Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,503,477 – 2,503,575 |
Length | 98 |
Max. P | 0.983258 |
Location | 2,503,477 – 2,503,575 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 5 |
Columns | 98 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.22 |
Mean single sequence MFE | -41.02 |
Consensus MFE | -27.38 |
Energy contribution | -30.30 |
Covariance contribution | 2.92 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.67 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 1.94 |
SVM RNA-class probability | 0.983258 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2503477 98 + 27905053 UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCGGUAAUAGGUGAGCUAUUGCUGGGUGGAGCAACUGUGGCCACUGCGG .((((((((((((((((..(((((((((....))))))..)))..)))))))))))))))).(((....))).(((((.((....))..))))).... ( -41.10) >DroPse_CAF1 29027 89 + 1 UGGCUGCUGUUGCUGCUGUUGCGGAUUG---GUGG------CAUUUGCCGCGGUCACAGGUGAGUUGUUGGUGGGUGGCGGAACAGUGGCUACCGCGG ((((..(((((.(((((((..(......---)..)------)(((..(((((((((....))).))).)))..)))))))))))))..))))...... ( -35.50) >DroSec_CAF1 33220 98 + 1 UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCAGUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGCGGAGCAACUGUGGCCACGGCGG .((((((..((((((((..(((((((((....))))))..)))..))))))))..))))))..(((((.(((..((((.....))))))).))))).. ( -46.00) >DroSim_CAF1 30862 98 + 1 UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCAGUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGUGGAGCAACUGUGGCCACGGCGG .((((((..((((((((..(((((((((....))))))..)))..))))))))..))))))..(((((.(((((((......))).)))).))))).. ( -45.00) >DroYak_CAF1 32284 89 + 1 UGCCUGUUG---------CUGUGUGCUGCUGGAGGCAUUUGCAUUGGCGGCACUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGUGGUGCAACUGUGGCCACGGCGG .(((.....---------(((((((((((..(..((....)).)..)))))))..))))(((.((((((((........)))))...))))))))).. ( -37.50) >consensus UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCAGUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGUGGAGCAACUGUGGCCACGGCGG .(((((((((((((((((.((((((((......)))))..))).))))))))))))))))).......((((((((.(........).))).))))). (-27.38 = -30.30 + 2.92)
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