Locus 7027

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	18,530,113 – 18,530,223
Length	110
Max. P	0.821282

overview

Window 4

Location	18,530,113 – 18,530,223
Length	110
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.45
Mean single sequence MFE	-42.52
Consensus MFE	-26.42
Energy contribution	-25.90
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.57
SVM RNA-class probability	0.786645
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18530113 110 + 27905053
AUCCAUUGCCUCCACUGGCUCUCAGUUGCAGCCAGUGUUUCUGAUUGGAGACGAACAUCUCCGAAGGCAGCUGUGUGUCCUGGGCAGAGGCAUCCUCUACAAGG-AG------ACCA
.....((((((.(((((((((......).)))))))).......(((((((......)))))))))))))..(.((.((((..(.(((((...))))).).)))-).------))). ( -42.20)
>DroGri_CAF1 14620 106 + 1
AUCCAUUGCCGCCACUUGCGCGCAACUGGAGCCAGUGCUUCUGAUUGGAGACAAACAUCUCCGAUGGCAGCUGUGUGUCCUGGCCACUUGCAUCCACUGUCAAA-----------UG
.(((((((((((.....))).)))).))))(.(((((......((((((((......)))))))).((((..(((.((....)))))))))...))))).)...-----------.. ( -34.90)
>DroEre_CAF1 2598 110 + 1
AUCCGUUGCCUCCACUGGCCCUCAGUUGCAGCCAGUGCUUCUGAUUGGAGACAAACAUCUCCGAAGGCAGCUGCGUGUCCUGGGCAGAGGCAUCCUCUGCAAGA-AG------AACG
....(((((((.(((((((...........))))))).......(((((((......))))))))))))))..(((.......(((((((...)))))))....-..------.))) ( -42.44)
>DroYak_CAF1 2988 110 + 1
ACCCAUUGCCUCCACUGGCCCUCAGUUGGAGCCAGUGCUUCUGAUUGGACACGAACAUCUCCGAAGGCAGCUGCGUGUCCUGGGCAGAGGCAUCCUCUAUAAGA-AG------ACAG
......((((..(((((((((......)).)))))))..((((...(((((((..((.((.(....).)).)))))))))....))))))))((.((.....))-.)------)... ( -39.80)
>DroMoj_CAF1 7478 117 + 1
ACCCAUUGCCGGCACUGGCGCGCAGCUGCAGCCAGUGCUUCUGAUUGGAGACGAACAUUUCGGAUGGCAGCUGUGUGUCCUGGGCACUCGCGUCGGCUAGAAAGCAGAUCAGCUCUC
.......((((((...((((((((((((((((....)))((((((((....))).....)))))..)))))))))))))....((....))))))))..((.(((......))).)) ( -46.80)
>DroPer_CAF1 7213 108 + 1
AGCCACUGCCGCCGCUGGCACGCAGCUGGAGCCAGUGCUUCUGAUUGGAGACGAACAUCUCCGAUGGCAGCUGGGUGUCCUGGCCGGCAGCGUCCUCUGUAAAG-GA-------GC-
...(.(((((((((..(((((.((((((((((....))))...((((((((......))))))))..)))))).))))).))).)))))).)((((......))-))-------..- ( -49.00)
>consensus
AUCCAUUGCCGCCACUGGCCCGCAGCUGCAGCCAGUGCUUCUGAUUGGAGACGAACAUCUCCGAAGGCAGCUGUGUGUCCUGGGCAGAGGCAUCCUCUAUAAAA_AG______ACCG
.((((((((((.(((((((...........))))))).......(((((((......)))))))))))))..........)))).(((((...)))))................... (-26.42 = -25.90 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	18,530,113 – 18,530,223
Length	110
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.45
Mean single sequence MFE	-44.77
Consensus MFE	-24.47
Energy contribution	-25.75
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.821282
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18530113 110 - 27905053
UGGU------CU-CCUUGUAGAGGAUGCCUCUGCCCAGGACACACAGCUGCCUUCGGAGAUGUUCGUCUCCAAUCAGAAACACUGGCUGCAACUGAGAGCCAGUGGAGGCAAUGGAU
..((------.(-(((.(((((((...)))))))..)))).)).((..((((((.((((((....)))))).........((((((((.(......))))))))))))))).))... ( -47.10)
>DroGri_CAF1 14620 106 - 1
CA-----------UUUGACAGUGGAUGCAAGUGGCCAGGACACACAGCUGCCAUCGGAGAUGUUUGUCUCCAAUCAGAAGCACUGGCUCCAGUUGCGCGCAAGUGGCGGCAAUGGAU
((-----------((((.((.....)))))))).((((......).((((((...((((((....))))))........((((((....))).)))((....))))))))..))).. ( -38.00)
>DroEre_CAF1 2598 110 - 1
CGUU------CU-UCUUGCAGAGGAUGCCUCUGCCCAGGACACGCAGCUGCCUUCGGAGAUGUUUGUCUCCAAUCAGAAGCACUGGCUGCAACUGAGGGCCAGUGGAGGCAACGGAU
.(((------((-....(((((((...)))))))..))))).....(.(((((((((((((....))))))..........(((((((.(....)..)))))))))))))).).... ( -45.70)
>DroYak_CAF1 2988 110 - 1
CUGU------CU-UCUUAUAGAGGAUGCCUCUGCCCAGGACACGCAGCUGCCUUCGGAGAUGUUCGUGUCCAAUCAGAAGCACUGGCUCCAACUGAGGGCCAGUGGAGGCAAUGGGU
..((------((-((.....))))))(((((......(((((((.(((..((....).)..)))))))))).........((((((((((....).))))))))))))))....... ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 7478 117 - 1
GAGAGCUGAUCUGCUUUCUAGCCGACGCGAGUGCCCAGGACACACAGCUGCCAUCCGAAAUGUUCGUCUCCAAUCAGAAGCACUGGCUGCAGCUGCGCGCCAGUGCCGGCAAUGGGU
((((((......))))))......((....))((((((......)...((((...(((.....))).............(((((((((((....))).)))))))).)))).))))) ( -41.20)
>DroPer_CAF1 7213 108 - 1
-GC-------UC-CUUUACAGAGGACGCUGCCGGCCAGGACACCCAGCUGCCAUCGGAGAUGUUCGUCUCCAAUCAGAAGCACUGGCUCCAGCUGCGUGCCAGCGGCGGCAGUGGCU
-((-------((-(((....)))))((((((((.((.((....)).((((.(((.((((((....))))))........((((((....))).)))))).)))))))))))))))). ( -50.20)
>consensus
CGGU______CU_CCUUACAGAGGAUGCCUCUGCCCAGGACACACAGCUGCCAUCGGAGAUGUUCGUCUCCAAUCAGAAGCACUGGCUCCAACUGAGCGCCAGUGGAGGCAAUGGAU
..................((((((...)))))).((((......)...((((...((((((....)))))).........(((((((...........)))))))..)))).))).. (-24.47 = -25.75 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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