Locus 7021

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,503,102 – 18,503,209
Length 107
Max. P 0.951630
window11376 window11377

overview

Window 6

Location 18,503,102 – 18,503,209
Length 107
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.52
Mean single sequence MFE -30.48
Consensus MFE -19.95
Energy contribution -21.18
Covariance contribution 1.23
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.41
SVM RNA-class probability 0.951630
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18503102 107 + 27905053
GGCCAGCAAAAUGUCCAAGAAACAGCUGAAGUUGGCCCAGGCCCAGCUGGACAAACUGACGCAGAACAAUCUGCAUCUGCAUGGUAUGACC----C-----AAUAAACCUAUC-CAC
.(((((((....(((.......((((((.....(((....)))))))))........)))(((((....)))))...))).))))......----.-----............-... ( -30.56)
>DroVir_CAF1 61819 105 + 1
UGUUAGCAAAAUGUCUAAAAAACAGCUAAAGCUUGCCCAGGCACAGCUGGACAAGCUGACCCAAAGCAAUCUCCACUUGCAUGGUAGGCACACGUC------------GUCGCGCUG
..(((((.....).))))....((((...((((((.((((......)))).))))))((((((..((((.......)))).)))..(((....)))------------)))..)))) ( -28.30)
>DroGri_CAF1 52773 114 + 1
UGUCAGCAAAAUGUCCAAGAAGCAGCUGAAGCUGGCCCAGGCCCAGCUAGACAAGCUCACCCAAAGCAAUCUCCACUUGCAUGGUAGGCACACGUCUUCG--U-CAUCGUUGCGCUG
...((((..((((.....(((((......(((((((....).))))))......((..(((....((((.......))))..)))..))....).)))).--.-...))))..)))) ( -31.50)
>DroSec_CAF1 25284 107 + 1
GGCCAGCAAAAUGUCCAAGAAACAGCUGAAGUUGGCCCAGGCCCAGCUGGACAAACUGACGCAGAACAAUCUGCAUCUGCAUGGUAUGACC----C-----AAUAAACAUAUU-CAC
.(((((((....(((.......((((((.....(((....)))))))))........)))(((((....)))))...))).))))......----.-----............-... ( -30.56)
>DroEre_CAF1 24454 108 + 1
GACCAACAAAAUGUCCAAAAAACAGCUGAAGCUGGCCCAAGCCCAGCUGGACAAACUGACGCAGAACAAUCUGCAUCUGCAUGGUAUGACC----C-A---ACAAAACCUAUC-CAC
.((((.......(((.......((((((..(((......))).))))))........)))(((((....))))).......))))......----.-.---............-... ( -25.86)
>DroAna_CAF1 39034 112 + 1
AGCCAGCAAAAUGUCCAAGAAACAGCUGAAGCUGGCCCAAGCCCAGCUGGAUAAGCUGACGCAGAGCAAUCUGCACCUGCAUGGUAUGGUU----U-UUGGUUCAAUCUUAGCCCAC
.(((((((..............(((((..(((((((....).)))))).....)))))..(((((....)))))...))).))))..((((----.-..((......)).))))... ( -36.10)
>consensus
GGCCAGCAAAAUGUCCAAGAAACAGCUGAAGCUGGCCCAGGCCCAGCUGGACAAACUGACGCAGAACAAUCUGCACCUGCAUGGUAUGACC____C_____AA_AAACCUAGC_CAC
.(((((((...(((((.......(((((.....(((....))))))))))))).......(((((....)))))...))).))))................................ (-19.95 = -21.18 +   1.23)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 18,503,102 – 18,503,209
Length 107
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.52
Mean single sequence MFE -35.57
Consensus MFE -23.29
Energy contribution -22.21
Covariance contribution -1.08
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.26
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.651098
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18503102 107 - 27905053
GUG-GAUAGGUUUAUU-----G----GGUCAUACCAUGCAGAUGCAGAUUGUUCUGCGUCAGUUUGUCCAGCUGGGCCUGGGCCAACUUCAGCUGUUUCUUGGACAUUUUGCUGGCC
.((-(((((((....(-----(----(......))).)).((((((((....))))))))...)))))))((..(((....))).....((((((((.....))))....)))))). ( -35.30)
>DroVir_CAF1 61819 105 - 1
CAGCGCGAC------------GACGUGUGCCUACCAUGCAAGUGGAGAUUGCUUUGGGUCAGCUUGUCCAGCUGUGCCUGGGCAAGCUUUAGCUGUUUUUUAGACAUUUUGCUAACA
..(((((..------------..)))))(((((....((((.......))))..))))).(((((((((((......)))))))))))(((((((((.....))))....))))).. ( -33.80)
>DroGri_CAF1 52773 114 - 1
CAGCGCAACGAUG-A--CGAAGACGUGUGCCUACCAUGCAAGUGGAGAUUGCUUUGGGUGAGCUUGUCUAGCUGGGCCUGGGCCAGCUUCAGCUGCUUCUUGGACAUUUUGCUGACA
((((((((((...-.--......))).)))...(((.(((..(((((...(((..((.(.((((.....)))).).))..)))...)))))..)))....))).......))))... ( -35.60)
>DroSec_CAF1 25284 107 - 1
GUG-AAUAUGUUUAUU-----G----GGUCAUACCAUGCAGAUGCAGAUUGUUCUGCGUCAGUUUGUCCAGCUGGGCCUGGGCCAACUUCAGCUGUUUCUUGGACAUUUUGCUGGCC
(..-((.(((((((.(-----(----(......))).((.((((((((....))))))))((((.((((((......)))))).))))...)).......)))))))))..)..... ( -35.00)
>DroEre_CAF1 24454 108 - 1
GUG-GAUAGGUUUUGU---U-G----GGUCAUACCAUGCAGAUGCAGAUUGUUCUGCGUCAGUUUGUCCAGCUGGGCUUGGGCCAGCUUCAGCUGUUUUUUGGACAUUUUGUUGGUC
.((-((((..((.(((---(-(----(......))).)))((((((((....))))))))))..))))))(((((.(...).))))).(((((((((.....))))....))))).. ( -36.80)
>DroAna_CAF1 39034 112 - 1
GUGGGCUAAGAUUGAACCAA-A----AACCAUACCAUGCAGGUGCAGAUUGCUCUGCGUCAGCUUAUCCAGCUGGGCUUGGGCCAGCUUCAGCUGUUUCUUGGACAUUUUGCUGGCU
((.(((.(((((....((((-.----..(((..(((((((((.((.....)))))))))(((((.....)))))))..)))..((((....))))....))))..)))))))).)). ( -36.90)
>consensus
GUG_GAUACGUUU_AU_____G____GGUCAUACCAUGCAGAUGCAGAUUGCUCUGCGUCAGCUUGUCCAGCUGGGCCUGGGCCAGCUUCAGCUGUUUCUUGGACAUUUUGCUGGCC
.....................................(((((.((.....)))))))((((((.(((((((((((((....))).....)))))).......))))....)))))). (-23.29 = -22.21 +  -1.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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