAUUGCGCUGCGGUCGACUGCAAAUGGUAUAUAUAGUA__U_UGCUAUAUGCUA_AUGGGUA__
.((((..(((((..((.((((..(((....)))..)))).))...)))))...))))......................................... (-11.93 = -12.07 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	18,678,533 – 18,678,627
Length	94
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.95
Mean single sequence MFE	-17.35
Consensus MFE	-8.49
Energy contribution	-9.11
Covariance contribution	0.61
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.733266
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18678533 94 - 27905053
--UACCCAUAUAGCAUAUAGCACA--UACUAUAUAUACCAUUUGCAAUCGACCGCAGCGCAAUAAACCACUAAAUAAAUUAUGCAUGGUCGUUGCAAU
--............((((((....--..)))))).......((((((.((((((..(((.(((..............))).))).)))))))))))). ( -18.74)
>DroVir_CAF1 240989 86 - 1
GCUGUUGAUGUAGGA------------GCCUUUUAUACCAGUUGCAAUUGAUCACAGCGAAAUAAACCGCUAAAUAAAUAAAGCAAAAACAAUUAAAU
(((((.(((.(((..------------((..((......))..))..)))))))))))..........(((..........))).............. ( -10.80)
>DroSec_CAF1 108479 85 - 1
--UACCCAUGUAGCA-----------UACUAUAUAUACCAUUUGCAGUCGACCGCAGCGCAAUAAACCACUAAAUAAAUUAUGCAUGGUCGUUGCAAU
--.....((((((..-----------..)))))).......((((((.((((((..(((.(((..............))).))).)))))))))))). ( -18.54)
>DroSim_CAF1 107422 94 - 1
--UGCCCAUAUAGCAUAUAGCACA--UACUACAUAUACCAUUUGCAGUCGACCGCAGCGCAAUAAACCACUAAAUAAAUUAUGCAUGGUCGUUGCAAU
--..........((.....))...--...............((((((.((((((..(((.(((..............))).))).)))))))))))). ( -16.84)
>DroEre_CAF1 111716 86 - 1
--UAC------AGCAUAUAGCAUACA--G--UAUAUAACAUUUGCUGUCGACCGCAGCGCAAUAAACCACUAAAUAAAUUAUGCAUGGUCGGUGCAAU
--...------........(((((((--(--((.........))))))((((((..(((.(((..............))).))).))))))))))... ( -18.14)
>DroYak_CAF1 109464 90 - 1
--UAC------AGCACAUAGCAUAUAUAGUAUAUAUACCAUUUGCUGUCGACCGCAGCGCAAUAAACCACUAAAUAAAUUAUGCAUGGUCGGUGCAAU
--...------.((((((((((...((.(((....))).)).))))))((((((..(((.(((..............))).))).))))))))))... ( -21.04)
>consensus
__UACCCAU_UAGCAUAUAGCA_A__UACUAUAUAUACCAUUUGCAGUCGACCGCAGCGCAAUAAACCACUAAAUAAAUUAUGCAUGGUCGUUGCAAU
.........................................((((...((((((..(((.(((..............))).))).))))))..)))). ( -8.49 =  -9.11 +   0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

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