Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,503,154 – 2,503,250 |
Length | 96 |
Max. P | 0.838741 |
Location | 2,503,154 – 2,503,250 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.56 |
Mean single sequence MFE | -44.22 |
Consensus MFE | -25.56 |
Energy contribution | -24.70 |
Covariance contribution | -0.86 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.74 |
SVM RNA-class probability | 0.838741 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2503154 96 + 27905053 GGAUUGUUGGCCAAGUUGCCCAGGUGUCCGUGGGGCA---GGCCGUGAUGCAUGUGGGCGUGCAUUCCUAGCGAGUCCAU---------GGCAUCUAGGGCAUAGCUG ........(((.....((((((((((.((((((((((---((....((((((((....))))))))))).))...)))))---------))))))).)))))..))). ( -41.00) >DroPse_CAF1 28659 105 + 1 GAGUUGGUGGCAAGAUUGGCCAAAUGGCCGUGGGCUA---AUCCAUGAUGCAUAUGCGCAUGCAUGCCCAGGGAGUCCAUCGUAAGGCUGGCAUCCAGGGCAUAGCCC .................((((....))))..((((((---...((((.(((....)))))))..(((((..(((..(((((....)).)))..))).))))))))))) ( -41.00) >DroSim_CAF1 30539 96 + 1 GGAUUGCUGGCCAAGUUGGCCAGGUGUCCGUGGGGCA---GGCCGUGGUGCAUGUGGGCGUGCAUUCCCAGCGAGUCCAU---------GGCAUCCAGGGCAUAGCUG ((((..((((((.....))))))..))))....(((.---.(((.((((((.(((((((.(((.......))).))))))---------)))).))).)))...))). ( -47.30) >DroEre_CAF1 32089 99 + 1 GAGCUGCUGGCCAAGUUGGCCAGGUGCCCGUGGGGAAUGUGGCCGUGGUGCAUGUGGGCGUGCAUACCCAGCGAGUCCAU---------GGUGUCCAGGGCAUAGCUG .((((.((((((.....))))))((((((.((((.(..((((((((.(((((((....))))))).....))).).))))---------..).)))))))))))))). ( -49.80) >DroYak_CAF1 31961 96 + 1 GAGUUGGCGGCCAAGUUGGCCAGGUGUCCGUGGGGCA---GGCCGUGGUGUAUGUGGGCGUGCAUACCCAGCGAGUCCAU---------GGCAUCCAGGGCAUAGCUG .....(((((((.....))))..((((((.((((...---.(((((((......((((........))))......))))---------))).)))))))))).))). ( -42.60) >DroPer_CAF1 28831 105 + 1 GAGUUGGUGGCAAGAUUGGCCAAAUGGCCGUGGGCUA---AUCCAUGAUGCAUGUGCGCAUGCAUGCCCAGGGAGUCCAUCGUAAGGCUGGCAUCCAGGGCAUAGCCC .................((((....))))..((((((---.......(((((((....)))))))((((..(((..(((((....)).)))..))).)))).)))))) ( -43.60) >consensus GAGUUGGUGGCCAAGUUGGCCAGGUGUCCGUGGGGCA___GGCCGUGAUGCAUGUGGGCGUGCAUACCCAGCGAGUCCAU_________GGCAUCCAGGGCAUAGCUG ........(((......((((...(((((...)))))...))))((((((((((....))))))).(((.(.((..((...........))..))).)))))).))). (-25.56 = -24.70 + -0.86)
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